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- PDB-8tvc: Crystal structure of rA3G-ssDNA-AA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tvc
タイトルCrystal structure of rA3G-ssDNA-AA
要素
  • DNA 21-mer
  • DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
キーワードHYDROLASE/DNA / DEAMINASE / APOBEC / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用 / : / DNA cytosine deamination / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / P-body / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Yang, H. / Pacheco, J.I. / Chen, X.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism for regulating APOBEC3G DNA editing function by the non-catalytic domain.
著者: Yang, H. / Pacheco, J. / Kim, K. / Bokani, A. / Ito, F. / Ebrahimi, D. / Chen, X.S.
履歴
登録2023年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
B: DNA 21-mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7975
ポリマ－51,5712
非ポリマー2263
水4,810267
1
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
ヘテロ分子

B: DNA 21-mer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7975
ポリマ－51,5712
非ポリマー2263
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y+1/2,-z-1/21
Buried area970 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.429, 68.461, 126.735
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G / Deoxycytidine deaminase


分子量: 45199.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: APOBEC3G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: M1GSK9, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#2: DNA鎖 DNA 21-mer


分子量: 6371.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.3, 0.2 M Sodium/Potassium Phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→43.08 Å / Num. obs: 36833 / % possible obs: 99.28 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 28.88 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07828 / Rrim(I) all: 0.0858 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.93→1.999 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5008 / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 3472 / CC1/2: 0.937 / CC star: 0.983 / Rrim(I) all: 0.5662 / % possible all: 94.69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
JBluIce-EPICS201x.yデータ収集
PHASER位相決定
xia2データスケーリング
xia2データ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→43.08 Å / SU ML: 0.2117 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.907
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2084 1792 4.87 %
Rwork0.1776 34997 -
obs0.1792 36789 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→43.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3111 85 7 267 3470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00773314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86944515
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083568
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4074452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.980.37081300.3532499X-RAY DIFFRACTION93.46
1.98-2.040.29621290.28952634X-RAY DIFFRACTION99
2.04-2.110.29521390.2562650X-RAY DIFFRACTION99.79
2.11-2.180.25281450.2142654X-RAY DIFFRACTION99.71
2.18-2.270.24311400.19412699X-RAY DIFFRACTION99.93
2.27-2.370.22971440.18292667X-RAY DIFFRACTION99.93
2.37-2.50.21351260.18472689X-RAY DIFFRACTION99.75
2.5-2.650.20161410.18282696X-RAY DIFFRACTION99.89
2.65-2.860.24251290.18282703X-RAY DIFFRACTION99.79
2.86-3.150.21781620.17812691X-RAY DIFFRACTION99.79
3.15-3.60.19341370.1612737X-RAY DIFFRACTION99.97
3.6-4.540.16411290.13452777X-RAY DIFFRACTION100
4.54-43.080.16951410.16212901X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.79006919052 Å / Origin y: -16.0086671915 Å / Origin z: -30.253686282 Å
111213212223313233
T0.168973048487 Å2-0.000180006153148 Å20.00392507851428 Å2-0.169160914146 Å20.0136648587217 Å2--0.205099942961 Å2
L0.410923864957 °2-0.0665962150215 °20.0892995996888 °2-1.47664129379 °20.564020889833 °2--1.31814004859 °2
S-0.00183383917481 Å °-0.0112543356685 Å °0.0137079312434 Å °0.115998917053 Å °0.0197078140698 Å °-0.120449353931 Å °0.105673345263 Å °0.0500814840892 Å °-0.0117799264324 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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