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- PDB-8tzn: Crystal structure of 10E8-GT10.2 HIV-1 MPER scaffold in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tzn
タイトルCrystal structure of 10E8-GT10.2 HIV-1 MPER scaffold in complex with a non-human primate W3-01 Fab
要素
  • 10E8-GT10.2 MPER scaffold
  • W3-01 Fab Heavy Chain
  • W3-01 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / MPER / NHP / 10E8 / scaffold / GP41
生物種unidentified monkey (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Lee, C.C.D. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI147826 米国
Bill & Melinda Gates FoundationNAC CAVD 米国
引用ジャーナル: Nat Immunol / 年: 2024
タイトル: Vaccination induces broadly neutralizing antibody precursors to HIV gp41.
著者: Torben Schiffner / Ivy Phung / Rashmi Ray / Adriana Irimia / Ming Tian / Olivia Swanson / Jeong Hyun Lee / Chang-Chun D Lee / Ester Marina-Zárate / So Yeon Cho / Jiachen Huang / Gabriel ...著者: Torben Schiffner / Ivy Phung / Rashmi Ray / Adriana Irimia / Ming Tian / Olivia Swanson / Jeong Hyun Lee / Chang-Chun D Lee / Ester Marina-Zárate / So Yeon Cho / Jiachen Huang / Gabriel Ozorowski / Patrick D Skog / Andreia M Serra / Kimmo Rantalainen / Joel D Allen / Sabyasachi Baboo / Oscar L Rodriguez / Sunny Himansu / Jianfu Zhou / Jonathan Hurtado / Claudia T Flynn / Katherine McKenney / Colin Havenar-Daughton / Swati Saha / Kaitlyn Shields / Steven Schultze / Melissa L Smith / Chi-Hui Liang / Laura Toy / Simone Pecetta / Ying-Cing Lin / Jordan R Willis / Fabian Sesterhenn / Daniel W Kulp / Xiaozhen Hu / Christopher A Cottrell / Xiaoya Zhou / Jennifer Ruiz / Xuesong Wang / Usha Nair / Kathrin H Kirsch / Hwei-Ling Cheng / Jillian Davis / Oleksandr Kalyuzhniy / Alessia Liguori / Jolene K Diedrich / Julia T Ngo / Vanessa Lewis / Nicole Phelps / Ryan D Tingle / Skye Spencer / Erik Georgeson / Yumiko Adachi / Michael Kubitz / Saman Eskandarzadeh / Marc A Elsliger / Rama R Amara / Elise Landais / Bryan Briney / Dennis R Burton / Diane G Carnathan / Guido Silvestri / Corey T Watson / John R Yates / James C Paulson / Max Crispin / Gevorg Grigoryan / Andrew B Ward / Devin Sok / Frederick W Alt / Ian A Wilson / Facundo D Batista / Shane Crotty / William R Schief /
要旨: A key barrier to the development of vaccines that induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against human immunodeficiency virus (HIV) and other viruses of high antigenic diversity is the design ...A key barrier to the development of vaccines that induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against human immunodeficiency virus (HIV) and other viruses of high antigenic diversity is the design of priming immunogens that induce rare bnAb-precursor B cells. The high neutralization breadth of the HIV bnAb 10E8 makes elicitation of 10E8-class bnAbs desirable; however, the recessed epitope within gp41 makes envelope trimers poor priming immunogens and requires that 10E8-class bnAbs possess a long heavy chain complementarity determining region 3 (HCDR3) with a specific binding motif. We developed germline-targeting epitope scaffolds with affinity for 10E8-class precursors and engineered nanoparticles for multivalent display. Scaffolds exhibited epitope structural mimicry and bound bnAb-precursor human naive B cells in ex vivo screens, protein nanoparticles induced bnAb-precursor responses in stringent mouse models and rhesus macaques, and mRNA-encoded nanoparticles triggered similar responses in mice. Thus, germline-targeting epitope scaffold nanoparticles can elicit rare bnAb-precursor B cells with predefined binding specificities and HCDR3 features.
履歴
登録2023年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 10E8-GT10.2 MPER scaffold
G: W3-01 Fab Heavy Chain
H: W3-01 Fab Light Chain
A: 10E8-GT10.2 MPER scaffold
B: W3-01 Fab Heavy Chain
D: W3-01 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,0086
ポリマ－139,0086
非ポリマー00
水00
1
C: 10E8-GT10.2 MPER scaffold
G: W3-01 Fab Heavy Chain
H: W3-01 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5043
ポリマ－69,5043
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 10E8-GT10.2 MPER scaffold
B: W3-01 Fab Heavy Chain
D: W3-01 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5043
ポリマ－69,5043
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.825, 111.825, 199.609
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 10E8-GT10.2 MPER scaffold


分子量: 21826.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified monkey (哺乳類) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 W3-01 Fab Heavy Chain


分子量: 24680.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified monkey (哺乳類) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 W3-01 Fab Light Chain


分子量: 22997.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified monkey (哺乳類) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.54 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.2M ammonium dihydrogen phosphate, 20% PEG3350, and 10% (v/v) ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→50 Å / Num. obs: 26452 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 101.75 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 3.11→3.17 Å / Num. unique obs: 2590 / CC1/2: 0.492

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5058精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.11→39.15 Å / SU ML: 0.4674 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.6121
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2836 1327 5.22 %
Rwork0.2462 24105 -
obs0.2482 25432 95.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 117.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→39.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7279 0 0 0 7279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01087458
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.218210147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05721124
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00981293
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.00122677
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.11-3.240.35791310.32272459X-RAY DIFFRACTION89.84
3.24-3.390.36871430.29932508X-RAY DIFFRACTION91.19
3.39-3.560.3031590.28282578X-RAY DIFFRACTION94.25
3.56-3.790.31131550.25242630X-RAY DIFFRACTION96.23
3.79-4.080.27891390.23532688X-RAY DIFFRACTION96.55
4.08-4.490.28241720.22552726X-RAY DIFFRACTION98.3
4.49-5.140.23481410.2182766X-RAY DIFFRACTION99.01
5.14-6.470.28781460.24792812X-RAY DIFFRACTION98.76
6.47-39.150.27421410.24752938X-RAY DIFFRACTION98.53
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -36.028005886 Å / Origin y: -0.0207168551643 Å / Origin z: 8.1983845601 Å
111213212223313233
T1.11776477765 Å2-0.166608798474 Å20.0545048579307 Å2-0.568336132625 Å20.00320831979287 Å2--0.748333424771 Å2
L0.608589761925 °2-0.0229050303484 °20.00165540884067 °2-0.784744752829 °2-0.390712573267 °2--1.33266945501 °2
S-0.261375143293 Å °0.226266814902 Å °-0.0851065966642 Å °-0.338451297007 Å °0.107902312397 Å °-0.0854470419364 Å °0.406892340139 Å °0.198066861079 Å °0.13780794104 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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