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- PDB-8u08: Crystal structure of 10E8-GT11 scaffold in complex with a human 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u08
タイトルCrystal structure of 10E8-GT11 scaffold in complex with a human 10E8 inferred germline (10E8-iGL1)
要素
  • 10E8-GT11 epitope scaffold
  • 10E8-IGL1 heavy chain
  • 10E8-IGL1 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Vaccine / broadly neutralizing antibody / HIV / gp41
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Irimia, A. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI144462 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI147826 米国
引用ジャーナル: Nat Immunol / 年: 2024
タイトル: Vaccination induces broadly neutralizing antibody precursors to HIV gp41.
著者: Torben Schiffner / Ivy Phung / Rashmi Ray / Adriana Irimia / Ming Tian / Olivia Swanson / Jeong Hyun Lee / Chang-Chun D Lee / Ester Marina-Zárate / So Yeon Cho / Jiachen Huang / Gabriel ...著者: Torben Schiffner / Ivy Phung / Rashmi Ray / Adriana Irimia / Ming Tian / Olivia Swanson / Jeong Hyun Lee / Chang-Chun D Lee / Ester Marina-Zárate / So Yeon Cho / Jiachen Huang / Gabriel Ozorowski / Patrick D Skog / Andreia M Serra / Kimmo Rantalainen / Joel D Allen / Sabyasachi Baboo / Oscar L Rodriguez / Sunny Himansu / Jianfu Zhou / Jonathan Hurtado / Claudia T Flynn / Katherine McKenney / Colin Havenar-Daughton / Swati Saha / Kaitlyn Shields / Steven Schultze / Melissa L Smith / Chi-Hui Liang / Laura Toy / Simone Pecetta / Ying-Cing Lin / Jordan R Willis / Fabian Sesterhenn / Daniel W Kulp / Xiaozhen Hu / Christopher A Cottrell / Xiaoya Zhou / Jennifer Ruiz / Xuesong Wang / Usha Nair / Kathrin H Kirsch / Hwei-Ling Cheng / Jillian Davis / Oleksandr Kalyuzhniy / Alessia Liguori / Jolene K Diedrich / Julia T Ngo / Vanessa Lewis / Nicole Phelps / Ryan D Tingle / Skye Spencer / Erik Georgeson / Yumiko Adachi / Michael Kubitz / Saman Eskandarzadeh / Marc A Elsliger / Rama R Amara / Elise Landais / Bryan Briney / Dennis R Burton / Diane G Carnathan / Guido Silvestri / Corey T Watson / John R Yates / James C Paulson / Max Crispin / Gevorg Grigoryan / Andrew B Ward / Devin Sok / Frederick W Alt / Ian A Wilson / Facundo D Batista / Shane Crotty / William R Schief /
要旨: A key barrier to the development of vaccines that induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against human immunodeficiency virus (HIV) and other viruses of high antigenic diversity is the design ...A key barrier to the development of vaccines that induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against human immunodeficiency virus (HIV) and other viruses of high antigenic diversity is the design of priming immunogens that induce rare bnAb-precursor B cells. The high neutralization breadth of the HIV bnAb 10E8 makes elicitation of 10E8-class bnAbs desirable; however, the recessed epitope within gp41 makes envelope trimers poor priming immunogens and requires that 10E8-class bnAbs possess a long heavy chain complementarity determining region 3 (HCDR3) with a specific binding motif. We developed germline-targeting epitope scaffolds with affinity for 10E8-class precursors and engineered nanoparticles for multivalent display. Scaffolds exhibited epitope structural mimicry and bound bnAb-precursor human naive B cells in ex vivo screens, protein nanoparticles induced bnAb-precursor responses in stringent mouse models and rhesus macaques, and mRNA-encoded nanoparticles triggered similar responses in mice. Thus, germline-targeting epitope scaffold nanoparticles can elicit rare bnAb-precursor B cells with predefined binding specificities and HCDR3 features.
