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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8twn | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of nitrile synthase AetD with substrate bound | |||||||||||||||
要素 | AetD | |||||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / nitrile synthase / non-heme iron enzyme / diiron enzyme | |||||||||||||||
機能・相同性 | Haem oxygenase-like, multi-helical / metal ion binding / Chem-67I / D-MALATE / AetD 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Aetokthonos hydrillicola (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Ye, N. / Drennan, C.L. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2024 タイトル: A single diiron enzyme catalyses the oxidative rearrangement of tryptophan to indole nitrile. 著者: Adak, S. / Ye, N. / Calderone, L.A. / Duan, M. / Lubeck, W. / Schafer, R.J.B. / Lukowski, A.L. / Houk, K.N. / Pandelia, M.E. / Drennan, C.L. / Moore, B.S. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8twn.cif.gz | 76.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8twn.ent.gz | 47.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8twn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8twn_validation.pdf.gz | 820.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8twn_full_validation.pdf.gz | 820.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8twn_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8twn_validation.cif.gz | 16 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/8twn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/8twn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30640.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aetokthonos hydrillicola (バクテリア) 遺伝子: aetD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A861B387 |
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#2: 化合物 | ChemComp-67I / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-MLT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.78 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM MES monohydrate pH 6.0, 20% PEG 4000, 110 mM malonic acid, 15 mM ammonium citrate tribasic, 7.2 mM succinic acid, 18 mM DL-malic acid, 24 mM sodium acetate trihydrate, 30 mM sodium ...詳細: 100 mM MES monohydrate pH 6.0, 20% PEG 4000, 110 mM malonic acid, 15 mM ammonium citrate tribasic, 7.2 mM succinic acid, 18 mM DL-malic acid, 24 mM sodium acetate trihydrate, 30 mM sodium formate, 9.6 mM ammonium tartrate dibasic |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月20日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 22444 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 42.89 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.21 Å / Num. unique obs: 3470 / CC1/2: 0.844 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.08→47.25 Å / SU ML: 0.2551 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.045 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.08→47.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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