PDB-8tvk: KRAS 1-169 G12C Mutant at 100k

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tvk

タイトル

KRAS 1-169 G12C Mutant at 100k

要素

Isoform 2B of GTPase KRas

キーワード

HYDROLASE / GTPase

機能・相同性

small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Isoform 2B of GTPase KRas

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.04 Å

データ登録者

Deck, S.L. / Xu, M. / Milano, S.K. / Aplin, C.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA201402	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30GM124166	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Temperature Gradient Structures of Oncogenic KRAS G12C Mutants
著者: Deck, S.L. / Xu, M. / Aplin, C. / Milano, S.K.

履歴

登録	2023年8月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tvk.cif.gz	93 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tvk.ent.gz	67.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tvk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tvk_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tvk_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8tvk_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	8tvk_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/8tvk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/8tvk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8txjC 8txkC 8ty2C 8ty8C 8ty9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 2B of GTPase KRas

ヘテロ分子

19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.022, 40.545, 91.383
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras 分子量: 19317.850 Da / 分子数: 1 / 変異: G12C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 200mM Na Acetate pH 3.6 100mM Tris pH 8.5 20% PEG 3350 1mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.04→29.67 Å / Num. obs: 66735 / % possible obs: 94.65 % / 冗長度: 8.2 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 1.04→1.077 Å / Num. unique obs: 4345 / CC_1/2: 0.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.04→29.67 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2048	3275	4.91 %
R_work	0.1873	-	-
obs	0.1882	66735	94.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.04→29.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1352	0	29	247	1628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.037	1898
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.423	197
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	212
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	242

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.04-1.06	0.4029	66	0.3637	1591	X-RAY DIFFRACTION	55
1.06-1.07	0.3114	95	0.3269	1895	X-RAY DIFFRACTION	66
1.07-1.09	0.3007	122	0.3104	2190	X-RAY DIFFRACTION	77
1.09-1.11	0.317	103	0.2855	2496	X-RAY DIFFRACTION	86
1.11-1.13	0.2822	133	0.2611	2704	X-RAY DIFFRACTION	93
1.13-1.15	0.2376	158	0.2417	2818	X-RAY DIFFRACTION	98
1.15-1.17	0.2281	172	0.2152	2844	X-RAY DIFFRACTION	99
1.17-1.2	0.214	146	0.1983	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2-1.23	0.2152	128	0.1992	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
1.23-1.26	0.2153	123	0.1982	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
1.26-1.29	0.1992	168	0.1931	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
1.29-1.33	0.2154	142	0.1898	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.37	0.1994	158	0.1962	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.42	0.1994	166	0.1836	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.48	0.1821	158	0.1814	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.55	0.1873	160	0.1757	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.63	0.2159	160	0.1795	2939	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.73	0.1972	142	0.1825	2912	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.86	0.2186	158	0.186	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-2.05	0.1854	157	0.1799	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.35	0.1951	151	0.1757	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.96	0.2161	143	0.1843	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-29.67	0.1797	166	0.16	3135	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -11.3612 Å / Origin y: 1.8486 Å / Origin z: -10.655 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0717 Å²	0.0029 Å²	0.0018 Å²	-	0.0647 Å²	-0.0016 Å²	-	-	0.0703 Å²
L	0.6971 °²	-0.0008 °²	-0.0176 °²	-	0.4026 °²	0.0475 °²	-	-	0.6661 °²
S	0.0021 Å °	-0.0014 Å °	-0.0087 Å °	0.0026 Å °	-0.0005 Å °	0.0009 Å °	0.0209 Å °	-0.0194 Å °	-0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)