PDB-8tt0: Pseudomonas fluorescens isocyanide hydratase pH=4.2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tt0

タイトル

Pseudomonas fluorescens isocyanide hydratase pH=4.2

要素

Isonitrile hydratase InhA

キーワード

LYASE / isocyanide / isonitrile

機能・相同性

: / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase-like / regulation of DNA-templated transcription / Isonitrile hydratase InhA

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Wilson, M.A. / Smith, N. / Dasgupta, M. / Dolamore, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Changes in an Enzyme Ensemble During Catalysis Observed by High Resolution XFEL Crystallography.
著者: Smith, N. / Dasgupta, M. / Wych, D.C. / Dolamore, C. / Sierra, R.G. / Lisova, S. / Marchany-Rivera, D. / Cohen, A.E. / Boutet, S. / Hunter, M.S. / Kupitz, C. / Poitevin, F. / Moss, F.R. / ...

履歴

登録	2023年8月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tt0.cif.gz	336 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tt0.ent.gz	228.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tt0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tt0_validation.pdf.gz	424.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tt0_full_validation.pdf.gz	425.2 KB	表示
XML形式データ	8tt0_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	8tt0_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/8tt0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/8tt0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tsuC 8tsxC 8tsyC 8tszC 8tt1C 8tt2C 8tt4C 8tt5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isonitrile hydratase InhA

B: Isonitrile hydratase InhA

48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.037, 40.598, 83.283
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.279, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Isonitrile hydratase InhA / isocyanide hydratase 分子量: 24180.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: inhA / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K977
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 23% PEG 3350, 200 mM MgCl2, 2 mM DTT, 100mM sodium acetate pH=4.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.886 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月4日詳細: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1
放射	モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.886 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→40.35 Å / Num. obs: 58834 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 17.97 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2890 / CC_1/2: 0.404 / R_rim(I) all: 2.15 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→40.35 Å / SU ML: 0.1763 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.3748
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.196	2905	4.95 %
R_work	0.1684	55834	-
obs	0.1697	58739	98.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3364	0	0	407	3771

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3745
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7712	5158
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0545	595
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	699
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6833	1373

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.3421	121	0.3211	2606	X-RAY DIFFRACTION	97.53
1.52-1.55	0.2674	159	0.2921	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.26
1.55-1.58	0.3111	116	0.2712	2619	X-RAY DIFFRACTION	98.99
1.58-1.61	0.2505	144	0.2609	2641	X-RAY DIFFRACTION	98.69
1.61-1.64	0.2825	121	0.2548	2630	X-RAY DIFFRACTION	97.55
1.64-1.68	0.2982	142	0.2487	2648	X-RAY DIFFRACTION	98.62
1.68-1.72	0.2486	132	0.2391	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.72-1.76	0.2605	136	0.2129	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.76-1.81	0.2229	154	0.1922	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.29
1.81-1.86	0.2261	139	0.1836	2650	X-RAY DIFFRACTION	98.59
1.86-1.92	0.224	145	0.1701	2635	X-RAY DIFFRACTION	98.44
1.92-1.99	0.2003	134	0.1687	2590	X-RAY DIFFRACTION	96.19
1.99-2.07	0.1855	117	0.1589	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.07-2.16	0.1817	128	0.1477	2668	X-RAY DIFFRACTION	98.94
2.16-2.28	0.1614	147	0.1452	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.28-2.42	0.171	154	0.1449	2665	X-RAY DIFFRACTION	98.95
2.42-2.61	0.1961	144	0.1503	2604	X-RAY DIFFRACTION	97.1
2.61-2.87	0.1676	140	0.1529	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.87-3.28	0.1845	142	0.1509	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.33
3.28-4.14	0.1636	146	0.139	2692	X-RAY DIFFRACTION	98
4.14-40.35	0.1961	144	0.166	2782	X-RAY DIFFRACTION	98.65