履歴
登録2023年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 10E8-IGL1 heavy chain
L: 10E8-IGL1 light chain
C: 10E8-GT11 epitope scaffold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6317
ポリマ－65,2633
非ポリマー3684
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6670 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area26340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.749, 73.905, 129.882
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: 抗体 10E8-IGL1 heavy chain


分子量: 25013.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHLSec / 細胞株 (発現宿主): Freestyle 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 10E8-IGL1 light chain


分子量: 22554.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHKLSec / 細胞株 (発現宿主): Freestyle 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 10E8-GT11 epitope scaffold


分子量: 17694.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHLSec / 細胞株 (発現宿主): Freestyle 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M NaCitrate,19% 2-propanol, 5% glycerol, 19% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→48.8 Å / Num. obs: 43220 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 40.87 Å2 / CC1/2: 0.85 / Rpim(I) all: 0.052 / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1662 / CC1/2: 0.43 / Rpim(I) all: 0.412 / Rsym value: 1 / % possible all: 70.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→48.78 Å / SU ML: 0.2772 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.6816
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2358 2143 4.97 %
Rwork0.1861 40963 -
obs0.1886 43106 91.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→48.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4581 0 24 194 4799
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00964790
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13086533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0647726
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0529673
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.030.3846990.31561878X-RAY DIFFRACTION64.13
2.03-2.080.34421060.29122233X-RAY DIFFRACTION75.4
2.08-2.140.32941290.27732371X-RAY DIFFRACTION80.72
2.14-2.20.31881390.2562539X-RAY DIFFRACTION85.67
2.2-2.270.34731350.2512718X-RAY DIFFRACTION92.75
2.27-2.350.3211570.25082864X-RAY DIFFRACTION96.89
2.35-2.450.30821450.24362863X-RAY DIFFRACTION96.6
2.45-2.560.30041580.24812883X-RAY DIFFRACTION97.66
2.56-2.690.29361490.23032910X-RAY DIFFRACTION97.67
2.69-2.860.31611450.21842912X-RAY DIFFRACTION97.73
2.86-3.080.25271580.21632955X-RAY DIFFRACTION98.2
3.08-3.390.27541610.18912919X-RAY DIFFRACTION98.03
3.39-3.880.20521500.16812981X-RAY DIFFRACTION97.81
3.88-4.890.17611510.13052925X-RAY DIFFRACTION96.19
4.89-48.780.18721610.15983012X-RAY DIFFRACTION94.21
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.479479876940.951720264460.1223961211432.358903096393.558764862257.466579109220.3297728322630.1230720548350.0579735488506-0.9707423599110.0146808710939-0.583506205232-1.053607690760.434958725835-0.5442619746730.398772849347-0.0711501763950.09196175041290.4155072607970.05267195488230.3967276597157.04399762309-19.374109334225.6774686639
22.59548423601-0.228291963261.14910029881.544126121150.613465975464.830047549830.0293993578541-0.0484184813213-0.06371937176810.04711765953120.0476842454033-0.249743475438-0.111366856435-0.0101497752372-0.08925570061720.304134640385-0.05050082452540.04462112459160.2881233376830.01617312232520.2912696097562.9580767685-20.544940207635.0539503875
32.92590160142-1.00278251842-1.181274543895.416616567851.622060087385.54638769360.0185698483156-0.51586904864-0.1636221952760.6804166292570.172729366028-0.1132516716470.4911874560990.431265497076-0.2269675598410.321457030416-0.00133765270075-0.0312300112830.4453049509730.1063404488640.3802196291068.99033219994-25.71411506940.8869689267
