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- PDB-8u01: Crystal Structure of the Glycoside Hydrolase Family 2 TIM Barrel-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u01
タイトルCrystal Structure of the Glycoside Hydrolase Family 2 TIM Barrel-domain Containing Protein from Phocaeicola plebeius
要素Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / beta galactosidase / TIM barrel Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / D-tagatose / Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Phocaeicola plebeius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kim, Y. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Glycoside Hydrolase Family 2 TIM Barrel-domain Containing Protein from Phocaeicola plebeius
著者: Kim, Y. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2023年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,25741
ポリマ－104,0011
非ポリマー3,25640
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area33950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)230.110, 230.110, 230.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Space group name HallP4bd2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/4,-z+1/4,y+3/4
#3: x+3/4,z+1/4,-y+1/4
#4: z+3/4,y+1/4,-x+1/4
#5: -z+1/4,y+3/4,x+1/4
#6: -y+1/4,x+3/4,z+1/4
#7: y+1/4,-x+1/4,z+3/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y+1/2,-z,x+1/2
#11: z+1/2,-x+1/2,-y
#12: -y,z+1/2,-x+1/2
#13: -z+1/2,-x,y+1/2
#14: -z,x+1/2,-y+1/2
#15: y+1/2,-z+1/2,-x
#16: x+1/2,-y+1/2,-z
#17: -x,y+1/2,-z+1/2
#18: -x+1/2,-y,z+1/2
#19: y+3/4,x+1/4,-z+1/4
#20: -y+3/4,-x+3/4,-z+3/4
#21: z+1/4,-y+1/4,x+3/4
#22: -z+3/4,-y+3/4,-x+3/4
#23: -x+1/4,z+3/4,y+1/4
#24: -x+3/4,-z+3/4,-y+3/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1019-

PEG

21A-1231-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein


分子量: 104001.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phocaeicola plebeius (バクテリア)
遺伝子: BACPLE_01374 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: B5CXD3
#9: 糖 ChemComp-TAG / D-tagatose / D-タガト-ス / タガトース


タイプ: D-saccharide / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 8種, 228分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 30% v/v PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→72.8 Å / Num. obs: 42107 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26 % / Biso Wilson estimate: 44.29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique obs: 2039 / CC1/2: 0.974 / Rpim(I) all: 0.105 / Rrim(I) all: 0.534 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→69.38 Å / SU ML: 0.2713 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.1531
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1861 2129 5.06 %
Rwork0.1534 39908 -
obs0.1551 42037 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→69.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7177 0 207 189 7573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00317588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.564510222
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04271071
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451310
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.94082774
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.070.30491430.23582591X-RAY DIFFRACTION99.27
3.07-3.150.24931480.20882599X-RAY DIFFRACTION99.96
3.15-3.230.29761460.19542612X-RAY DIFFRACTION99.96
3.23-3.330.22151280.19472627X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.440.24891300.18492637X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.560.19861340.17852609X-RAY DIFFRACTION99.89
3.56-3.70.2221590.16652621X-RAY DIFFRACTION99.93
3.7-3.870.18971380.14242623X-RAY DIFFRACTION99.93
3.87-4.070.16341340.13242643X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.330.1671440.11872670X-RAY DIFFRACTION100
4.33-4.660.14961490.10782641X-RAY DIFFRACTION100
4.66-5.130.11871460.11122670X-RAY DIFFRACTION99.96
5.13-5.880.14741160.1322735X-RAY DIFFRACTION100
5.88-7.40.17491460.16282743X-RAY DIFFRACTION100
7.4-69.380.16371680.16992887X-RAY DIFFRACTION99.41
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4596153481110.1017871577590.2599277210910.739079239967-0.05448887156480.726000414968-0.0235204340021-0.004218448440580.0924978424743-0.0749158598298-0.00650241050105-0.0809162369206-0.138245656729-0.0337362850740.03561852414070.2850650800320.05850736681110.03104036044190.261517718947-0.03903410077960.326268552111123.35183834127.753167452141.1186240384
28.685095610777.072727322350.4528207913396.341827286550.01639265352630.6028271888740.176666810177-0.299884127252-0.09116402082860.321465901693-0.201189080092-0.2524323409670.0592838365304-0.06108092140070.0231730077160.3052496146360.112943088155-0.00855765622630.268599215221-0.03041275215580.311408033225135.87992197916.68219466768.4472753029
30.8921022221270.07944718408170.3333223862470.6386419045110.1418266068490.7413513691210.0157527711301-0.01915008768990.01534183850580.0047072862172-0.0251173741737-0.0593378149007-0.0106786588458-0.02845298887140.00989437956380.2482694382770.04768712383710.0022543159840.211039019927-0.03613956888380.225534500389117.1857352314.1114876559742.9131023134
43.773930218642.142520055791.512870486563.116775663441.148602120573.383025716120.182241694517-0.444601088335-0.2618528599510.102606181773-0.1163798916740.04201555281270.223358378397-0.435130152776-0.04051281378090.2851752308240.02514258871690.04142933350930.2590300318070.002791242292880.21920952960899.8318545405-19.353605810751.8029202276
52.831390167560.5771531810892.842426504331.158691272410.6705960995734.069546422290.1270026853290.110584663242-0.159535675506-0.09288011166340.07055157277790.2879794737220.233067942755-0.386207935526-0.3169717478210.2361589982970.009718516175090.0008042352935920.203505453776-0.0453465476210.36500785753687.1354275336-17.476280464820.2580236347
61.23445427341.76657260070.2951283457842.665976189630.8534721926741.77033408403-0.08525151811540.01193807658790.129179102535-0.1462972042180.03149533959290.227986464797-0.104119649512-0.247986111010.07381024857040.2009608239150.0302982253752-0.01361731080020.24464283848-0.06417873992760.26527869376994.0761554891-5.3557359268726.5242448043
72.636889583381.155139086370.8834251451973.86104035410.156338995592.64772465634-0.089964038708-0.06189171044710.312164113314-0.326804146774-0.0820732110260.40174829337-0.0721523797929-0.5707896806670.1507821018610.2842491287550.00257045347563-0.02355803500440.342082466186-0.09278115316240.30248874114683.3157484464-15.211950619119.240188616
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -2 through 213 )-2 - 2131 - 217
22chain 'A' and (resid 214 through 274 )214 - 274218 - 278
33chain 'A' and (resid 275 through 603 )275 - 603279 - 607
44chain 'A' and (resid 604 through 704 )604 - 704608 - 708
55chain 'A' and (resid 705 through 765 )705 - 765709 - 766
66chain 'A' and (resid 766 through 844 )766 - 844767 - 845
77chain 'A' and (resid 845 through 908 )845 - 908846 - 909

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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