+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tqx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the Zika virus stem-loop A (SLA) bottom stem | ||||||
![]() | Zika virus stem-loop A (SLA) bottom stem | ||||||
![]() | RNA / Zika virus / Flavivirus / RNA structure / stem-loop A | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tipo, J. / Gottipati, K. / Choi, K.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: High-resolution RNA tertiary structures in Zika virus stem-loop A for the development of inhibitory small molecules. 著者: Tipo, J. / Gottipati, K. / Choi, K.H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 19.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 396 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 396 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8tsvC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 6054.634 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: A GGGCCC linker sequence is used to connect the antiparallel strands of the bottom stem 由来: (合成) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.65 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Bis-Tris propane, magnesium chloride (MgCl2), and polyethylene glycol (PEG) 3350 PH範囲: 6.5-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年3月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 7321 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 56.15 Å2 / CC1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 0.946 / Net I/σ(I): 23.22 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / Num. unique obs: 314 / CC1/2: 0.724 / CC star: 0.916 / Rpim(I) all: 0.484 / Χ2: 1.085 / % possible all: 83.3 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→48.83 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|