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- PDB-8twd: Structure of IraM-bound RssB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8twd
タイトルStructure of IraM-bound RssB
要素
  • Anti-adapter protein IraM
  • Regulator of RpoS
キーワードSIGNALING PROTEIN / response regulator / ClpXP anti-adaptor
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist activity / sigma factor antagonist complex / phosphorelay response regulator activity / positive regulation of proteolysis / cellular response to starvation / protein destabilization / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription ...sigma factor antagonist activity / sigma factor antagonist complex / phosphorelay response regulator activity / positive regulation of proteolysis / cellular response to starvation / protein destabilization / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Anti-adapter protein IraM / Signal transduction protein PmrD superfamily / Regulator of RpoS / : / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Regulator of RpoS / Anti-adapter protein IraM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Brugger, C. / Deaconescu, A.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM121975 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM144124 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: IraM remodels the RssB segmented helical linker to stabilize sigma s against degradation by ClpXP.
著者: Brugger, C. / Srirangam, S. / Deaconescu, A.M.
履歴
登録2023年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-adapter protein IraM
B: Anti-adapter protein IraM
C: Regulator of RpoS
D: Regulator of RpoS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2035
ポリマ－93,1444
非ポリマー591
水00
1
A: Anti-adapter protein IraM
C: Regulator of RpoS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6313
ポリマ－46,5722
非ポリマー591
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19180 Å2
手法PISA
2
B: Anti-adapter protein IraM
D: Regulator of RpoS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5722
ポリマ－46,5722
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.664, 191.229, 96.985
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Anti-adapter protein IraM


分子量: 9233.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: iraM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W8SRD3
#2: タンパク質 Regulator of RpoS


分子量: 37338.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rssB, hnr, sprE, ychL, b1235, JW1223 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEV1
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.18 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.5 120mM magnesium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月2日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→49.33 Å / Num. obs: 18674 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 119.84 Å2 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 3.3→3.56 Å / Num. unique obs: 3782 / CC1/2: 0.79

