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- PDB-8tv3: Fab 221-5 in complex with OspA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tv3
タイトルFab 221-5 in complex with OspA
要素
  • Heavy chain of human monoclonal Fab 221-5
  • Light chain of human monoclonal Fab 22105
  • Outer surface protein A
キーワードIMMUNE SYSTEM / human monoclonal antibody / outer surface protein
機能・相同性Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Outer surface protein A
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.312 Å
データ登録者Rudolph, M.J. / Mantis, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00040 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fab 221-5 in complex with OspA
著者: Rudolph, M.J. / Mantis, N.
履歴
登録2023年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Light chain of human monoclonal Fab 22105
H: Heavy chain of human monoclonal Fab 221-5
A: Outer surface protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0639
ポリマ-75,4443
非ポリマー6186
4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.819, 90.963, 211.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 Outer surface protein A


分子量: 27595.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
遺伝子: ospA / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: D2Y4L7

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 Light chain of human monoclonal Fab 22105


分子量: 23410.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Heavy chain of human monoclonal Fab 221-5


分子量: 24438.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 236分子

#4: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM MES pH 6.5, 30% PEG 600, 5% PEG 1000, and 10% glycerol.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 53784 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.63 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.343.30.82826290.6310.880.4950.970.52596.8
2.34-2.383.40.81325960.6230.8760.4830.9510.49697.7
2.38-2.433.50.81326330.6690.8950.480.950.52497.3
2.43-2.483.50.7626400.7350.9210.4450.8860.52298.3
2.48-2.533.40.72225430.6830.9010.4230.8420.53994.5
2.53-2.593.60.73926300.7160.9130.4240.8570.55497.3
2.59-2.664.30.58426600.8670.9640.3060.6620.56198.3
2.66-2.734.40.53426640.8830.9680.2730.6020.56998.8
2.73-2.814.50.44426630.9220.9790.2250.50.60898.6
2.81-2.94.50.35527010.9510.9870.1790.3990.64598.5
2.9-34.60.27926680.9620.990.1410.3140.66799.1
3-3.124.80.23826830.9740.9930.1190.2670.72599.4
3.12-3.2650.18526990.9830.9960.090.2070.88199.3
3.26-3.445.10.14427260.9860.9970.070.1611.03399.8
3.44-3.654.70.11727040.9880.9970.0590.1321.3398.9
3.65-3.934.90.10127140.990.9980.050.1131.3998.2
3.93-4.335.20.07927340.9950.9990.0380.0881.57899.4
4.33-4.954.90.06127790.9960.9990.0310.0691.60599.6
4.95-6.244.70.0627960.9950.9990.0310.0681.37699.3
6.24-504.40.04729220.9970.9990.0240.0531.43898

