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Yorodumi- PDB-8trf: Crystal structure of SM0281, an alpha/beta hydrolase from Sinorhi... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8trf | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of SM0281, an alpha/beta hydrolase from Sinorhizobium meliloti | ||||||
Components | AB hydrolase-1 domain-containing protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase | ||||||
| Function / homology | mycophenolic acid acyl-glucuronide esterase / : / palmitoyl[protein] hydrolase / Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Chem-PE3 / Palmitoyl-protein thioesterase ABHD10, mitochondrial Function and homology information | ||||||
| Biological species | Rhizobium meliloti (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.46 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Lemak, S. / Edwards, E. / Yakunin, A. / Savchenko, A. | ||||||
| Funding support | Canada, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Crystal structure of SM0281, an alpha/beta hydrolase from Sinorhizobium meliloti Authors: Lemak, S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8trf.cif.gz | 466.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8trf.ent.gz | 340.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8trf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8trf_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8trf_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
| Data in XML | 8trf_validation.xml.gz | 47.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 8trf_validation.cif.gz | 62.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/8trf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/8trf | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 30589.666 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhizobium meliloti (strain 1021) (bacteria)Strain: 1021 / Gene: SMc00361 / Plasmid: p15Tv-LIC / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-PE3 / #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.37 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 0.1 M Tris pH 8.5, 30% PEG6000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 / Wavelength: 1.5418 Å |
| Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 27, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.46→30 Å / Num. obs: 55702 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 45.09 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 15 |
| Reflection shell | Resolution: 2.46→2.49 Å / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.028 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 2692 / CC1/2: 0.669 / Rpim(I) all: 0.453 / % possible all: 97.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.46→29.69 Å / SU ML: 0.2488 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.08 / Phase error: 23.6441 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 56.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.46→29.69 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
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Controller
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Rhizobium meliloti (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Canada, 1items
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PDBj







