+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tri | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-MAD28 F2894A | ||||||
要素 | Cadherin-23 | ||||||
キーワード | CELL ADHESION / HEARING / MECHANOTRANSDUCTION / ADHESION / CALCIUM-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / inner ear receptor cell stereocilium organization / stereocilium tip / inner ear auditory receptor cell differentiation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / photoreceptor ribbon synapse / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules ...kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / inner ear receptor cell stereocilium organization / stereocilium tip / inner ear auditory receptor cell differentiation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / photoreceptor ribbon synapse / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / stereocilium / photoreceptor cell maintenance / catenin complex / auditory receptor cell stereocilium organization / inner ear morphogenesis / cochlea development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / regulation of cytosolic calcium ion concentration / photoreceptor inner segment / locomotory behavior / sensory perception of sound / beta-catenin binding / calcium ion transport / neuron projection development / cell migration / apical part of cell / cell adhesion / cadherin binding / centrosome / calcium ion binding / synapse / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.716 Å | ||||||
データ登録者 | Ashraf, Q. / Sotomayor, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-MAD28 F2894A 著者: Ashraf, Q. / Sotomayor, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tri.cif.gz | 289 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8tri.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8tri.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tri_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8tri_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8tri_validation.xml.gz | 49.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tri_validation.cif.gz | 67.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/8tri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/8tri | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53237.551 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 2603-3065 / 変異: F2894A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh23 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q99PF4 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.34 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 1.25 M Lithium Acetate, 0.1 M MES pH 7.2, 25% glycerol (cryo) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 47174 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.7→3.76 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 2309 / CC1/2: 0.56 / CC star: 0.847 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.716→49.563 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.229 / WRfactor Rwork: 0.187 / SU B: 22.316 / SU ML: 0.306 / Average fsc free: 0.9625 / Average fsc work: 0.9768 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.416 / ESU R Free: 0.422 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 124.855 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.716→49.563 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
|