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- PDB-8tx9: Nan Regulatory Protein (core isomerase domain) from Streptococcus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tx9
タイトルNan Regulatory Protein (core isomerase domain) from Streptococcus pneumoniae
要素MurR/RpiR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Regulator / DNA-Binding / Ligand-bound / Isomerase-Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix protein RpiR / : / Helix-turn-helix domain, rpiR family / RpiR-type HTH domain profile. / RpiR-like, SIS domain / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BMX / MurR/RpiR family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Wood, D.M. / Horne, C.R. / Panjikar, S. / Dobson, R.C.J.
資金援助 ニュージーランド, 2件
組織認可番号国
Royal Society of New ZealandUOC1506 ニュージーランド
Ministry of Business, Innovation and Employment (New Zealand)UOCX1706 ニュージーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of isomerase domain of the nan-regulatory protein (NanR) from Streptococcus pneumoniae
著者: Wood, D.M. / Dobson, R.C.J.
履歴
登録2023年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MurR/RpiR family transcriptional regulator
C: MurR/RpiR family transcriptional regulator
D: MurR/RpiR family transcriptional regulator
B: MurR/RpiR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,13312
ポリマ－130,8364
非ポリマー1,2978
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14510 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area27020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.577, 147.577, 82.311
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
MurR/RpiR family transcriptional regulator


分子量: 32709.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: D39 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A064C3N8
#2: 糖
ChemComp-BMX / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-6-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-MANNOPYRANOSE / N-acetyl-6-O-phosphono-alpha-D-mannosamine / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-mannose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 301.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16NO9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-ManpNAc6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / Density meas: 7.27696 Mg/m3 / 溶媒含有率: 28.44 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100mM MES pH 6.5, 12% PEG 20K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953649 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月27日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953649 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→46.67 Å / Num. obs: 58739 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 44.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / Num. unique obs: 4202 / CC1/2: 0.769

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC8.0.013精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS20171111データ削減
Aimless7.0.076データスケーリング
PHASER7.0.076位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→42.23 Å / SU ML: 0.3396 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.1471
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2707 5588 4.85 %
Rwork0.2106 109682 -
obs0.2134 58739 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→42.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5985 0 80 184 6249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01536176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48798358
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0737960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.03571056
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0494825
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.030.47521870.4053199X-RAY DIFFRACTION89.2
2.03-2.060.38852140.35653694X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.080.40072060.3683686X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.110.41691810.34793671X-RAY DIFFRACTION99.97
2.11-2.140.37721860.33333630X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.160.39811460.32263756X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.20.33362110.29823633X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.230.31852060.29413617X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.260.3231780.29073691X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.30.33132300.28873652X-RAY DIFFRACTION99.97
2.3-2.340.32242180.28053646X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.380.28642220.27493617X-RAY DIFFRACTION99.97
2.38-2.430.37451760.28623653X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.480.3752040.27923659X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.530.29841580.25433685X-RAY DIFFRACTION99.95
2.53-2.590.31281680.26563729X-RAY DIFFRACTION99.97
2.59-2.660.31942040.263644X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.730.28282100.25893669X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.810.30711480.2543730X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.90.3282100.26183610X-RAY DIFFRACTION100
2.9-30.38261630.25323698X-RAY DIFFRACTION100
3-3.120.31591800.25413694X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.260.2931540.23083685X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.440.27891940.21023701X-RAY DIFFRACTION99.92
3.44-3.650.30171830.20553605X-RAY DIFFRACTION99.87
3.65-3.930.24871680.18253709X-RAY DIFFRACTION99.87
3.93-4.330.23331540.15213717X-RAY DIFFRACTION99.85
4.33-4.950.16571780.15193643X-RAY DIFFRACTION99.87
4.95-6.240.2131700.16263728X-RAY DIFFRACTION99.95
6.24-42.230.20411810.14643631X-RAY DIFFRACTION99.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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