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→49.33 Å / SU ML: 0.3918 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 33.0358
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2706 1722 10.07 %
Rwork0.2446 15381 -
obs0.2474 17103 91.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 158.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6401 0 4 0 6405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00326527
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64278857
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04351032
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00421127
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.91352409
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.40.4311200.39551021X-RAY DIFFRACTION74.62
3.4-3.510.41681250.34271099X-RAY DIFFRACTION79.48
3.51-3.630.36281260.30411167X-RAY DIFFRACTION84.73
3.63-3.780.30041350.30451214X-RAY DIFFRACTION87.65
3.78-3.950.32951380.29171222X-RAY DIFFRACTION89.65
3.95-4.160.27811490.29461293X-RAY DIFFRACTION93.27
4.16-4.420.311490.24321348X-RAY DIFFRACTION96.39
4.42-4.760.23081490.21621352X-RAY DIFFRACTION97.47
4.76-5.240.2961540.24111381X-RAY DIFFRACTION98.33
5.24-5.990.29861550.27651390X-RAY DIFFRACTION98.72
6-7.540.31681550.27711415X-RAY DIFFRACTION98.74
7.55-49.330.20131670.18291479X-RAY DIFFRACTION99.46
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.99985627702-2.415004158911.224770782932.9585310212-1.589414415088.64148384563-0.478954829352.844046090880.786133963585-0.8451593794630.0248895124447-0.107701167748-0.5011528798770.4739784456740.6146905671961.86104355456-0.4275210791910.1279964614260.7461454072890.1210385828161.2306779388629.75990020313.0942966013-1.08277693461
26.4048493286-4.04577200245-4.816010918357.504264103386.993224935086.74692409866-1.70794794363-2.00775927854-0.9143953000421.635971120872.783411758430.8369067033081.37054744622.050429147460.9584971218530.700835187009-0.5422873867840.5333389735970.344227492928-0.0914236692451.4050364737635.23654882168.768719876136.45372432063
36.541837025234.651076801441.853274223172.991477683161.144287647985.202242682460.3439368643910.0618054867801-0.09440407074460.118201733558-0.02192127366630.319215227886-0.0430659143720.15809370942-0.1799762263751.35695844650.09471991223010.1790775287130.541455765675-0.009221720658831.3633061233430.715326293310.90730422352.10558899261
42.03040714922-6.77845212547-4.049708860514.72271604364.802876326012.012711722-1.63905112036-0.571209787696-2.0792676491.9323404138-1.079581628710.93623067751-0.137811954201-2.726331026852.683465422390.7642266942290.06505168749630.005766111399150.725531794695-0.116846931981.4894917367220.1319622519.405902292920.160912722915
57.37346987252-1.17433796424-1.164068873750.5211524553840.2021405041254.02286816758-0.07099665235460.3678220241621.074756780180.5327088497570.2285468772331.02764428576-0.2604453254331.36695671109-0.2233143943891.20167186642-0.144562621651-0.02093562510530.552675110313-0.03462735349541.1024088142132.887433004811.17391355355.72195047886
67.470702755891.84306194486-0.8474756292244.50321949851.5501928678.41107632682-0.227313370076-0.2347201898820.8447962894070.3101808364160.160996220585-0.119151460872-0.8115824512050.118834741664-0.05704992000171.10377319515-0.00276481826308-0.05731362775420.691489406399-0.02668376008171.096904189819.2497636872222.411008488418.0435776056
76.179396657363.339775658830.29454007434.41332393788-2.35636985095.646214134461.25893053012-1.10190297298-2.01459373582-1.56903217822-2.47429510315-0.932580489911-0.579942212572-0.716139107087-0.0918844758361.36625799081-0.0215752621039-0.5132480951280.976254285185-0.2465431297121.290844589156.3375424365819.803143023115.4076279497
89.89890318661-3.22265119491-6.537951339952.848262473054.565751614889.61866775004-0.383478437605-2.092927108460.791877672939-1.878111187620.193989217604-1.282033875483.3657621938-0.611554984891-0.03329999455581.21030261691-0.223650455895-0.03879698318721.15591030465-0.0724847161421.1824771869812.179456839316.890428409122.5682026858
92.32240774137-0.2227163869920.549010906942.404013063391.494821121921.18764636864-1.3076431493-2.11576530163-1.341295154772.3163125314-1.673351553340.5606193114664.58781241968-0.948220876392.779872549711.95716111524-0.3221460839410.6012374380241.376975812940.01951013412081.3541308019810.04511138759.9292903871222.4435712015
103.51308072762-5.79509591355-2.390956908569.14467165574.347211952656.442890298871.321720350740.8175909963211.394316265370.0143813984045-0.755276468099-1.1036935935-1.57659055427-0.297181953018-0.4648677276521.7278684171-0.218504315849-0.03605664476210.7056787881970.01537723579731.103023014976.5606365830528.118056751711.0814878603
115.763934779964.62762713613-4.061275359888.8263462927-5.069840306916.97669956844-0.03346775100080.3228494120790.482203381104-0.931159607153-0.138719303676-0.3163093977070.09785507927340.2220929172630.3257358622291.53825850985-0.118339914490.08842502437310.724553009294-0.02022805517021.3755722794336.615154652232.5046285526-4.71686520553
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136.029803115120.879531560064-0.8045459699795.445686529384.08447251168.04100020883-0.199074157981-0.09095938242280.00183225675132-0.0867706716433-0.1227851411770.5213171419090.0209892222957-0.1520606340720.3706805392681.48606212479-0.15274210658-0.08374289899170.649845484893-0.1961522037651.2245444601419.475025774142.477274766825.9470406743
144.65276924121-2.23119533089-0.125641563656.4922829771-1.911364901391.77640849050.3269696803841.43103252624-0.0947869658986-0.6907263629150.05819252771410.4841060020370.355795261166-0.514110849895-0.4152426026591.209225633410.0457243148482-0.09480015015571.18835548027-0.0215215139290.814975794211-2.8988380812228.8042796553-6.46346553045
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -1 through 11 )AA-1 - 111 - 13
22chain 'A' and (resid 12 through 22 )AA12 - 2214 - 24
33chain 'A' and (resid 23 through 43 )AA23 - 4325 - 45
44chain 'A' and (resid 44 through 52 )AA44 - 5246 - 54
55chain 'A' and (resid 53 through 78 )AA53 - 7855 - 80
66chain 'B' and (resid -1 through 25 )BB-1 - 251 - 27
77chain 'B' and (resid 26 through 37 )BB26 - 3728 - 39
88chain 'B' and (resid 38 through 47 )BB38 - 4740 - 49
99chain 'B' and (resid 48 through 59 )BB48 - 5950 - 61
1010chain 'B' and (resid 60 through 78 )BB60 - 7862 - 80
1111chain 'C' and (resid 2 through 146 )CC2 - 1461 - 145
1212chain 'C' and (resid 147 through 335 )CC147 - 335146 - 328
1313chain 'D' and (resid 2 through 134 )DD2 - 1341 - 133
1414chain 'D' and (resid 135 through 335 )DD135 - 335134 - 329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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