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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8tvd | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Fab 221-11 in complex with OspA | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM/Membrane Protein / monoclonal antibody / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-Membrane Protein complex | ||||||
| Function / homology | Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / cell surface / membrane / Outer surface protein A Function and homology information | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) Borreliella burgdorferi B31 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.077 Å | ||||||
Authors | Rudolph, M.J. / Mantis, N. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Fab 221-11 in complex with OspA Authors: Rudolph, M.J. / Mantis, N. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8tvd.cif.gz | 527.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8tvd.ent.gz | 439.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8tvd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8tvd_validation.pdf.gz | 480.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8tvd_full_validation.pdf.gz | 495.6 KB | Display | |
| Data in XML | 8tvd_validation.xml.gz | 45.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 8tvd_validation.cif.gz | 61.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/8tvd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/8tvd | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
|
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules EC
| #3: Protein | Mass: 26821.172 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Borreliella burgdorferi B31 (bacteria) / Gene: ospA / Production host: ![]() |
|---|
-Antibody , 2 types, 4 molecules LAHB
| #1: Antibody | Mass: 22921.387 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() #2: Antibody | Mass: 23803.768 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 18 molecules 




| #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.15 Å3/Da / Density % sol: 61.01 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 4% pentaerythritol ethoxylate, 2.2 M ammonium sulfate, and 100 mM sodium acetate pH 4.6. 2.0 M Tri-ammonium citrate and 5% MPD. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 3.05→50 Å / Num. obs: 35457 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 15.2 % / CC1/2: 0.6 / Net I/σ(I): 2.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.077→48.732 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.09 / Phase error: 28.66 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.077→48.732 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
Borreliella burgdorferi B31 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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