PDB-8tqp: HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to Quinazolin-4-one Scaffol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tqp

タイトル

HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to Quinazolin-4-one Scaffold inhibitor

要素

Gag polyprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / HIV-1 / Human Immunodeficiency Virus / Capsid / HIV-CA / Capsid Inhibitor / HIV Restriction

機能・相同性

機能・相同性情報

viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Goldstone, D.C. / Barnett, M.J. / Taka, J.R.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery, Crystallographic Studies, and Mechanistic Investigations of Novel Phenylalanine Derivatives Bearing a Quinazolin-4-one Scaffold as Potent HIV Capsid Modulators.
著者: Xu, S. / Sun, L. / Barnett, M. / Zhang, X. / Ding, D. / Gattu, A. / Shi, D. / Taka, J.R.H. / Shen, W. / Jiang, X. / Cocklin, S. / De Clercq, E. / Pannecouque, C. / Goldstone, D.C. / Liu, X. / Dick, A. / Zhan, P.

履歴

登録	2023年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tqp.cif.gz	514.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tqp.ent.gz	411.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tqp_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tqp_full_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示
XML形式データ	8tqp_validation.xml.gz	92.3 KB	表示
CIF形式データ	8tqp_validation.cif.gz	119.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/8tqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/8tqp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8tovC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Gag polyprotein

B: Gag polyprotein

C: Gag polyprotein

D: Gag polyprotein

E: Gag polyprotein

F: Gag polyprotein

G: Gag polyprotein

I: Gag polyprotein

J: Gag polyprotein

K: Gag polyprotein

L: Gag polyprotein

H: Gag polyprotein

ヘテロ分子

314 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gag polyprotein

B: Gag polyprotein

C: Gag polyprotein

D: Gag polyprotein

E: Gag polyprotein

F: Gag polyprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
157 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Gag polyprotein

I: Gag polyprotein

J: Gag polyprotein

K: Gag polyprotein

L: Gag polyprotein

H: Gag polyprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
157 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.845, 89.956, 115.400
Angle α, β, γ (deg.)	87.012, 78.394, 60.335
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
2	1	1	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
3	2	2	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
4	2	2	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
5	3	3	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
6	3	3	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
7	4	4	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
8	4	4	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
9	5	5	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
10	5	5	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
11	6	6	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
12	6	6	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
13	7	7	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
14	7	7	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
15	8	8	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
16	8	8	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
17	9	9	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
18	9	9	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
19	10	10	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
20	10	10	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
21	11	11	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
22	11	11	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
23	12	12	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
24	12	12	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
25	13	13	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
26	13	13	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
27	14	14	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
28	14	14	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
29	15	15	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
30	15	15	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
31	16	16	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
32	16	16	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
33	17	17	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
34	17	17	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
35	18	18	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
36	18	18	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
37	19	19	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
38	19	19	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
39	20	20	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
40	20	20	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
41	21	21	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
42	21	21	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
43	22	22	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
44	22	22	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
45	23	23	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
46	23	23	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
47	24	24	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
48	24	24	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
49	25	25	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
50	25	25	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
51	26	26	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
52	26	26	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
53	27	27	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
54	27	27	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
55	28	28	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
56	28	28	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
57	29	29	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
58	29	29	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
59	30	30	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
60	30	30	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
61	31	31	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
62	31	31	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
63	32	32	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
64	32	32	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
65	33	33	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
66	33	33	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
67	34	34	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
68	34	34	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
69	35	35	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
70	35	35	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
71	36	36	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
72	36	36	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
73	37	37	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
74	37	37	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
75	38	38	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
76	38	38	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
77	39	39	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
78	39	39	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
79	40	40	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
80	40	40	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
81	41	41	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
82	41	41	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
83	42	42	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
84	42	42	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
85	43	43	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
86	43	43	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
87	44	44	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
88	44	44	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
89	45	45	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
90	45	45	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
91	46	46	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
92	46	46	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
93	47	47	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
94	47	47	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
95	48	48	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
96	48	48	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
97	49	49	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
98	49	49	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
99	50	50	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
100	50	50	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
101	51	51	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
102	51	51	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
103	52	52	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
104	52	52	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
105	53	53	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
106	53	53	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
107	54	54	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
108	54	54	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
109	55	55	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
110	55	55	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
111	56	56	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
112	56	56	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
113	57	57	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
114	57	57	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
115	58	58	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
116	58	58	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
117	59	59	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
118	59	59	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
119	60	60	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
120	60	60	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
121	61	61	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
122	61	61	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
123	62	62	CYS	CYS	1 - 218	1 - 218
124	62	62	CYS	CYS	1 - 218	1 - 218
125	63	63	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
126	63	63	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
127	64	64	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
128	64	64	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
129	65	65	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
130	65	65	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
131	66	66	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219
132	66	66	GLN	GLN	1 - 219	1 - 219

