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- PDB-8tr4: Crystal Structure of Mtb Pks13 Thioesterase domain in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tr4
タイトルCrystal Structure of Mtb Pks13 Thioesterase domain in complex with inhibitor X20404
要素Polyketide synthase Pks13
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / polyketide synthase / thioesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. ...: / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Polyketide synthase Pks13
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Krieger, I.V. / Sacchettini, J.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI095208 米国
Welch FoundationA-0015 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-040487 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2024
タイトル: Inhibitors of the Thioesterase Activity of Mycobacterium tuberculosis Pks13 Discovered Using DNA-Encoded Chemical Library Screening.
著者: Krieger, I.V. / Yalamanchili, S. / Dickson, P. / Engelhart, C.A. / Zimmerman, M.D. / Wood, J. / Clary, E. / Nguyen, J. / Thornton, N. / Centrella, P.A. / Chan, B. / Cuozzo, J.W. / ...著者: Krieger, I.V. / Yalamanchili, S. / Dickson, P. / Engelhart, C.A. / Zimmerman, M.D. / Wood, J. / Clary, E. / Nguyen, J. / Thornton, N. / Centrella, P.A. / Chan, B. / Cuozzo, J.W. / Gengenbacher, M. / Guie, M.A. / Guilinger, J.P. / Bienstock, C. / Hartl, H. / Hupp, C.D. / Jetson, R. / Satoh, T. / Yeoman, J.T.S. / Zhang, Y. / Dartois, V. / Schnappinger, D. / Keefe, A.D. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2023年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase Pks13
B: Polyketide synthase Pks13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,04710
ポリマ－63,5552
非ポリマー1,4918
水4,900272
1
A: Polyketide synthase Pks13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6206
ポリマ－31,7781
非ポリマー8425
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polyketide synthase Pks13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4274
ポリマ－31,7781
非ポリマー6503
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.942, 87.592, 109.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1802-

SO4

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要素

#1: タンパク質 Polyketide synthase Pks13 / Termination polyketide synthase


分子量: 31777.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: pks13, Rv3800c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: I6X8D2, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-K6C / 4-(2-{(4M)-4-[(6M)-6-(2,5-dimethoxyphenyl)pyridin-3-yl]-1H-1,2,3-triazol-1-yl}ethyl)-N,N-dimethylbenzamide


分子量: 457.524 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H27N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.67 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS-HCL, 2.0-1.8 M AMMONIUM SULFATE, 2%-5% V/V PPG P400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.37 Å / Num. obs: 30403 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.648 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1817 / CC1/2: 0.633 / Rpim(I) all: 0.54 / % possible all: 68

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解析

ソフトウェア
名称分類
PDB-REDO精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→48.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 11.056 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23764 1511 5 %RANDOM
Rwork0.18454 ---
obs0.18711 28866 91.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.196 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å2-0 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4294 0 98 272 4664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0164514
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0921.8186135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.41.5759446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7835.363593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.03310715
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.062.0522188
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0582.0512188
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1883.0622730
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1893.0632731
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8462.3922326
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5462.3322302
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9333.4063366
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.72529.2825167
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.6828.5015115
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 76 -
Rwork0.276 1544 -
obs--67.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2375-0.44690.11912.2406-0.40911.3256-0.04-0.06540.05870.06790.07240.0597-0.07240.02-0.03240.026-0.0134-0.00140.12130.0020.036616.82932.44224.1
22.2824-0.21360.2031.15550.19352.4871-0.0787-0.0893-0.067-0.0003-0.02180.0517-0.0461-0.08140.10050.0482-0.02480.00810.0672-0.00860.0420.73324.214-9.792
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1451 - 1727
2X-RAY DIFFRACTION2B1451 - 1726

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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