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- PDB-8trq: T cell recognition of citrullinated vimentin peptide presented by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8trq
タイトルT cell recognition of citrullinated vimentin peptide presented by HLA-DR4
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen, ...) x 2
  • A07 TCR alpha chain
  • A07 TCR beta chain
  • Vimentin
キーワードIMMUNE SYSTEM / immune receptor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lens fiber cell development / keratin filament binding / intermediate filament organization / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation ...lens fiber cell development / keratin filament binding / intermediate filament organization / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / cellular response to muramyl dipeptide / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / structural constituent of eye lens / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / astrocyte development / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of monocyte differentiation / CD4 receptor binding / Striated Muscle Contraction / inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of kinase activity / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament cytoskeleton / microtubule organizing center / transport vesicle membrane / intermediate filament / polysaccharide binding / T-helper 1 type immune response / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / cell leading edge / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Bergmann glial cell differentiation / humoral immune response / macrophage differentiation / negative regulation of type II interferon production / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / PD-1 signaling / positive regulation of collagen biosynthetic process / epidermis development / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / T cell receptor binding / detection of bacterium / negative regulation of T cell proliferation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of mRNA stability / MHC class II antigen presentation / phagocytic vesicle / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / Late endosomal microautophagy / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / structural constituent of cytoskeleton / cognition / nuclear matrix / cellular response to type II interferon / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / Aggrephagy / Chaperone Mediated Autophagy / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / endocytic vesicle membrane / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / neuron projection development / double-stranded RNA binding / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / peroxisome / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / scaffold protein binding / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / adaptive immune response / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / positive regulation of viral entry into host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / lysosome / cytoskeleton / positive regulation of protein phosphorylation / immune response / protein domain specific binding / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / axon / focal adhesion
類似検索 - 分子機能
: / Intermediate filament head, DNA-binding domain / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein / MHC class II, beta chain, N-terminal ...: / Intermediate filament head, DNA-binding domain / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / Vimentin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Loh, T.J. / Lim, J.J. / Reid, H.H. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 米国, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2008981 オーストラリア
Janssen Pharmaceuticals 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: T cell recognition of citrullinated alpha-enolase peptide presented by HLA-DR4
著者: Lim, J.J. / Loh, T.J. / Rossjohn, J.
履歴
登録2023年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
C: Vimentin
D: A07 TCR alpha chain
E: A07 TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,54916
ポリマ－97,2045
非ポリマー1,34511
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.603, 76.616, 224.184
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

-
要素

-
HLA class II histocompatibility antigen, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 21919.594 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / Human leukocyte antigen DRB1 / HLA-DRB1


分子量: 23206.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01911

-
タンパク質 , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 A07 TCR alpha chain


分子量: 22991.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#5: タンパク質 A07 TCR beta chain


分子量: 27647.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Vimentin


分子量: 1438.634 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 59-71 with modified residue citrulline (CIR) at position 64
由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08670
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 47分子

#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.77 % / 解説: Plate-like
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% w/v PEG3350, 0.2 M di-sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, tri-glycine additive

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→46.55 Å / Num. obs: 27166 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 66.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 1.767 / Num. unique obs: 3877 / CC1/2: 0.732