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
22	Local NCS retraints between domains: 43 44
23	Local NCS retraints between domains: 45 46
24	Local NCS retraints between domains: 47 48
25	Local NCS retraints between domains: 49 50
26	Local NCS retraints between domains: 51 52
27	Local NCS retraints between domains: 53 54
28	Local NCS retraints between domains: 55 56
29	Local NCS retraints between domains: 57 58
30	Local NCS retraints between domains: 59 60
31	Local NCS retraints between domains: 61 62
32	Local NCS retraints between domains: 63 64
33	Local NCS retraints between domains: 65 66
34	Local NCS retraints between domains: 67 68
35	Local NCS retraints between domains: 69 70
36	Local NCS retraints between domains: 71 72
37	Local NCS retraints between domains: 73 74
38	Local NCS retraints between domains: 75 76
39	Local NCS retraints between domains: 77 78
40	Local NCS retraints between domains: 79 80
41	Local NCS retraints between domains: 81 82
42	Local NCS retraints between domains: 83 84
43	Local NCS retraints between domains: 85 86
44	Local NCS retraints between domains: 87 88
45	Local NCS retraints between domains: 89 90
46	Local NCS retraints between domains: 91 92
47	Local NCS retraints between domains: 93 94
48	Local NCS retraints between domains: 95 96
49	Local NCS retraints between domains: 97 98
50	Local NCS retraints between domains: 99 100
51	Local NCS retraints between domains: 101 102
52	Local NCS retraints between domains: 103 104
53	Local NCS retraints between domains: 105 106
54	Local NCS retraints between domains: 107 108
55	Local NCS retraints between domains: 109 110
56	Local NCS retraints between domains: 111 112
57	Local NCS retraints between domains: 113 114
58	Local NCS retraints between domains: 115 116
59	Local NCS retraints between domains: 117 118
60	Local NCS retraints between domains: 119 120
61	Local NCS retraints between domains: 121 122
62	Local NCS retraints between domains: 123 124
63	Local NCS retraints between domains: 125 126
64	Local NCS retraints between domains: 127 128
65	Local NCS retraints between domains: 129 130
66	Local NCS retraints between domains: 131 132

#1: タンパク質	Gag polyprotein 分子量: 25461.271 Da / 分子数: 12 / 変異: A14C, E45C, W184A, M184A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: NL4-3 / 遺伝子: gag / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR(DE3) / 参照: UniProt: B6DRA0
#2: 化合物	ChemComp-K3L / 2-[4-(4-aminobenzene-1-sulfonyl)-2-oxopiperazin-1-yl]-N-{(1R)-2-(3,5-difluorophenyl)-1-[3-(4-methoxyphenyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl]ethyl}acetamide 分子量: 702.727 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₃₂F₂N₆O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PACT E4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→49.143 Å / Num. obs: 67407 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 67.996 Å² / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.9→2.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4484 / CC_1/2: 0.255

