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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8twv | ||||||
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タイトル | ELIC5 with Propylamine in spNW15 nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG | ||||||
![]() | Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / ELIC / ion channel / pLGIC / Structural Protein / Membrane Protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
![]() | Dalal, V. / Arcario, M.J. / Petroff II, J.T. / Deitzen, N.M. / Tan, B.K. / Brannigan, G. / Cheng, W.W.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Lipid nanodisc scaffold and size alter the structure of a pentameric ligand-gated ion channel. 著者: Vikram Dalal / Mark J Arcario / John T Petroff / Brandon K Tan / Noah M Dietzen / Michael J Rau / James A J Fitzpatrick / Grace Brannigan / Wayland W L Cheng / ![]() 要旨: Lipid nanodiscs have become a standard tool for studying membrane proteins, including using single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We find that reconstituting the pentameric ligand-gated ...Lipid nanodiscs have become a standard tool for studying membrane proteins, including using single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We find that reconstituting the pentameric ligand-gated ion channel (pLGIC), Erwinia ligand-gated ion channel (ELIC), in different nanodiscs produces distinct structures by cryo-EM. The effect of the nanodisc on ELIC structure extends to the extracellular domain and agonist binding site. Additionally, molecular dynamic simulations indicate that nanodiscs of different size impact ELIC structure and that the nanodisc scaffold directly interacts with ELIC. These findings suggest that the nanodisc plays a crucial role in determining the structure of pLGICs, and that reconstitution of ion channels in larger nanodiscs may better approximate a lipid membrane environment. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 310.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 254.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41672MC ![]() 8f32C ![]() 8f33C ![]() 8f34C ![]() 8f35C ![]() 8twzC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37011.055 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-3CN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: ELIC5 with Propylamine in spNW15 nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: O2 27.5 sccm H2 6.4 sccm / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot for 2 seconds before plunging |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 120000 X / 倍率(補正後): 120000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 11.78 sec. / 電子線照射量: 50.09 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27201 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |