PDB-8trf: Crystal structure of SM0281, an alpha/beta hydrolase from Sinorhi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8trf

タイトル

Crystal structure of SM0281, an alpha/beta hydrolase from Sinorhizobium meliloti

要素

AB hydrolase-1 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta hydrolase

機能・相同性

mycophenolic acid acyl-glucuronide esterase / : / palmitoyl[protein] hydrolase / Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Chem-PE3 / Palmitoyl-protein thioesterase ABHD10, mitochondrial

機能・相同性情報

生物種

Rhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Lemak, S. / Edwards, E. / Yakunin, A. / Savchenko, A.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SM0281, an alpha/beta hydrolase from Sinorhizobium meliloti
著者: Lemak, S.

履歴

登録	2023年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8trf.cif.gz	466.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8trf.ent.gz	340.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8trf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/8trf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/8trf	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AB hydrolase-1 domain-containing protein

B: AB hydrolase-1 domain-containing protein

C: AB hydrolase-1 domain-containing protein

D: AB hydrolase-1 domain-containing protein

ヘテロ分子

126 kDa, 4 ポリマー
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1

B: AB hydrolase-1 domain-containing protein

C: AB hydrolase-1 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.7 kDa, 2 ポリマー
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2

A: AB hydrolase-1 domain-containing protein

ヘテロ分子

D: AB hydrolase-1 domain-containing protein

ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.528, 130.173, 136.428
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	AB hydrolase-1 domain-containing protein 分子量: 30589.666 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (strain 1021) (根粒菌) 株: 1021 / 遺伝子: SMc00361 / プラスミド: p15Tv-LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92KS5
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL 分子量: 634.751 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₅₈O₁₅
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 30% PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→30 Å / Num. obs: 55702 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 45.09 Å² / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 2.46→2.49 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 1.028 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 2692 / CC_1/2: 0.669 / R_pim(I) all: 0.453 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.46→29.69 Å / SU ML: 0.2488 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 23.6441
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2424	1775	3.57 %	RANDOM
R_work	0.198	47878	-	-
obs	0.1997	49653	88.68 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→29.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7772	0	107	389	8268

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	7997
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7524	10761
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1201
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	1393
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.896	3043

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.53	0.3291	115	0.2665	2978	X-RAY DIFFRACTION	72.5
2.53-2.6	0.2871	114	0.2343	3365	X-RAY DIFFRACTION	82.21
2.6-2.68	0.2717	142	0.2301	3431	X-RAY DIFFRACTION	83.81
2.68-2.78	0.2927	127	0.2267	3468	X-RAY DIFFRACTION	84.47
2.78-2.89	0.2853	136	0.2196	3533	X-RAY DIFFRACTION	86.27
2.89-3.02	0.3076	145	0.2341	3595	X-RAY DIFFRACTION	87.63
3.02-3.18	0.269	125	0.2106	3703	X-RAY DIFFRACTION	89.19
3.18-3.38	0.2195	132	0.1985	3795	X-RAY DIFFRACTION	92.18
3.38-3.64	0.2239	140	0.1876	3802	X-RAY DIFFRACTION	91.53
3.64-4.01	0.2249	139	0.1635	3842	X-RAY DIFFRACTION	92.56
4.01-4.59	0.2143	150	0.1607	4006	X-RAY DIFFRACTION	95.47
4.59-5.77	0.2257	151	0.1797	4096	X-RAY DIFFRACTION	96.7
5.77-29.69	0.2448	159	0.23	4264	X-RAY DIFFRACTION	97.29

