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- PDB-8tsm: Crystal structure of chicken Netrin-1 LN LE1-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tsm
タイトルCrystal structure of chicken Netrin-1 LN LE1-2
要素Netrin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Extracellular matrix protein / apoptosis / axon guidance / neuronal development / cell signaling / heparan sulfate binding protein / dependence receptors
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glial cell migration / chemorepulsion of axon / anterior/posterior axon guidance / Cdc42 protein signal transduction / motor neuron migration / tissue development / negative regulation of axon extension / substrate-dependent cell migration, cell extension / motor neuron axon guidance / nuclear migration ...regulation of glial cell migration / chemorepulsion of axon / anterior/posterior axon guidance / Cdc42 protein signal transduction / motor neuron migration / tissue development / negative regulation of axon extension / substrate-dependent cell migration, cell extension / motor neuron axon guidance / nuclear migration / positive regulation of cell motility / inner ear morphogenesis / regulation of synapse assembly / dendrite development / basement membrane / positive regulation of axon extension / glial cell proliferation / positive regulation of glial cell proliferation / cell periphery / animal organ morphogenesis / cell-cell adhesion / actin cytoskeleton / Ras protein signal transduction / extracellular region / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain ...Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / EGF-like domain signature 1. / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Heide, F. / Rafiei, F. / Stetefeld, J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Investigation of the dynamic nature of Netrin-1 on dependence receptor signaling
著者: Rafiei, F. / Heide, F. / Legare, S. / Gabir, H. / Padilla-Meier, P. / Meier, M. / Koch, M. / Stetefeld, J.
履歴
登録2023年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Netrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6823
ポリマ－44,2401
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.413, 112.413, 242.644
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Netrin-1


分子量: 44239.742 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 26-405 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: NTN1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q90922
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium phosphate dibasic dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→37.77 Å / Num. obs: 13196 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 155.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.0705 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.9→4.04 Å / 冗長度: 13.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.87 / Num. unique obs: 1682 / CC1/2: 0.705 / Rpim(I) all: 1.268 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.20.1-4487_4487位相決定
PHENIX1.20.1-4487_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.9→37.77 Å / SU ML: 0.5595 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 47.8442
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3191 1041 7.89 %
Rwork0.3119 12155 -
obs0.3124 13196 97.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 216.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→37.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2818 0 28 0 2846
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062920
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92963950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0538416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0348519
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.3184406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9-4.110.42241280.48621682X-RAY DIFFRACTION94.27
4.11-4.360.40151460.4261738X-RAY DIFFRACTION97.82
4.36-4.70.36451650.38561705X-RAY DIFFRACTION96.64
4.7-5.170.34291750.36191707X-RAY DIFFRACTION97.01
5.17-5.910.39231570.34791754X-RAY DIFFRACTION98.81
5.92-7.430.3411280.32921784X-RAY DIFFRACTION98.96
7.45-37.770.2431420.23291785X-RAY DIFFRACTION99.23
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.41483616592 Å / Origin y: -33.8144231617 Å / Origin z: -19.7101355974 Å
111213212223313233
T1.19535150385 Å20.0700943270092 Å20.0406529633696 Å2-1.35626229749 Å2-0.0539982203077 Å2--1.01464704034 Å2
L0.274839918497 °20.0881311955318 °20.239957189067 °2-0.879420208658 °2-0.289697060531 °2--0.816261168362 °2
S-0.0616574315017 Å °-0.394104884716 Å °0.0213778923593 Å °-0.0212765952714 Å °-0.11409477675 Å °0.151837838789 Å °0.0611693973094 Å °0.043220612911 Å °-0.188339678909 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 40 through 405)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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