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.19946375133	-0.470781033074	0.358820874331	1.19627560226	-0.416191676496	1.92881405229	-0.0276631382538	0.0605018818303	-0.136532680291	0.00292923417854	0.0158765303856	0.209686789672	0.0471973357706	-0.143944871439	0.00973176693549	0.100481310491	-0.0132093377109	-0.00327134229121	0.164894016754	-0.00775554056405	0.1666835193	-9.59229589543	1.26274684994	-24.8034551626
2	1.35525386607	-0.206372109436	0.0379485877829	0.630721328214	-0.0442049468588	3.29013508655	-0.0386253263669	-0.00154755641707	0.0752403869759	0.0303038930164	0.00965965574567	0.0714295936687	-0.145108287116	-0.0695422555273	0.0456162229865	0.144253427523	0.00319274737536	-0.00553264573095	0.122170274148	0.00750360717986	0.200791689493	1.05559358177	12.6121964574	-16.0354732165
3	6.09283195023	2.30511660717	-0.0688497173728	2.42100159427	-0.0092262493259	0.7081872882	-0.326149170697	0.539240442755	-0.262347681552	-0.521679870144	0.0779889329368	-0.00181257089081	0.134992992357	0.0344321613256	0.232693206942	0.27855820599	-0.0112357388399	-0.0322563708729	0.361566462372	0.00228935015644	0.20142428844	-3.55632179033	4.49112761953	-43.2644242431
4	1.64861257677	0.0354456917536	0.00384493079149	1.02644632452	-0.0337300467352	2.50778928253	-0.00604451888318	0.210597220161	-0.216701111099	-0.0924961088414	0.00136396922706	-0.0307295958025	0.149865781336	0.0376150708213	0.00897236521528	0.109269946457	0.00136390584885	-0.00829826785726	0.118564997986	-0.0170054764074	0.11880382797	13.7877269892	-7.39857878132	-18.5329677917
5	3.27790735296	2.25277361291	-2.28412958771	5.21281299556	-5.38364869169	5.75813576108	-0.012496785513	0.307872832796	-0.442130597934	-0.214867251503	-0.1770050712	-0.491005468511	0.425240937535	0.387488953857	0.348986300399	0.185639552741	0.048498295078	-0.0157701019548	0.208347829048	-0.0190118864741	0.195813922755	26.237326128	-8.67323757987	-16.0832637572
6	1.32954842412	0.169566501946	0.755821468249	1.17924941775	0.232706588164	3.78412270947	-0.0368990149164	0.0286917433734	0.1127831173	0.00049528245222	0.030490548255	0.0156054403865	-0.0996143490474	0.0731889444125	0.00358521253824	0.0831646535636	-0.00990323585853	-0.0162911337135	0.108530003164	0.0118005695727	0.113976052717	21.6041271272	6.12951313663	-10.1148689188
7	4.82580461493	-2.08573952292	1.74378565593	1.11230334965	-0.887744236588	0.699578358592	0.142270331513	0.696913050515	0.0921378675284	-0.0872474278137	-0.131634935186	-0.0794751455194	-0.022680681229	0.154329119217	-0.0308710723603	0.165952265455	-0.0183302601535	-0.0107152184856	0.255052485306	0.0317875081561	0.147755542756	15.0097911758	7.72138003293	-30.6028586581
8	1.86828486786	-0.392876883252	1.3010373594	1.05260291757	0.308005024205	2.3854684378	-0.139984454888	-0.0892319660247	0.239687908044	0.0609816843922	0.0427886046621	-0.0101030780085	-0.312971959118	-0.136817424775	0.11183252756	0.12845838336	0.0141228570918	0.00271949309263	0.153750894545	0.00561994817712	0.22150999704	4.27050831515	14.5506614474	-7.1559643275
9	8.55057468239	-7.23019683255	0.209063563122	8.37670500185	0.0213994482411	2.60968217312	-0.089019239179	-0.262671732082	0.0744004698186	0.272466051574	0.0748912615544	-0.020875330364	0.122444343846	0.176921328738	0.00880909877262	0.152982023842	0.000228016412916	-0.00793029857318	0.165990668547	0.029079858482	0.0819346313767	20.5366992876	-1.91245308932	3.5439285734

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 153 )	A	A	2 - 153	1 - 152
2	2	chain 'A' and (resid 154 through 196 )	A	A	154 - 196	153 - 195
3	3	chain 'A' and (resid 197 through 227 )	A	A	197 - 227	196 - 226
4	4	chain 'B' and (resid -1 through 80 )	B	B	-1 - 80	1 - 82
5	5	chain 'B' and (resid 81 through 95 )	B	B	81 - 95	83 - 97
6	6	chain 'B' and (resid 96 through 153 )	B	B	96 - 153	98 - 155
7	7	chain 'B' and (resid 154 through 178 )	B	B	154 - 178	156 - 180
8	8	chain 'B' and (resid 179 through 207 )	B	B	179 - 207	181 - 209
9	9	chain 'B' and (resid 208 through 227 )	B	B	208 - 227	210 - 229

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)