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.72106638446	2.5353030963	-1.63755030463	8.73206370405	-2.69605090402	8.7116217986	0.0466971157124	-0.730034921954	0.420596798858	0.722008873281	-0.241040296909	-0.355388027313	-1.06661817564	0.68783556096	0.153072560621	0.438110434097	-0.0232445817859	-0.120251611845	0.357509174324	-0.0505265570998	0.396096735565	18.8880737159	36.9629824815	26.7596903722
2	2.01035575807	0.704904576447	-1.59328831518	4.0683619667	3.19326302052	5.86114037917	-0.0883931005197	-0.380337609419	-0.0543422572367	0.575460207581	-0.137252297145	-0.068144546382	-0.422341374245	0.374322588503	0.24676898557	0.444138811644	-0.0818363171452	0.0337971980613	0.372017979575	0.0505256440504	0.323200964897	12.6948563871	26.6458896373	31.6779245802
3	7.87011223898	-1.97523340165	3.05524698893	7.95093753474	-5.44822847645	4.18147197443	0.0430002187787	-0.872967814309	0.0756058971938	1.03142401735	-0.172625223481	0.107164960364	-0.666206514035	0.115315589513	0.14592386184	0.517994031482	0.0607682322841	-0.00388863284161	0.505568932927	-0.00784934635768	0.348375526796	9.86570806587	27.3195773668	37.1925608438
4	3.8040113351	0.42568490246	0.834531634501	6.26963520221	-2.85861077027	6.0431274415	-0.0411781390986	-0.169967876808	0.0214888470448	0.24257309767	-0.0557753854911	-0.411495998223	-0.39071296349	0.188268931324	0.103155300777	0.198878134459	0.00172532225587	-0.0114390568044	0.292009808239	-0.0341494459586	0.232667598637	13.1143045894	28.8367758928	20.7117533923
5	1.29453041652	-1.94036070063	2.67049925742	4.57965048979	-3.68897089423	6.54496965201	0.256354934077	0.014086750441	-0.405934524941	-0.103512998966	-0.113343637511	0.0525430448442	0.520222898463	0.121045338454	-0.151338066338	0.265928666833	0.0091869699581	-0.00576231937455	0.303266841092	0.0515294385543	0.366468705874	2.90157199946	25.18277189	12.6967074151
6	7.9425738994	-2.59848996673	-5.39639623073	2.50982948438	2.25551531695	3.87809994281	-0.15653258093	-0.812521110663	-0.12776183442	1.08062969149	0.24848222871	-0.341870131417	-0.122236963999	-0.637682040057	-0.287616576086	0.514707696082	0.0268263178373	-0.00233165967548	0.565890138506	0.0321894323641	0.448900875261	-5.18731219286	39.5300060638	14.0034188757
7	0.823457259242	-0.256585846245	-0.072681137321	4.47752920133	-2.75007085248	3.42022616386	-0.0854721644741	-0.153465774624	-0.213639626516	-0.12832702858	0.350431266083	0.267922549718	0.266227349755	-0.445546639203	-0.246924084742	0.31570239795	-0.0394033161738	-0.0592517278617	0.375563395911	0.0585156582318	0.382208356447	1.53215493273	20.5269635577	15.6414293995
8	2.66737204782	0.734509446583	0.853256942538	7.84636029288	1.01623637068	5.26296513582	-0.0928404421383	-0.477510692723	-0.208131229303	0.0518586180255	0.275011575445	0.569413570592	-0.273258764938	-0.596539887909	-0.091277483455	0.295441898541	-0.0386377146447	0.0805266196494	0.510714630252	0.190814642991	0.429510654342	-2.93444041139	17.5520822361	26.8930607661
9	7.24741415142	2.83751669472	0.193717222277	5.61051517013	-2.26984612909	9.34472331435	0.0576324322805	-0.45242774856	-1.37262213222	0.595825944202	-0.120811851455	0.132957256332	-0.418968053228	-0.370164614645	0.074777431516	0.499620113235	-0.0427674607583	-0.00915240470974	0.496925651954	0.106780261759	0.346012308323	3.16381742761	17.6154524738	36.5794131626
10	7.14365202916	-4.34115993689	-5.0229516261	7.9349903036	5.18212124455	4.65468727276	0.306280874723	0.262353601228	0.709441748533	-0.812869409263	0.169212103647	-0.634261719786	-0.325100556433	-0.0844100481394	-0.519724556909	0.449512747557	-0.0597628707032	-0.0284001731396	0.484742101654	0.0438375836533	0.380234687639	-4.2160926425	60.8150485431	-3.09115484876
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33	0.844875067196	-1.56958951457	0.496186319959	2.85435399634	-0.187924850593	6.88861033164	-0.0181395761015	0.148509716224	-0.0829480166599	0.580665055842	0.121483857916	-0.547825083365	-0.296546205393	0.603557112337	-0.0627673826415	0.431749114032	0.00130139521821	-0.109830906942	0.572462759743	-0.190411247198	0.579547115716	15.2068646329	71.3586965979	40.598427194
34	6.44053300942	-3.45430157575	1.92083971826	2.10508105925	-0.0251080148816	9.5324056019	0.0703377684792	-0.240126553739	0.485714531678	0.110969875742	0.117577615844	-0.772265386033	-0.127147341457	1.01127301094	-0.156016107779	0.405623159138	0.0829675096656	-0.0316593979221	0.579105111535	-0.246857119256	0.636453827074	13.3746657104	76.1566627795	41.3719536177
35	2.32582577204	-1.87870333017	-1.80702694595	3.17948926895	-1.00281743417	7.27323049376	0.191234396965	0.0377482297311	-0.160928700086	0.0331175051173	-0.0451365190985	-0.210857487115	0.0508708399833	0.723082426896	-0.117086677818	0.355665250746	0.0386066637637	-0.12994487123	0.633510663084	-0.245727405048	0.657741009031	3.14789743346	67.828506402	33.6245020189

