PDB-8tyi: NMR structure of L5pG ([p23W, G24W]kalata B1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tyi

タイトル

NMR structure of L5pG ([p23W, G24W]kalata B1)

要素

Kalata-B1

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / cyclotide / oxidative folding / cystine knot / beta-turn

機能・相同性

Cyclotide, moebius, conserved site / Cyclotides Moebius subfamily signature. / Cyclotides profile. / Cyclotide / Cyclotide superfamily / Cyclotide family / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / Kalata-B1

機能・相同性情報

生物種

Oldenlandia affinis (植物)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Tian, S. / Craik, D.J. / Conan, K.W.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Nucleation of a key beta-turn promotes cyclotide oxidative folding.
著者: Tian, S. / de Veer, S.J. / Durek, T. / Wang, C.K. / Craik, D.J.

履歴

登録	2023年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tyi.cif.gz	129.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tyi.ent.gz	89.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tyi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/8tyi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/8tyi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 31102NMR structure of L5pG ([p23W, G24W]kalata B1)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kalata-B1

2.79 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: not applicable

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Kalata-B1 分子量: 2788.187 Da / 分子数: 1 / 変異: P24G / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oldenlandia affinis (植物) / 参照: UniProt: P56254
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 2 mg/mL L5pG, 90% H2O/10% D2O / Label: Sample 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 2 mg/mL / 構成要素: L5pG / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 0 M / Label: conditions_1 / pH: 3.7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CcpNmr Analysis Assign	2.4.2	CCPN	chemical shift assignment
CNS		Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	structure calculation
CNS		Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
CcpNmr Analysis Assign	2.4.2	CCPN	peak picking

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 3

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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