[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8u00: Crystal structure of metallo-beta-lactamase superfamily protein f... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8u00 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of metallo-beta-lactamase superfamily protein from Caulobacter vibrioides | ||||||
Components | Metallo-beta-lactamase superfamily protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / metallo-beta-lacatamase / antibiotic-resistance / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID | ||||||
Function / homology | Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / NICKEL (II) ION / Metallo-beta-lactamase superfamily protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Caulobacter vibrioides CB15 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of metallo-beta-lactamase superfamily protein from Caulobacter vibrioides Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8u00.cif.gz | 248.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8u00.ent.gz | 166.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8u00.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8u00_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8u00_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | 8u00_validation.xml.gz | 20 KB | Display | |
Data in CIF | 8u00_validation.cif.gz | 27.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/8u00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/8u00 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
---|---|
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 29148.979 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: deletion 1-21 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Caulobacter vibrioides CB15 (bacteria) / Gene: CC_2139 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Gold / References: UniProt: Q9A6F5 |
---|
-Non-polymers , 7 types, 136 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.05 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 18 % w/v PEG8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97949 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Jul 25, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 47880 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 38.24 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 34.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 2008 / CC1/2: 0.861 / Rpim(I) all: 0.208 / Rrim(I) all: 0.681 / % possible all: 84.1 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.85→24.1 Å / SU ML: 0.2437 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 27.9124 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→24.1 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|