PDB-8u00: Crystal structure of metallo-beta-lactamase superfamily protein f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u00

タイトル

Crystal structure of metallo-beta-lactamase superfamily protein from Caulobacter vibrioides

要素

Metallo-beta-lactamase superfamily protein

キーワード

HYDROLASE / metallo-beta-lacatamase / antibiotic-resistance / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID

機能・相同性

Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / NICKEL (II) ION / Metallo-beta-lactamase superfamily protein

機能・相同性情報

生物種

Caulobacter vibrioides CB15 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of metallo-beta-lactamase superfamily protein from Caulobacter vibrioides
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2023年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u00.cif.gz	248.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u00.ent.gz	166.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8u00_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u00_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	8u00_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	8u00_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/8u00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/8u00	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP97244

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase superfamily protein

B: Metallo-beta-lactamase superfamily protein

ヘテロ分子

59.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Metallo-beta-lactamase superfamily protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Metallo-beta-lactamase superfamily protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.341, 85.341, 78.844
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	77
Space group name H-M	P4₂
Space group name Hall	P4c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+1/2 #3: y,-x,z+1/2 #4: -x,-y,z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase superfamily protein 分子量: 29148.979 Da / 分子数: 2 / 変異: deletion 1-21 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides CB15 (バクテリア) 遺伝子: CC_2139 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q9A6F5

-
非ポリマー , 7種, 136分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.05 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 18 % w/v PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 47880 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 38.24 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 34.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 2008 / CC_1/2: 0.861 / R_pim(I) all: 0.208 / R_rim(I) all: 0.681 / % possible all: 84.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→24.1 Å / SU ML: 0.2437 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.9124
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2252	2357	4.95 %
R_work	0.1885	45278	-
obs	0.1903	47635	98.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3686	0	28	119	3833

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	3881
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7926	5290
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	606
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0074	690
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.1937	1401

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.89	0.3118	118	0.3315	2344	X-RAY DIFFRACTION	86.45
1.89-1.93	0.3114	152	0.2983	2540	X-RAY DIFFRACTION	94.96
1.93-1.97	0.3007	159	0.2909	2604	X-RAY DIFFRACTION	98.36
1.97-2.02	0.2859	163	0.2476	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.02-2.08	0.3085	145	0.2498	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2.08-2.14	0.3286	117	0.2304	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.14-2.21	0.2542	110	0.2239	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.21-2.29	0.2682	123	0.2108	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.38	0.2502	145	0.2059	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.38-2.49	0.2523	115	0.2155	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.49-2.62	0.2518	132	0.2157	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.62-2.78	0.2415	136	0.2183	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.78-3	0.2784	163	0.2	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3-3.3	0.2381	188	0.2139	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.3-3.77	0.2309	125	0.1834	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.74	0.166	125	0.1528	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
4.75-24.1	0.1714	141	0.1465	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.59

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.10372194058	-0.683647708377	-0.657825692875	3.37722342691	1.1204820152	4.38443959268	-0.0681634118105	-0.0555889803496	0.24790381459	0.515672825863	0.164085528932	-0.207177941038	-0.188296524052	0.0909575279332	-0.0734422872171	0.482279114813	0.0597280941082	-0.0213097798903	0.203131663743	-0.0215100865237	0.346706171833	25.5119206793	-6.1636170173	-1.7008129301
2	2.38347587102	0.788390656983	0.205420806515	3.57303046507	0.0314275494969	5.25986461304	-0.231516671253	-0.418618370642	0.0664845847342	0.750839910914	0.284665202656	-0.342847529771	0.464486588774	0.283736000161	-0.0283868676345	0.707248926147	0.189613403062	-0.0560174549111	0.347704551158	-0.00956027085083	0.383412659887	28.8150736325	-19.0043710037	3.79081474923
3	1.53486351406	-1.60528840214	0.254860584424	5.02040890527	2.11430498433	1.95799283472	-0.257677803911	-0.087780984546	-0.152280305378	0.363352753112	0.238745910172	0.34967912765	0.45116586421	-0.200070369854	0.0288825317795	0.601089694029	0.0102592848474	0.0935713974229	0.269514370266	0.0811422299431	0.376610248492	19.8573825252	-24.7421273301	-4.03597676394
4	3.37873274348	0.151007165597	-0.096480028308	3.3602219381	-0.805501027436	7.57683336439	0.121555502649	0.527036842053	-0.234698597532	0.371787134441	-0.185809550355	-0.0460874130052	0.0948777109375	-0.0660570327501	0.0550646153097	0.342715870894	0.0643317758366	0.0351203474847	0.450132556535	0.00351065955727	0.430266788919	33.8812940578	-24.6982074122	44.7081803717
5	3.28667167552	-0.601637933921	-0.452035251852	2.16533497444	1.25425365887	3.36268529438	0.226539978947	0.624447694454	0.225581295734	-0.23695588912	-0.138521404076	-0.296255151748	-0.0795192774096	0.283553634439	-0.0917345367465	0.241118042114	0.063586842804	0.0457160811366	0.544466289688	0.0385592869275	0.393223986875	38.0941074018	-16.6825701327	37.5144787387
6	3.89619610903	0.73392993571	3.30858482282	2.35826745447	-0.463082129858	4.46286708703	0.357835330238	0.431338111382	1.60540425778	-0.200893366138	0.0229824818317	0.209828986888	-1.29890169102	-0.385596499278	0.0434232534967	0.535758758363	0.201446216158	0.161818710957	0.615518314716	0.212978172716	0.851122315832	28.8520541985	-3.36730555886	36.6314604061
7	3.29934994339	0.618264659374	-0.968884763222	2.11948965797	-0.737794635335	5.87951675684	0.205196823836	0.574711305035	0.119671905481	-0.381690838441	-0.279261074027	0.047405340257	0.0955542179435	-0.164392217361	0.119649984899	0.315080151165	0.16939247052	-0.0253063955611	0.726011761615	0.00285276492614	0.363274198105	23.4001849908	-15.6716954034	33.7335768263
8	4.38802570069	-1.36319871602	-1.51651729471	1.82912206907	-0.0462104094737	2.15734807932	0.245390479228	0.308254960528	-0.312496427503	-0.115136067648	-0.22433996686	0.0734955673718	0.167316006061	-0.297134827274	-0.00921493204099	0.279420561421	0.00697976718414	-0.066341345261	0.612466925109	-0.0780653697594	0.388531151625	17.8984251827	-22.8138155045	41.5957562264

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 19 through 147 )	A	A	19 - 147	1 - 104
2	2	chain 'A' and (resid 148 through 204 )	A	A	148 - 204	105 - 161
3	3	chain 'A' and (resid 205 through 285 )	A	A	205 - 285	162 - 242
4	4	chain 'B' and (resid 19 through 40 )	B	C	19 - 40	1 - 22
5	5	chain 'B' and (resid 41 through 112 )	B	C	41 - 112	23 - 94
6	6	chain 'B' and (resid 113 through 155 )	B	C	113 - 155	95 - 112
7	7	chain 'B' and (resid 156 through 204 )	B	C	156 - 204	113 - 161
8	8	chain 'B' and (resid 205 through 285 )	B	C	205 - 285	162 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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