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6V1A

6v1a


解像度: 2.75→46.55 Å / SU ML: 0.3681 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.9679
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2637 1315 4.85 %
Rwork0.216 25783 -
obs0.2183 27098 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→46.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6513 0 88 37 6638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00896757
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0179191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05571012
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00931191
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.66162372
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.860.37061480.30872797X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.990.33271520.29042796X-RAY DIFFRACTION99.97
2.99-3.150.31461360.26772824X-RAY DIFFRACTION99.93
3.15-3.350.2911350.25712861X-RAY DIFFRACTION99.9
3.35-3.60.27471520.22182800X-RAY DIFFRACTION99.9
3.6-3.970.27961640.222838X-RAY DIFFRACTION100
3.97-4.540.21531330.18562907X-RAY DIFFRACTION99.97
4.54-5.720.23621430.18362889X-RAY DIFFRACTION99.97
5.72-46.550.25521520.20853071X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.994516729417.07834643776-1.953697700142.20469690343-0.1200033784384.296875010330.491900163059-1.285808122470.4555535458050.0693068926645-0.761537508590.2842398066690.3056316954730.8068201897940.1312195014240.8887066478720.08288951339080.1546809505040.7259274936670.01789199802670.5426738930086.43259008228-5.6168085683763.3000465639
21.83249023053-0.9719387833922.323951187182.316861560663.566410567012.028219182840.322362720449-0.175435568409-0.2937479056850.05708578435780.40407717056-0.1367408289451.45686290999-0.71066059286-0.6276226346740.534246847358-0.0457828491023-0.006206690328720.3708855794710.02768686365080.393330588418-1.7180347326-6.0381756708948.5337302452
310.4431028707-1.54377395321-8.348966788116.276822300073.360237001522.720951201060.77220800126-1.151513291460.4093897559930.435568490450.0332702489277-0.013622375074-1.525402062611.45430145777-0.9449670833430.796135248339-0.106550205187-0.03356896174460.583144011678-0.05898319375210.4668632922284.477538850774.2653017193259.2177113446
45.090814166815.244153563380.6054496803532.140935080313.208431151924.21703422680.7045385642460.305501977775-0.02151530095972.00926245247-0.6555714679750.8469396718750.541110807713-0.046020227287-0.05065963378150.831667054218-0.07265535229160.01116222834640.600730884433-0.06586238810730.3477269286583.82400891489-20.936546242715.3793359998
54.16939934080.269613463308-3.787723298681.999826878360.3619723020418.432484254190.4858532742190.05191799913340.457025254663-0.0693616962326-0.015416722147-0.176718929289-0.7518582672290.525180216729-0.4367231396080.750725524885-0.01459151738940.04157775537320.467772517627-0.01254978073990.36558644120520.1537682054-15.5906505051-1.89362675603
63.731319486170.696337094356-5.749265583930.9308028697590.2014109604662.260010332040.0752004740815-0.224259936765-0.540745277143-0.403101656939-0.445567153853-0.289823989886-0.1135241591160.162952768385-0.2857776201660.9880171507030.1293411251390.1639048227391.091096993020.009839651729280.51866244755434.9624193571-18.9318009343-21.7589232808
79.443636444383.666325093930.3630427112773.87629716002-2.607207646396.753285748160.09456626872650.271457701684-0.1585971646910.03558354561450.15514305034-0.1682732954710.02784052667360.0790353865587-0.1555420016630.7083356453840.07630180091510.03509196987930.43064243264-0.01383850868790.50543378046631.2702361575-17.8931838672-37.6008690732
80.3841826805810.625421107611.146867274621.25773586911.568875818248.220643028870.181597270431-0.2834125282630.1982287636160.2858299624410.1058531520430.1258020092660.127733558766-0.790481585345-0.1464975150750.6784250866880.03828611515420.05544308841790.5871831670810.01442651531210.4237048519430.333187814985-21.4588126409-13.1853055132
97.74710441786-1.91803547570.7151714902653.59133478905-0.6762644970660.946418195960.101363467091-0.145429755802-0.2552635161150.06565944624230.00248882249273-0.126083941251-0.004514274182970.0282147047497-0.09419824853230.6711410701560.0844730235444-0.08438284812580.428023809451-0.02978607715250.3210479690818.3007062225-27.9140040018-36.9062436458
105.616615137632.35751749042.304225152916.56161304095.359682216096.639919817740.2886051495690.1727496132750.0656793464043-0.134989834721-0.1589875081880.100252801099-0.0462843495998-0.630574047353-0.1798712166050.660167704453-0.05064325167330.08557157881910.4961699200080.0158138349950.351967126743-1.90979316159-10.746905843423.4187124543
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 134 through 144 )BE134 - 144132 - 142
22chain 'B' and (resid 145 through 164 )BE145 - 164143 - 162
33chain 'B' and (resid 165 through 192 )BE165 - 192163 - 190
44chain 'C' and (resid 59 through 71 )CF59 - 711 - 13
55chain 'D' and (resid 1 through 120 )DG1 - 1201 - 108
66chain 'D' and (resid 121 through 134 )DG121 - 134109 - 122
77chain 'D' and (resid 135 through 218 )DG135 - 218123 - 205
88chain 'E' and (resid 1 through 136 )EH1 - 1361 - 123
99chain 'E' and (resid 137 through 256 )EH137 - 256124 - 243
1010chain 'A' and (resid 3 through 55 )AA3 - 551 - 53
1111chain 'A' and (resid 56 through 87 )AA56 - 8754 - 85
1212chain 'A' and (resid 88 through 101 )AA88 - 10186 - 99
1313chain 'A' and (resid 102 through 144 )AA102 - 144100 - 142
1414chain 'A' and (resid 145 through 166 )AA145 - 166143 - 164
1515chain 'A' and (resid 167 through 182 )AA167 - 182165 - 180
1616chain 'B' and (resid 3 through 32 )BE3 - 321 - 30
1717chain 'B' and (resid 33 through 51 )BE33 - 5131 - 49
1818chain 'B' and (resid 52 through 97 )BE52 - 9750 - 95
1919chain 'B' and (resid 98 through 122 )BE98 - 12296 - 120
2020chain 'B' and (resid 123 through 133 )BE123 - 133121 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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