41.02490129128-0.18474847527-0.7269878564960.4858334452441.035411114225.144595504860.0349967599375-0.0539480949117-0.2335927320430.08173064710070.0166016801746-0.1766231963990.01074731241410.0998936674225-0.04397693632910.373940141932-0.01743865309250.03713646114470.3096871524420.005523279112260.3880543308381.82037849012-22.849565633734.3024526151
50.259986505952-0.406435437264-0.5227881219021.215887975270.2074323510811.54100382361-0.1647096238280.482660124206-0.617512981115-0.1754534232210.0539615217740.759065083296-0.665089059533-0.139818448132-0.2614485171960.4323624772960.0949983985693-0.1420309888310.444229429364-0.1717955757040.592180186182-13.5795398976-14.9554158044-5.17094990544
62.82884334785-1.933952731.405169034951.64643123311-1.189422575452.94818000368-0.282488998265-0.2279060640820.153009455810.1482546006460.03067735809230.384733905652-0.309653734478-0.229190317750.2826199062630.321049655392-0.0203807129694-0.02425756870230.505476628482-0.2014888630870.458609931147-6.20066062335-14.49446959164.67155293853
72.50270844946-0.1221696639231.867182007832.68292604823-0.2723749421452.70287249851-0.9979301423070.7204816497920.781831807384-0.4730538545160.358116564457-0.338957771775-1.319235469980.002865473103950.7589794314550.482101840063-0.0584359968244-0.003284158396070.747916318366-0.1311615750390.579556495379-3.18009478125-11.7028721214-4.08885452693
83.281477659910.2938601348080.29247899114.45689840155-0.5217304845967.75822696290.621463487069-0.515450737967-0.822885727130.0589024891903-0.1427529377660.7824237410670.509495814472-1.1897639733-0.3865514698930.420432551697-0.128438472265-0.0478941970490.4768506640020.107345570290.411251973487-20.4794241745-29.662819294736.5690737031
94.277034787830.5152206833910.1792285651282.30568226758-0.2275217943224.917407936980.074739673550.09400272097560.0598831085411-0.153139620164-0.03935919404440.1342713973370.0858211083141-0.528816172954-0.04866834712830.3638787907610.007510168167580.05522087948070.5362686036940.05911355826440.315516918305-15.3375813718-22.291244600537.1658982572
103.575766455670.710629672722-0.3197032272762.71603626272-0.5658837888524.300982501590.227962060988-0.448820112882-0.1375022698770.1258884857480.448681582258-0.696469052916-0.1586554888620.448938650542-0.3883024716060.276957842777-0.0017322739659-0.01692124193020.451505412996-0.2111752099440.465481509807-14.1079662864-21.4663450776-0.363131827014
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'H' and (resid 1 through 17 )HA1 - 171 - 17
22chain 'H' and (resid 18 through 51 )HA18 - 5118 - 51
33chain 'H' and (resid 52 through 75 )HA52 - 7552 - 75
44chain 'H' and (resid 76 through 137 )HA76 - 13776 - 137
55chain 'H' and (resid 138 through 152 )HA138 - 152138 - 152
66chain 'H' and (resid 153 through 221 )HA153 - 221153 - 221
77chain 'H' and (resid 222 through 234 )HA222 - 234222 - 234
88chain 'L' and (resid 2 through 27 )LB2 - 271 - 26
99chain 'L' and (resid 28 through 108 )LB28 - 10827 - 107
1010chain 'L' and (resid 109 through 139 )LB109 - 139108 - 138
1111chain 'L' and (resid 140 through 175 )LB140 - 175139 - 174
1212chain 'L' and (resid 176 through 189 )LB176 - 189175 - 188
1313chain 'L' and (resid 190 through 212 )LB190 - 212189 - 211
1414chain 'C' and (resid 2 through 17 )CC2 - 171 - 16
1515chain 'C' and (resid 18 through 35 )CC18 - 3517 - 34
1616chain 'C' and (resid 36 through 60 )CC36 - 6035 - 59
1717chain 'C' and (resid 61 through 73 )CC61 - 7360 - 72
1818chain 'C' and (resid 74 through 110 )CC74 - 11073 - 109
1919chain 'C' and (resid 111 through 123 )CC111 - 123110 - 122
2020chain 'C' and (resid 124 through 147 )CC124 - 147123 - 146
2121chain 'C' and (resid 148 through 155 )CC148 - 155147 - 154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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