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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tu9 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of HGSNAT-acetyl-CoA complex at pH 7.5 | ||||||
要素 | Enhanced green fluorescent protein,Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase,Isoform 2 of Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase / Transmembrane protein 76 / membrane protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase / heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase activity / MPS IIIC - Sanfilippo syndrome C / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation / lysosomal transport / acyltransferase activity / tertiary granule membrane / specific granule membrane / lysosomal lumen ...heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase / heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase activity / MPS IIIC - Sanfilippo syndrome C / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation / lysosomal transport / acyltransferase activity / tertiary granule membrane / specific granule membrane / lysosomal lumen / protein complex oligomerization / lysosomal membrane / Neutrophil degranulation / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | ||||||
データ登録者 | Navratna, V. / Kumar, A. / Mosalaganti, S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: eLife / 年: 2024 タイトル: Structure of the human heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase (HGSNAT) 著者: Navratna, V. / Kumar, A. / Mosalaganti, S. #1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024 タイトル: Structure of the human heparan-α-glucosaminide -acetyltransferase (HGSNAT). 著者: Vikas Navratna / Arvind Kumar / Jaimin K Rana / Shyamal Mosalaganti / 要旨: Degradation of heparan sulfate (HS), a glycosaminoglycan (GAG) comprised of repeating units of -acetylglucosamine and glucuronic acid, begins in the cytosol and is completed in the lysosomes. ...Degradation of heparan sulfate (HS), a glycosaminoglycan (GAG) comprised of repeating units of -acetylglucosamine and glucuronic acid, begins in the cytosol and is completed in the lysosomes. Acetylation of the terminal non-reducing amino group of a-D-glucosamine of HS is essential for its complete breakdown into monosaccharides and free sulfate. Heparan-a-glucosaminide -acetyltransferase (HGSNAT), a resident of the lysosomal membrane, catalyzes this essential acetylation reaction by accepting and transferring the acetyl group from cytosolic acetyl-CoA to terminal a-D-glucosamine of HS in the lysosomal lumen. Mutation-induced dysfunction in HGSNAT causes abnormal accumulation of HS within the lysosomes and leads to an autosomal recessive neurodegenerative lysosomal storage disorder called mucopolysaccharidosis IIIC (MPS IIIC). There are no approved drugs or treatment strategies to cure or manage the symptoms of, MPS IIIC. Here, we use cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine a high-resolution structure of the HGSNAT-acetyl-CoA complex, the first step in HGSNAT catalyzed acetyltransferase reaction. In addition, we map the known MPS IIIC mutations onto the structure and elucidate the molecular basis for mutation-induced HGSNAT dysfunction. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tu9.cif.gz | 213.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tu9.ent.gz | 158.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tu9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/8tu9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/8tu9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 41620MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: ens_1
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999999634014, -0.000836221116112, 0.000180850914369), (0.00083627082141, -0.999999612529, 0.000274940524232), (0.000180620933222, 0.00027509166395, 0.99999994585) ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999999634014, -0.000836221116112, 0.000180850914369), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 100817.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: MMB69_26960, HGSNAT, TMEM76 / プラスミド: pEG BacMam N term StrepII eGFP 3C / 詳細 (発現宿主): Addgene # 160683 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: A0A9X4KGN5, UniProt: Q68CP4, heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase #2: 化合物 | #3: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Heparan acetyl-CoA: alpha-glucosaminide N-acetyltransferase (HGSNAT) タイプ: COMPLEX 詳細: Full length (Isoform 2) human HGSNAT expressed as a recombinant fusion protein with N-terminal GFP, in mammalian cells. Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.1007 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S GnTI- / プラスミド: pEG BacMam N term StrepII eGFP 3C | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: HGSNAT in digitonin micelle, purified by Strep-Tactin affinity chromatography. | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 15 mA current / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 10000 |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 15000000 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57739 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 詳細: Made using Model angelo / Source name: Other / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: NCS constraints / Rms dev position: 8.33142807632E-11 Å |