PDB-8tsv: Crystal structure of the Zika virus stem-loop A (SLA) top stem

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tsv

タイトル

Crystal structure of the Zika virus stem-loop A (SLA) top stem

要素

Zika virus stem-loop A (SLA) top stem

キーワード

RNA / Zika virus / Flavivirus / RNA structure / stem-loop A

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Zika virus (ジカ熱ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Tipo, J. / Gottipati, K. / Choi, K.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2024
タイトル: High-resolution RNA tertiary structures in Zika virus stem-loop A for the development of inhibitory small molecules.
著者: Tipo, J. / Gottipati, K. / Choi, K.H.

履歴

登録	2023年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tsv.cif.gz	152.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tsv.ent.gz	98.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tsv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8tsv_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tsv_full_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示
XML形式データ	8tsv_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	8tsv_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/8tsv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/8tsv	HTTPS FTP

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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
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登録構造単位

A: Zika virus stem-loop A (SLA) top stem

B: Zika virus stem-loop A (SLA) top stem

C: Zika virus stem-loop A (SLA) top stem

D: Zika virus stem-loop A (SLA) top stem

ヘテロ分子

32.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Zika virus stem-loop A (SLA) top stem

B: Zika virus stem-loop A (SLA) top stem

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Zika virus stem-loop A (SLA) top stem

D: Zika virus stem-loop A (SLA) top stem

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	29.226, 52.532, 53.670
Angle α, β, γ (deg.)	63.600, 88.080, 85.940
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: RNA鎖	Zika virus stem-loop A (SLA) top stem 分子量: 8045.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成詳細: A GGGCCC linker sequence is used to connect the antiparallel strands of the top stem 由来: (合成) Zika virus (ジカ熱ウイルス)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Sodium Acetate, Magnesium Sulfate, Lithium Sulfate, Isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→29.15 Å / Num. obs: 43189 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 13.52 Å² / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.034 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 39
反射シェル	解像度: 1.51→1.54 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.144 / Num. unique obs: 2043 / CC_1/2: 0.971 / CC star: 0.993 / R_pim(I) all: 0.096 / R_rim(I) all: 0.174 / Χ²: 0.816 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.51→29.15 Å / SU ML: 0.1294 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 17.5025
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.175	1992	4.62 %
R_work	0.1554	41156	-
obs	0.1563	43148	96.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→29.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2107	17	440	2564

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2365
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3508	3676
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0578	495
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0149	98
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.2148	1186

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.51-1.55	0.2071	134	0.1725	2807	X-RAY DIFFRACTION	90.91
1.55-1.59	0.2097	141	0.1513	2880	X-RAY DIFFRACTION	95.06
1.59-1.64	0.1567	134	0.1431	2917	X-RAY DIFFRACTION	95.2
1.64-1.69	0.1714	146	0.1408	2888	X-RAY DIFFRACTION	95.23
1.69-1.75	0.1706	142	0.14	2909	X-RAY DIFFRACTION	96
1.75-1.82	0.17	153	0.1468	2974	X-RAY DIFFRACTION	96.01
1.82-1.9	0.1835	131	0.1542	2903	X-RAY DIFFRACTION	96.53
1.9-2	0.205	154	0.1612	2990	X-RAY DIFFRACTION	96.95
2-2.13	0.2034	143	0.1678	2925	X-RAY DIFFRACTION	97.06
2.13-2.29	0.1916	148	0.1824	2992	X-RAY DIFFRACTION	97.58
2.29-2.52	0.2026	137	0.1817	2985	X-RAY DIFFRACTION	97.81
2.52-2.89	0.2217	141	0.1833	2999	X-RAY DIFFRACTION	98.16
2.89-3.64	0.1614	150	0.1542	3009	X-RAY DIFFRACTION	98.29
3.64-29.15	0.1277	138	0.1247	2978	X-RAY DIFFRACTION	97.74

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.600729572997	-0.333733395613	0.444596998323	0.885372616737	0.142327215792	0.485448782281	0.0776192881828	-0.101938737722	-0.0668496439356	0.0483243728145	-0.055457632691	0.155982923322	0.101964292749	-0.0498610165957	-0.0209260122063	0.120844917965	-0.00222857550525	0.00799711452992	0.12685525436	0.00410698967081	0.119496445678	4.96361548531	-13.0858928417	4.63376639878
2	3.69989527167	-0.857537972997	-0.728357498657	0.455549512682	0.316109448784	0.951515186525	-0.204210317521	-0.596202945712	0.0291224791498	0.142607315577	0.0874139437499	0.212495126747	0.252249484357	-0.2379085805	0.0980086797716	0.189065558019	-0.0137079698012	0.0121934641042	0.295948219594	-0.0214434577464	0.163942377603	1.92744712155	-20.7150524376	20.5426741677
3	3.03555937289	0.0624143037553	0.829738088055	3.52882659524	-1.04370219421	2.71804351756	0.121741524771	-0.711950281147	0.0371491310368	0.392631965636	0.0903249578137	0.42305155316	0.20062495729	-0.015572372342	-0.206383175751	0.202421562816	0.017226993278	0.0409151779336	0.305263164636	-0.00431215512969	0.186105711868	-15.7800243222	-25.6522309553	24.9794502498
4	0.751892972571	-0.81424065759	-0.92831347382	2.00572935212	0.624471443603	3.48579781747	0.136419624334	0.0987053490169	-0.0808320201904	-0.27449379615	0.0833003661408	0.0801928687484	0.400578763414	-0.104919486927	-0.225390701084	0.176289418336	0.00211882211437	-0.0309381908134	0.109514165194	-0.0166950795335	0.0981183754958	-9.24863894175	-35.6684282434	39.0690703412
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 10 )	A	A	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 15 )	A	A	11 - 15
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 16 through 20 )	A	A	16 - 20
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 21 through 25 )	A	A	21 - 25
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 10 )	B	B	1 - 10
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 11 through 15 )	B	B	11 - 15
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 16 through 25 )	B	B	16 - 25
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 1 through 15 )	C	C	1 - 15
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 16 through 25 )	C	C	16 - 25
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 1 through 5 )	D	D	1 - 5
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 6 through 10 )	D	D	6 - 10
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 11 through 15 )	D	D	11 - 15
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 16 through 25 )	D	D	16 - 25

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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