+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8tsv | ||||||
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Title | Crystal structure of the Zika virus stem-loop A (SLA) top stem | ||||||
Components | Zika virus stem-loop A (SLA) top stem | ||||||
Keywords | RNA / Zika virus / Flavivirus / RNA structure / stem-loop A | ||||||
Function / homology | RNA / RNA (> 10) Function and homology information | ||||||
Biological species | Zika virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.51 Å | ||||||
Authors | Tipo, J. / Gottipati, K. / Choi, K.H. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Rna / Year: 2024 Title: High-resolution RNA tertiary structures in Zika virus stem-loop A for the development of inhibitory small molecules. Authors: Tipo, J. / Gottipati, K. / Choi, K.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8tsv.cif.gz | 152.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8tsv.ent.gz | 98.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8tsv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8tsv_validation.pdf.gz | 434.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8tsv_full_validation.pdf.gz | 434.9 KB | Display | |
Data in XML | 8tsv_validation.xml.gz | 11 KB | Display | |
Data in CIF | 8tsv_validation.cif.gz | 17.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/8tsv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/8tsv | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8tqxC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 8045.820 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically Details: A GGGCCC linker sequence is used to connect the antiparallel strands of the top stem Source: (synth.) Zika virus #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Sodium Acetate, Magnesium Sulfate, Lithium Sulfate, Isopropanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 5, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.51→29.15 Å / Num. obs: 43189 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 13.52 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 39 |
Reflection shell | Resolution: 1.51→1.54 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Num. unique obs: 2043 / CC1/2: 0.971 / CC star: 0.993 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.174 / Χ2: 0.816 / % possible all: 90.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.51→29.15 Å / SU ML: 0.1294 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / Phase error: 17.5025 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.51→29.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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