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- PDB-8tx4: Crystal Structure of rA3G-ssDNA-GA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tx4
タイトルCrystal Structure of rA3G-ssDNA-GA
要素
  • DNA 22-mer with (5'-D(P*TP*GP*AP*TP*TP)-3')
  • DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
キーワードHYDROLASE/DNA / DEAMINASE / APOBEC / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用 / : / DNA cytosine deamination / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / P-body / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yang, H. / Pacheco, J.I. / Chen, X.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism for regulating APOBEC3G DNA editing function by the non-catalytic domain.
著者: Yang, H. / Pacheco, J. / Kim, K. / Bokani, A. / Ito, F. / Ebrahimi, D. / Chen, X.S.
履歴
登録2023年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
B: DNA 22-mer with (5'-D(P*TP*GP*AP*TP*TP)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0625
ポリマ－51,8362
非ポリマー2263
水5,999333
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area19070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.295, 67.977, 127.906
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G / Deoxycytidine deaminase


分子量: 45199.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: APOBEC3G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: M1GSK9, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#2: DNA鎖 DNA 22-mer with (5'-D(P*TP*GP*AP*TP*TP)-3')


分子量: 6636.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.43 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-tris propane pH 7.5, 0.2 M Sodium/Potassium phosphate, 16% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→63.95 Å / Num. obs: 38683 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 25.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1056 / Rpim(I) all: 0.03001 / Net I/σ(I): 17.48
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.9781 / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 3806 / CC1/2: 0.917 / CC star: 0.978 / Rpim(I) all: 0.2812 / % possible all: 99.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
xia2データスケーリング
xia2データ削減
BOSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→63.95 Å / SU ML: 0.1898 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.3121
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 1888 4.88 %
Rwork0.1747 36777 -
obs0.1767 38665 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→63.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3104 87 7 333 3531
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00583308
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82194508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0529453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0074451
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.28031440.26512784X-RAY DIFFRACTION99.8
1.95-2.010.26821490.22822764X-RAY DIFFRACTION99.66
2.01-2.070.24981490.21342784X-RAY DIFFRACTION99.73
2.07-2.150.25511450.19522791X-RAY DIFFRACTION99.83
2.15-2.230.2321550.17472777X-RAY DIFFRACTION99.76
2.23-2.340.25291620.17192810X-RAY DIFFRACTION99.93
2.34-2.460.20061220.18032828X-RAY DIFFRACTION99.9
2.46-2.610.19961350.18042833X-RAY DIFFRACTION99.97
2.61-2.810.21371320.17712842X-RAY DIFFRACTION99.83
2.81-3.10.23191410.17962834X-RAY DIFFRACTION99.63
3.1-3.550.22251470.16762819X-RAY DIFFRACTION98.83
3.55-4.470.18251450.1472905X-RAY DIFFRACTION100
4.47-63.950.20691620.16813006X-RAY DIFFRACTION99.15
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.74778191482 Å / Origin y: -15.5228538415 Å / Origin z: 30.8028166791 Å
111213212223313233
T0.118323414022 Å20.00721961684243 Å2-0.0259128426327 Å2-0.146175300092 Å2-0.0151965701759 Å2--0.176874181357 Å2
L0.414578324622 °20.0537820368639 °20.019461663246 °2-1.47096477748 °2-0.670707479705 °2--1.19896365012 °2
S0.017068654386 Å °0.00915392032949 Å °0.0090691277309 Å °-0.136119796894 Å °0.057004057742 Å °0.159113300663 Å °0.139529760142 Å °-0.0907652260452 Å °-0.0321211730159 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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