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万見
- PDB-8tzu: OC43 S1b domain in complex with WNb 293 and WNb 317 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tzu
タイトルOC43 S1b domain in complex with WNb 293 and WNb 317
要素
  • Spike protein S1
  • WNb 293
  • WNb 317
キーワードVIRAL PROTEIN / Antibody / SARS-CoV-2 Spike / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HCoV-OC43-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HCoV-OC43-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pymm, P. / Feng, J. / Tham, W.H.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2021267 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2024
タイトル: Human coronavirus OC43 nanobody neutralizes virus and protects mice from infection.
著者: Adair, A. / Tan, L.L. / Feng, J. / Girkin, J. / Bryant, N. / Wang, M. / Mordant, F. / Chan, L.-J. / Bartlett, N.W. / Subbarao, K. / Pymm, P. / Tham, W.-H.
履歴
登録2023年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: Spike protein S1
C: WNb 317
D: WNb 293
E: WNb 293
F: Spike protein S1
G: WNb 317
H: WNb 317
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,34217
ポリマ－157,3978
非ポリマー2,9459
水1,20767
1
A: Spike protein S1
E: WNb 293
G: WNb 317
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5977
ポリマ－57,1103
非ポリマー1,4874
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area23500 Å2
手法PISA
2
B: Spike protein S1
C: WNb 317
D: WNb 293
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1437
ポリマ－57,1103
非ポリマー1,0334
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area22970 Å2
手法PISA
3
F: Spike protein S1
H: WNb 317
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6023
ポリマ－43,1782
非ポリマー4241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area17570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.914, 150.610, 155.111
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABF

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 29993.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43)
遺伝子: S, 3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36334

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抗体 , 2種, 5分子 CGHDE

#2: 抗体 WNb 317


分子量: 13183.584 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#3: 抗体 WNb 293


分子量: 13932.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

-
糖 , 3種, 5分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 71分子

#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 23% PEG 1500, 0.1 M MMT pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.46 Å / Num. obs: 52029 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 78.81 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 7476 / CC1/2: 0.601

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→49.46 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 2621 5.04 %
Rwork0.2271 --
obs0.229 52029 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10781 0 139 67 10987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211170
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53915152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6863954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431665
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041961
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.950.35111470.33332529X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.010.35571410.31422585X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.070.41231140.32492571X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.140.38281610.36322538X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.210.37631430.33242560X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.290.33261440.28932577X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.380.31571200.25042566X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.480.28961530.25052553X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.590.29941340.24722609X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.720.29061200.25462588X-RAY DIFFRACTION100
3.72-3.870.28871420.26042578X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.040.26131490.20992563X-RAY DIFFRACTION100
4.04-4.260.21441310.19142620X-RAY DIFFRACTION100
4.26-4.520.23511380.1752620X-RAY DIFFRACTION100
4.52-4.870.21311310.17832616X-RAY DIFFRACTION100
4.87-5.360.22871350.18022620X-RAY DIFFRACTION100
5.36-6.140.2551610.19652627X-RAY DIFFRACTION100
6.14-7.730.22541310.20582679X-RAY DIFFRACTION100
7.73-49.460.25161260.24072809X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.122 Å / Origin y: 32.9892 Å / Origin z: -9.1493 Å
111213212223313233
T0.4483 Å2-0.0594 Å20.0397 Å2-0.4912 Å20.0256 Å2--0.5049 Å2
L0.407 °2-0.2689 °20.2266 °2-0.4237 °2-0.1722 °2--0.7596 °2
S-0.0582 Å °0.1082 Å °0.0434 Å °0.1048 Å °-0.1041 Å °-0.0925 Å °-0.0871 Å °0.0445 Å °0.1657 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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