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→49.143 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 19.675 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.41 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2475	3400	5.044 %
R_work	0.2	64006	-
all	0.202	-	-
obs	-	67406	99.033 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.545 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.152 Å²	1.764 Å²	-0.017 Å²
2-	-	0.009 Å²	-0.017 Å²
3-	-	-	1.665 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.143 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19264	0	600	182	20046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
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X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.264	1.659	27754
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X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.285	5	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.822	5	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.261	10	3375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.866	10	819
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	3112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.03	0.2	12
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X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3629
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X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	18683
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	10666
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	10484
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X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.11	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.303	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	5
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X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.891	7.553	9989
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X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.263	11.283	12406
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X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.463	8.034	10387
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.074	11.876	15340
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.074	11.876	15341
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.715	97.01	24393
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.715	97.013	24389
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X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_29	0.038	0.05	6730
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X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_40	0.04	0.05	6663
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X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_56	0.04	0.05	6751
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_57	0.029	0.05	6860
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_58	0.031	0.05	6769
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X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_64	0.034	0.05	6796
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_65	0.038	0.05	6784
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_66	0.035	0.05	6850

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03064	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03064	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03276	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03276	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03188	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03188	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03472	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03472	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02816	0.0501
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02816	0.0501
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6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0391	0.0501
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13	26	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03049	0.0501
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15	30	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03332	0.0501
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16	32	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04159	0.0501
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18	36	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04135	0.0501
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20	40	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04406	0.0501
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21	42	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04787	0.0501
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60	120	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04258	0.0501
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61	122	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03338	0.0501
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64	128	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03445	0.0501
65	129	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03769	0.0501
65	130	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03769	0.0501
66	131	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03533	0.0501
66	132	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03533	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.9-2.975	0.373	261	0.337	4643	0.339	4976	0.902	0.914	98.5531	0.331
2.975-3.056	0.37	227	0.334	4585	0.335	4879	0.901	0.919	98.6268	0.326
3.056-3.144	0.337	243	0.302	4458	0.304	4771	0.92	0.937	98.5328	0.288
3.144-3.241	0.323	231	0.266	4331	0.269	4629	0.935	0.953	98.5526	0.25
3.241-3.347	0.307	218	0.252	4223	0.255	4499	0.941	0.962	98.7108	0.232
3.347-3.463	0.31	203	0.235	4129	0.239	4367	0.943	0.969	99.1985	0.213
3.463-3.593	0.242	224	0.2	3902	0.203	4159	0.958	0.977	99.2065	0.181
3.593-3.739	0.259	217	0.197	3791	0.2	4044	0.963	0.978	99.1098	0.178
3.739-3.905	0.254	197	0.181	3631	0.185	3863	0.963	0.98	99.094	0.166
3.905-4.094	0.222	218	0.181	3458	0.184	3707	0.97	0.981	99.1637	0.169
4.094-4.314	0.23	219	0.168	3229	0.172	3480	0.967	0.983	99.0805	0.161
4.314-4.573	0.199	125	0.156	3173	0.158	3313	0.977	0.986	99.5472	0.149
4.573-4.886	0.19	123	0.156	2965	0.157	3104	0.978	0.986	99.4845	0.151
4.886-5.273	0.23	112	0.189	2831	0.191	2957	0.971	0.981	99.5266	0.185
5.273-5.77	0.251	152	0.2	2480	0.203	2649	0.967	0.978	99.3582	0.191
5.77-6.44	0.311	127	0.206	2325	0.211	2463	0.946	0.976	99.5534	0.203
6.44-7.415	0.196	120	0.17	2001	0.172	2128	0.979	0.983	99.6711	0.174
7.415-9.03	0.17	81	0.159	1731	0.16	1819	0.988	0.986	99.6152	0.176
9.03-12.56	0.213	65	0.145	1338	0.147	1406	0.978	0.988	99.7866	0.17
12.56-49.143	0.227	37	0.277	782	0.275	820	0.975	0.953	99.8781	0.309

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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