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.312→46.859 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 2645 4.93 %
Rwork0.1994 --
obs0.2008 53698 97.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.312→46.859 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4759 0 22 230 5011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7656615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.383689
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051757
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004833
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.312-2.35440.30641180.28822373X-RAY DIFFRACTION87
2.3544-2.39970.33671370.28042614X-RAY DIFFRACTION98
2.3997-2.44870.30941390.26322634X-RAY DIFFRACTION97
2.4487-2.50190.30911210.26032647X-RAY DIFFRACTION98
2.5019-2.56010.28011250.25652590X-RAY DIFFRACTION94
2.5601-2.62410.31661370.24022615X-RAY DIFFRACTION98
2.6241-2.69510.29481250.22522707X-RAY DIFFRACTION98
2.6951-2.77440.2661470.21772705X-RAY DIFFRACTION99
2.7744-2.86390.25381420.22152652X-RAY DIFFRACTION98
2.8639-2.96630.28311340.22412704X-RAY DIFFRACTION99
2.9663-3.0850.29411400.22542709X-RAY DIFFRACTION99
3.085-3.22540.26961370.21442720X-RAY DIFFRACTION99
3.2254-3.39540.24011490.19812721X-RAY DIFFRACTION100
3.3954-3.6080.22821430.18812742X-RAY DIFFRACTION100
3.608-3.88650.18731380.18862674X-RAY DIFFRACTION98
3.8865-4.27740.19311470.16382785X-RAY DIFFRACTION99
4.2774-4.89570.15871490.14452767X-RAY DIFFRACTION100
4.8957-6.16590.19151450.17592804X-RAY DIFFRACTION99
6.1659-46.8590.20841720.21212890X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.26631.0016-1.35466.3294-2.35544.66160.64180.29890.6305-0.2876-0.26811.3023-0.2996-0.4566-0.21280.84870.2073-0.43290.7601-0.27231.1146-14.127524.627419.1159
25.9875-2.52110.56476.4367-1.87626.5750.1350.06510.3946-0.9042-0.39260.8527-0.5323-0.42570.20870.64230.0101-0.22420.3829-0.11110.5279-4.468415.507822.2705
33.9769-0.84713.00643.25290.22657.89130.39770.72740.0644-1.527-0.22460.02361.25250.0903-0.15370.91890.0578-0.04510.4603-0.01370.4194.53734.06914.9408
42.2292-0.0182-0.27821.98712.41018.78680.38770.5958-0.3039-1.2463-0.4171-0.7972.34891.661-0.2261.53570.3891-0.0920.85540.02210.69611.27-5.30210.8173
53.0169-3.5404-0.6257.40232.77115.1820.59020.2485-0.0079-2.43720.4023-1.09561.10950.8643-1.0351.90270.25410.05511.17730.08210.86118.5345-6.02053.7523
64.99140.0892-1.71540.8648-0.69971.20060.22171.4988-0.6071-1.2024-0.261-0.11720.7945-0.3165-0.1642.17410.2608-0.11981.3404-0.05060.79259.3559-5.3602-5.749
72.63130.7170.75087.63621.04223.80120.01910.19780.3062-0.62410.00560.0183-0.07280.0186-0.02470.26540.0062-0.02350.22620.05790.35029.38324.953436.8735
83.0936-1.6143-0.36798.40732.54453.861-0.15530.18280.1872-0.338-0.00120.1229-0.14230.05830.15060.2588-0.02630.04490.25450.08480.388810.903225.280837.7154
98.469-1.40715.48495.3783-1.33437.69380.0416-0.72550.16680.8011-0.0973-0.0918-0.2841-0.0503-0.03630.3128-0.08270.030.2671-0.00290.468528.990636.91967.1855
108.3589-0.86643.33672.3307-1.19752.93950.06530.05950.194-0.0382-0.07890.0016-0.00280.0557-0.01110.30210.00240.04420.2288-0.0120.596827.497236.394757.3361
116.70030.38884.48744.4947-1.09187.359-0.0163-0.13910.11570.5232-0.3755-0.68-0.26380.55970.38280.3047-0.05090.02390.32530.01280.577737.572138.911865.0851
125.7002-0.59014.3883.956-0.57026.20910.2457-0.9433-0.19090.138-0.00810.37410.0147-0.5736-0.20730.2231-0.0290.08290.19540.0370.380713.07125.78856.8
131.21870.32030.86471.0801-0.19911.93330.03830.0258-0.072-0.0599-0.0057-0.11660.04870.0161-0.0240.22280.02560.03550.25080.00720.348113.67475.722546.9436
141.2139-1.13271.08596.11140.38683.23010.1214-0.40340.57690.7975-0.14050.153-0.1556-0.31260.01120.49490.03670.14690.3289-0.06450.593522.745830.684872.8679
155.0487-1.8297-0.13498.37891.17845.9675-0.123-0.81560.32510.93550.07610.4955-0.3468-0.04450.11380.4841-0.00270.10930.41-0.07770.482720.478431.017973.7388
165.66720.9752-3.80913.48221.93624.7492-0.08291.87960.1303-0.1999-0.19070.7757-0.2481-1.15290.18681.40580.2351-0.57371.1917-0.02691.0223-14.545422.889210.8824
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 39 through 67 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 68 through 116 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 117 through 148 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 149 through 180 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 181 through 200 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 237 through 271 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 1 through 61 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 62 through 105 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 106 through 136 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 137 through 173 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 174 through 212 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 1 through 17 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 18 through 127 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 128 through 165 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 166 through 222 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 23 through 38 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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