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 7 through 29 )	A	A	7 - 29	1 - 23
2	2	chain 'A' and (resid 30 through 59 )	A	A	30 - 59	24 - 45
3	3	chain 'A' and (resid 60 through 79 )	A	A	60 - 79	46 - 65
4	4	chain 'A' and (resid 80 through 133 )	A	A	80 - 133	66 - 119
5	5	chain 'A' and (resid 134 through 179 )	A	A	134 - 179	120 - 157
6	6	chain 'A' and (resid 180 through 193 )	A	A	180 - 193	158 - 171
7	7	chain 'A' and (resid 194 through 242 )	A	A	194 - 242	172 - 220
8	8	chain 'A' and (resid 243 through 262 )	A	A	243 - 262	221 - 240
9	9	chain 'A' and (resid 263 through 280 )	A	A	263 - 280	241 - 258
10	10	chain 'B' and (resid 7 through 29 )	B	H	7 - 29	1 - 23
11	11	chain 'B' and (resid 30 through 59 )	B	H	30 - 59	24 - 45
12	12	chain 'B' and (resid 60 through 95 )	B	H	60 - 95	46 - 81
13	13	chain 'B' and (resid 96 through 113 )	B	H	96 - 113	82 - 99
14	14	chain 'B' and (resid 114 through 133 )	B	H	114 - 133	100 - 119
15	15	chain 'B' and (resid 134 through 170 )	B	H	134 - 170	120 - 146
16	16	chain 'B' and (resid 171 through 193 )	B	H	171 - 193	147 - 169
17	17	chain 'B' and (resid 194 through 207 )	B	H	194 - 207	170 - 183
18	18	chain 'B' and (resid 208 through 242 )	B	H	208 - 242	184 - 218
19	19	chain 'B' and (resid 243 through 262 )	B	H	243 - 262	219 - 238
20	20	chain 'B' and (resid 263 through 280 )	B	H	263 - 280	239 - 256
21	21	chain 'C' and (resid 7 through 79 )	C	L	7 - 79	1 - 61
22	22	chain 'C' and (resid 80 through 114 )	C	L	80 - 114	62 - 96
23	23	chain 'C' and (resid 115 through 179 )	C	L	115 - 179	97 - 151
24	24	chain 'C' and (resid 180 through 206 )	C	L	180 - 206	152 - 174
25	25	chain 'C' and (resid 207 through 218 )	C	L	207 - 218	175 - 186
26	26	chain 'C' and (resid 219 through 242 )	C	L	219 - 242	187 - 210
27	27	chain 'C' and (resid 243 through 280 )	C	L	243 - 280	211 - 248
28	28	chain 'D' and (resid 6 through 79 )	D	N	6 - 79	1 - 62
29	29	chain 'D' and (resid 80 through 95 )	D	N	80 - 95	63 - 78
30	30	chain 'D' and (resid 96 through 114 )	D	N	96 - 114	79 - 97
31	31	chain 'D' and (resid 115 through 179 )	D	N	115 - 179	98 - 152
32	32	chain 'D' and (resid 180 through 207 )	D	N	180 - 207	153 - 174
33	33	chain 'D' and (resid 208 through 232 )	D	N	208 - 232	175 - 199
34	34	chain 'D' and (resid 233 through 253 )	D	N	233 - 253	200 - 220
35	35	chain 'D' and (resid 254 through 280 )	D	N	254 - 280	221 - 247

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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