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- PDB-8tri: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-MAD28 F2894A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tri
タイトルCrystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-MAD28 F2894A
要素Cadherin-23
キーワードCELL ADHESION / HEARING / MECHANOTRANSDUCTION / ADHESION / CALCIUM-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / inner ear receptor cell stereocilium organization / stereocilium tip / inner ear auditory receptor cell differentiation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / photoreceptor ribbon synapse / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules ...kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / inner ear receptor cell stereocilium organization / stereocilium tip / inner ear auditory receptor cell differentiation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / photoreceptor ribbon synapse / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / stereocilium / photoreceptor cell maintenance / catenin complex / auditory receptor cell stereocilium organization / inner ear morphogenesis / cochlea development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / regulation of cytosolic calcium ion concentration / photoreceptor inner segment / locomotory behavior / sensory perception of sound / beta-catenin binding / calcium ion transport / neuron projection development / cell migration / apical part of cell / cell adhesion / cadherin binding / centrosome / calcium ion binding / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.716 Å
データ登録者Ashraf, Q. / Sotomayor, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)R01 DC015271 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-MAD28 F2894A
著者: Ashraf, Q. / Sotomayor, M.
履歴
登録2023年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cadherin-23
B: Cadherin-23
C: Cadherin-23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,43421
ポリマ-159,7133
非ポリマー72118
1629
1
A: Cadherin-23
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 53.5 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4787
ポリマ-53,2381
非ポリマー2406
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cadherin-23
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 53.5 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4787
ポリマ-53,2381
非ポリマー2406
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cadherin-23
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 53.5 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4787
ポリマ-53,2381
非ポリマー2406
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)146.994, 164.657, 183.634
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cadherin-23


分子量: 53237.551 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 2603-3065 / 変異: F2894A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh23 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q99PF4
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / : Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 1.25 M Lithium Acetate, 0.1 M MES pH 7.2, 25% glycerol (cryo)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 47174 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 3.7→3.76 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 2309 / CC1/2: 0.56 / CC star: 0.847 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.716→49.563 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.229 / WRfactor Rwork: 0.187 / SU B: 22.316 / SU ML: 0.306 / Average fsc free: 0.9625 / Average fsc work: 0.9768 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.416 / ESU R Free: 0.422 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2294 2329 4.951 %
Rwork0.1871 44714 -
all0.189 --
obs-47043 98.678 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 124.855 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.035 Å20 Å20 Å2
2--2.426 Å2-0 Å2
3----6.461 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.716→49.563 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10490 0 18 9 10517
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01210687
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01610158
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6221.65314566
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4991.57123283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.42851320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.794588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.336101751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.87110552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21681
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022482
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2750.22424
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2380.210536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1980.25176
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0930.26383
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0810.27
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2660.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.4220.226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.360.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1060.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it23.17911.9085298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other23.16611.9095298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it31.45621.4586612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other31.45421.4596613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it27.75912.775389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other27.75712.775390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it36.62423.0717954
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other36.62223.0717955
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it40.939153.87444518
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other40.939153.87344519
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
3.716-3.8120.321330.29627590.29734680.9350.94783.3910.296
3.812-3.9150.341700.27632220.2834020.9330.95299.70610.276
3.915-4.0280.3081560.24830870.25132530.9360.96299.69260.248
4.028-4.1510.2771560.21930230.22231810.9480.9799.93710.219
4.151-4.2870.2741560.20529500.20831060.9480.9741000.205
4.287-4.4360.2511650.18828350.19130000.9580.9771000.188
4.436-4.6020.2531270.1727880.17329150.9590.9821000.17
4.602-4.7880.231140.15226620.15527760.9680.9861000.152
4.788-4.9990.1811430.13725390.1426820.980.9891000.137
4.999-5.240.1741330.13624540.13825870.9850.991000.136
5.24-5.520.221360.16323030.16724390.9760.9871000.163
5.52-5.850.2531100.17922210.18323310.9680.9851000.179
5.85-6.2480.2451090.1820720.18321830.9710.98599.90840.18
6.248-6.740.2181060.17719600.17920660.9780.9841000.177
6.74-7.370.218980.16218150.16519130.9790.9851000.162
7.37-8.2170.215900.14616430.14917350.9730.98799.88470.146
8.217-9.4450.176680.16414550.16515230.9850.9861000.164
9.445-11.4640.166660.1712720.1713380.9860.9861000.17
11.464-15.7950.19590.19110050.19110650.9820.98299.90610.191
15.795-49.5630.214340.2496490.2476830.9830.9741000.249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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