PDB-8tri: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-MAD28 F2894A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tri

タイトル

Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-MAD28 F2894A

要素

Cadherin-23

キーワード

CELL ADHESION / HEARING / MECHANOTRANSDUCTION / ADHESION / CALCIUM-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / photoreceptor ribbon synapse / kinocilium / inner ear auditory receptor cell differentiation / calcium-dependent cell-cell adhesion / stereocilium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.716 Å

データ登録者

Ashraf, Q. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-MAD28 F2894A
著者: Ashraf, Q. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2023年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tri.cif.gz	289 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tri.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tri.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tri_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tri_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8tri_validation.xml.gz	49.6 KB	表示
CIF形式データ	8tri_validation.cif.gz	67.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/8tri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/8tri	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Cadherin-23

B: Cadherin-23

C: Cadherin-23

ヘテロ分子

160 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cadherin-23

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cadherin-23

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cadherin-23

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.994, 164.657, 183.634
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cadherin-23 分子量: 53237.551 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 2603-3065 / 変異: F2894A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh23 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q99PF4
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 82.34 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 1.25 M Lithium Acetate, 0.1 M MES pH 7.2, 25% glycerol (cryo)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 47174 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.4 % / CC_1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 3.7→3.76 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 2309 / CC_1/2: 0.56 / CC star: 0.847 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.716→49.563 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / WR_factor R_free: 0.229 / WR_factor R_work: 0.187 / SU B: 22.316 / SU ML: 0.306 / Average fsc free: 0.9625 / Average fsc work: 0.9768 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.416 / ESU R Free: 0.422 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2294	2329	4.951 %
R_work	0.1871	44714	-
all	0.189	-	-
obs	-	47043	98.678 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 124.855 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.035 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.426 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.461 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.716→49.563 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10490	0	18	9	10517

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.012	10687
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	10158
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.622	1.653	14566
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.499	1.571	23283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.428	5	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.794	5	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.336	10	1751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.871	10	552
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	1681
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	12850
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2482
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.275	0.2	2424
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.238	0.2	10536
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.198	0.2	5176
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	6383
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.081	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.266	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.422	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.36	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	23.179	11.908	5298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	23.166	11.909	5298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	31.456	21.458	6612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	31.454	21.459	6613
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	27.759	12.77	5389
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	27.757	12.77	5390
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	36.624	23.071	7954
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	36.622	23.071	7955
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	40.939	153.874	44518
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	40.939	153.873	44519

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.716-3.812	0.32	133	0.296	2759	0.297	3468	0.935	0.947	83.391	0.296
3.812-3.915	0.34	170	0.276	3222	0.28	3402	0.933	0.952	99.7061	0.276
3.915-4.028	0.308	156	0.248	3087	0.251	3253	0.936	0.962	99.6926	0.248
4.028-4.151	0.277	156	0.219	3023	0.222	3181	0.948	0.97	99.9371	0.219
4.151-4.287	0.274	156	0.205	2950	0.208	3106	0.948	0.974	100	0.205
4.287-4.436	0.251	165	0.188	2835	0.191	3000	0.958	0.977	100	0.188
4.436-4.602	0.253	127	0.17	2788	0.173	2915	0.959	0.982	100	0.17
4.602-4.788	0.23	114	0.152	2662	0.155	2776	0.968	0.986	100	0.152
4.788-4.999	0.181	143	0.137	2539	0.14	2682	0.98	0.989	100	0.137
4.999-5.24	0.174	133	0.136	2454	0.138	2587	0.985	0.99	100	0.136
5.24-5.52	0.22	136	0.163	2303	0.167	2439	0.976	0.987	100	0.163
5.52-5.85	0.253	110	0.179	2221	0.183	2331	0.968	0.985	100	0.179
5.85-6.248	0.245	109	0.18	2072	0.183	2183	0.971	0.985	99.9084	0.18
6.248-6.74	0.218	106	0.177	1960	0.179	2066	0.978	0.984	100	0.177
6.74-7.37	0.218	98	0.162	1815	0.165	1913	0.979	0.985	100	0.162
7.37-8.217	0.215	90	0.146	1643	0.149	1735	0.973	0.987	99.8847	0.146
8.217-9.445	0.176	68	0.164	1455	0.165	1523	0.985	0.986	100	0.164
9.445-11.464	0.166	66	0.17	1272	0.17	1338	0.986	0.986	100	0.17
11.464-15.795	0.19	59	0.191	1005	0.191	1065	0.982	0.982	99.9061	0.191
15.795-49.563	0.214	34	0.249	649	0.247	683	0.983	0.974	100	0.249

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)