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- PDB-8u04: Reductasporine biosynthetic pathway imine reductase RedE, apo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u04
タイトルReductasporine biosynthetic pathway imine reductase RedE, apo
要素(RedE) x 2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / indolocarbazole / imine reductase / NADPH-dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


NADP binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / NADPH-dependent reductive aminase-like, C-terminal domain / : / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Daniel-Ivad, P. / Ryan, K.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: An imine reductase that captures reactive intermediates in the biosynthesis of the indolocarbazole reductasporine.
著者: Daniel-Ivad, P. / Ryan, K.S.
履歴
登録2023年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RedE
B: RedE
C: RedE
D: RedE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,31117
ポリマ－131,0364
非ポリマー1,27613
水20,7171150
1
A: RedE
D: RedE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1209
ポリマ－65,4802
非ポリマー6417
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RedE
C: RedE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1918
ポリマ－65,5562
非ポリマー6356
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.780, 186.720, 71.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 RedE


分子量: 32777.957 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: environmental DNA from soil / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: redE / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7G0Y4
#2: タンパク質 RedE


分子量: 32701.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: environmental DNA from soil / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: redE / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7G0Y4

-
非ポリマー , 5種, 1163分子

#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.35 M NaI, 0.1 M Bicine pH 9, 25 % PEG 3350, 5 mM beta-mercaptoethanol
Temp details: ambient

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→93.36 Å / Num. obs: 154438 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 20.26 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.425 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 7659 / CC1/2: 0.448 / Rpim(I) all: 0.593 / Rrim(I) all: 1.546

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.62→93.36 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 22.47 / 位相誤差: 21.5898
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2079 7991 5.18 %
Rwork0.1635 146383 -
obs0.1715 154374 96.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→93.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8280 0 33 1150 9463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00258481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.515911582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03821354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00441495
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1032821
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.62-1.650.27934080.2767319X-RAY DIFFRACTION92.41
1.65-1.680.29333950.27177445X-RAY DIFFRACTION92.11
1.68-1.710.27583530.26037467X-RAY DIFFRACTION92.93
1.71-1.740.2713990.24827358X-RAY DIFFRACTION91.91
1.74-1.780.25384010.24137269X-RAY DIFFRACTION90.84
1.78-1.820.2793540.22646978X-RAY DIFFRACTION87.4
1.82-1.870.26753960.21947385X-RAY DIFFRACTION92.29
1.87-1.920.22813920.217422X-RAY DIFFRACTION92.24
1.92-1.980.22023660.20297438X-RAY DIFFRACTION92.96
1.98-2.040.22093870.2027336X-RAY DIFFRACTION91.33
2.04-2.110.24623660.19797353X-RAY DIFFRACTION91.32
2.11-2.20.24183640.1886908X-RAY DIFFRACTION86.53
2.2-2.30.21413890.18227413X-RAY DIFFRACTION92.18
2.3-2.420.1883660.17047433X-RAY DIFFRACTION92.88
2.42-2.570.20963880.177527X-RAY DIFFRACTION93.1
2.57-2.770.19423740.16287174X-RAY DIFFRACTION89.32
2.77-3.050.21134240.15687286X-RAY DIFFRACTION90.94
3.05-3.490.21663890.15717514X-RAY DIFFRACTION93.54
3.49-4.390.18193800.12247203X-RAY DIFFRACTION89.28
4.4-93.360.18723970.1317458X-RAY DIFFRACTION91.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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