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万見
- PDB-8u07: Imine reductase RedE bound with NADP+ and arcyriaflavin A (second... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u07
タイトルImine reductase RedE bound with NADP+ and arcyriaflavin A (secondary site)
要素RedE
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / indolocarbazole / imine reductase / NADPH-dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


NADP binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / NADPH-dependent reductive aminase-like, C-terminal domain / : / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IODIDE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / RedE
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Daniel-Ivad, P. / Ryan, K.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: An imine reductase that captures reactive intermediates in the biosynthesis of the indolocarbazole reductasporine.
著者: Daniel-Ivad, P. / Ryan, K.S.
履歴
登録2023年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RedE
B: RedE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,97025
ポリマ－65,4042
非ポリマー3,56623
水10,557586
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13560 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area20390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.588, 111.529, 67.695
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.467, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RedE


分子量: 32701.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: environmental DNA from soil / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: redE / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7G0Y4

-
非ポリマー , 8種, 609分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-A7F / Arcyriaflavin A / 12,13-dihydro-5H-indolo[2,3-a]pyrrolo[3,4-c]carbazole-5,7(6H)-dione


分子量: 325.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H11N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#8: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 586 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.33 M NaI, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 21 % PEG 3350, 1.5 mM TCEP
Temp details: ambient

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→37.94 Å / Num. obs: 93667 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 23.02 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.63→1.67 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5126 / CC1/2: 0.948 / Rpim(I) all: 0.276 / Rrim(I) all: 0.722 / Χ2: 0.77 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.63→36.6 Å / SU ML: 0.2216 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.8189
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2207 1708 1.83 %
Rwork0.1937 91740 -
obs0.1942 93448 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→36.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4063 0 178 586 4827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00524411
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74316073
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0446684
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.99761410
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.680.391410.33847547X-RAY DIFFRACTION97.05
1.68-1.740.35711400.28767464X-RAY DIFFRACTION96.57
1.74-1.80.25281430.22737693X-RAY DIFFRACTION99.37
1.8-1.870.22191430.20567647X-RAY DIFFRACTION99
1.87-1.960.2281420.19467624X-RAY DIFFRACTION98.4
1.96-2.060.24741370.20617452X-RAY DIFFRACTION96.32
2.06-2.190.25081440.19657733X-RAY DIFFRACTION99.51
2.19-2.360.22291440.18777695X-RAY DIFFRACTION99.5
2.36-2.590.23031420.19267658X-RAY DIFFRACTION98.31
2.59-2.970.22581430.19197684X-RAY DIFFRACTION99.37
2.97-3.740.19111440.18347745X-RAY DIFFRACTION99.31
3.74-36.60.21450.17937798X-RAY DIFFRACTION99.06
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0231000192915-0.00618730599755-0.05161249324290.2048063275570.03429725757190.05923261701520.0365682866669-0.0812749655923-0.1530626906180.04097956698680.08191967191330.1721033721950.208817459045-0.1161095518899.88071827313E-80.340569871056-0.00366125613186-0.02973938432420.2115630024680.02489309156470.27584175028710.322205749-36.5448303122-12.7786382832
20.2635937022420.0462644147955-0.03569623955140.478702147852-0.1270040037590.08145855090860.0885152317291-0.0638957537459-0.05034452943010.06289464390570.04334322655770.03977385624250.092621901283-0.0167006640449-7.9442001976E-90.228494683596-0.00563335552965-0.008292813779540.2148224793860.008081513278760.20615866759511.2050619258-22.256900208-11.7775431541
30.269676143586-0.1229034479610.2576601097350.318628926014-0.2131973368520.899009823576-0.0304582762029-0.00878148271422-0.005340826490470.02340868450120.06166553382410.0306003528941-0.0705385798462-0.0882672994354-4.7776680355E-100.1898572820360.004450122006170.009513858266030.2009322358520.007402822958160.2165984720521.44917293928-7.15649910895-36.4409488418
40.2180244439320.05167074070760.2105014996370.390575951683-0.1515652498580.392202129816-0.09565126838610.1095110154040.0802980200955-0.08314566298670.05258732944810.105940568324-0.3537771617460.152652968318-0.003955468526520.245716210983-0.05653707571670.01533189532380.258342192569-0.002237295632780.188779668635-1.33828983821-2.73299518331-69.7090609672
50.0762690983280.00590733675052-0.06858091601270.01347868356850.008372976045870.04241239304330.0980344021367-0.00135357531341-0.209421376731-0.08791446439540.0828666961713-0.121045559324-0.03381655317890.2120771949311.27880797425E-50.222698950379-0.0240120356638-0.01154895750930.361052001956-0.06672075037710.2605038165615.78320199286-8.49092993899-55.7156028794
60.49000548604-0.009583687222440.4989923504340.181849449942-0.4726957376670.7313542421970.0767657525612-0.0777990275464-0.09022102233250.007656451843880.0774375072420.01616355938170.0105053135951-0.133773951920.04359076124870.181021057988-0.009868808292310.008430293865950.2153723422190.02041204484970.222438413597-3.70759644493-14.2040977181-35.751488338
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 68 )AA3 - 681 - 66
22chain 'A' and (resid 69 through 137 )AA69 - 13767 - 135
33chain 'A' and (resid 138 through 289 )AA138 - 289136 - 287
44chain 'B' and (resid 2 through 118 )BC2 - 1181 - 106
55chain 'B' and (resid 119 through 137 )BC119 - 137107 - 125
66chain 'B' and (resid 138 through 289 )BC138 - 289126 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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