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万見
- PDB-8u09: Crystal structure of substrate-free SyoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u09
タイトルCrystal structure of substrate-free SyoA
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / O-demethylase / peroxygenase
機能・相同性ACETATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
機能・相同性情報
生物種Amycolatopsis thermoflava N1165 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Harlington, A.C. / Shearwin, K.E. / Bell, S.G. / Whelan, F.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Wine AustraliaPH2002 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP200102411 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP230103062 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into S-lignin O-demethylation via a rare class of heme peroxygenase enzymes.
著者: Harlington, A.C. / Das, T. / Shearwin, K.E. / Bell, S.G. / Whelan, F.
履歴
登録2023年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年3月19日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_audit_support / Item: _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7618
ポリマ－45,6251
非ポリマー1,1367
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.860, 150.242, 60.642
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450


分子量: 45625.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amycolatopsis thermoflava N1165 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5, 5% w/v gamma-PGA, 12% w/v PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月27日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→47.19 Å / Num. obs: 35630 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 21.16 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.631 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 3483 / CC1/2: 0.939 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→47.19 Å / SU ML: 0.1943 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.6218
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 1999 5.61 %
Rwork0.1718 33621 -
obs0.1737 35620 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→47.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3070 0 77 293 3440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00513312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84924533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492480
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078597
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.5901472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.030.25071390.18722340X-RAY DIFFRACTION98.26
2.03-2.090.25191410.17382356X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.150.23231390.17112351X-RAY DIFFRACTION99.96
2.15-2.220.22551410.16882379X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.30.21381410.16492357X-RAY DIFFRACTION99.96
2.3-2.390.21951410.16662383X-RAY DIFFRACTION99.88
2.39-2.50.18931410.16552378X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.630.21491420.16732393X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.790.21931430.17472386X-RAY DIFFRACTION99.96
2.79-3.010.20191430.18182406X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.310.21681430.17982402X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.790.18721450.16892450X-RAY DIFFRACTION100
3.79-4.780.15581460.15012453X-RAY DIFFRACTION100
4.78-47.190.22331540.19182587X-RAY DIFFRACTION99.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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