PDB-8tqn: Crystal Structure of a MES bound Substrate Binding Protein (IseP)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tqn

タイトル

Crystal Structure of a MES bound Substrate Binding Protein (IseP) from an Isethionate TRAP Transporter

要素

Isethionate-binding periplasmic protein DctP

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRAP Transporter / Substrate Binding Protein / Isethionate

機能・相同性

alkanesulfonate catabolic process / TRAP transporter solute receptor, DctP family / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / Isethionate-binding periplasmic protein DctP

機能・相同性情報

生物種

Oleidesulfovibrio alaskensis G20 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Newton-Vesty, M.C. / Dobson, R.C.J.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of an isethionate substrate-binding protein (IseP) bound to isethionate
著者: Newton-Vesty, M.C. / Dobson, R.C.J.

履歴

登録	2023年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tqn.cif.gz	138.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tqn.ent.gz	104.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tqn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tqn_validation.pdf.gz	431.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tqn_full_validation.pdf.gz	432.6 KB	表示
XML形式データ	8tqn_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	8tqn_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/8tqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/8tqn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8te9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isethionate-binding periplasmic protein DctP

ヘテロ分子

37.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.669, 73.232, 95.455
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Isethionate-binding periplasmic protein DctP / TRAP transporter / DctP solute-binding subunit 分子量: 37287.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oleidesulfovibrio alaskensis G20 (バクテリア) 遺伝子: dctP, Dde_1275 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q312S0
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.9 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Lithium chloride, 0.1 M MES 6.0, 20 % w/v PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95372 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→47.773 Å / Num. obs: 37696 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 15.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.04-47.73	15.9	0.062	288	0.998	0.02	0.065
1.65-1.68	13	1.654	1862	0.764	0.671	1.79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
MOLREP		位相決定
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→47.773 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 3.126 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	1908	5.07 %
R_work	0.1968	35726	-
all	0.199	-	-
obs	-	37634	99.992 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.771 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.982 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.845 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.137 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→47.773 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2405	0	12	171	2588

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2533
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2439
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.524	1.662	3443
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.49	1.573	5649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.471	5	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.212	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.476	10	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.845	10	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2957
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	545
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	519
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.078	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.922	3.382	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.903	3.381	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.658	6.079	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.657	6.08	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.294	3.957	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.292	3.958	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.593	7.02	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.591	7.019	1863
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.619	34.915	2856
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.613	34.662	2832

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.65-1.693	0.298	131	0.329	2618	0.327	2751	0.906	0.87	99.9273	0.327
1.693-1.739	0.367	119	0.289	2538	0.293	2657	0.865	0.906	100	0.279
1.739-1.789	0.283	119	0.271	2474	0.272	2593	0.915	0.932	100	0.258
1.789-1.844	0.331	129	0.25	2407	0.254	2536	0.931	0.947	100	0.233
1.844-1.905	0.33	129	0.241	2324	0.246	2453	0.935	0.958	100	0.224
1.905-1.972	0.262	121	0.229	2254	0.231	2375	0.949	0.964	100	0.214
1.972-2.046	0.279	147	0.217	2132	0.22	2279	0.955	0.969	100	0.204
2.046-2.129	0.255	114	0.217	2097	0.219	2211	0.958	0.97	100	0.207
2.129-2.224	0.235	109	0.198	2023	0.2	2132	0.962	0.975	100	0.193
2.224-2.332	0.206	100	0.195	1936	0.196	2036	0.969	0.976	100	0.19
2.332-2.458	0.258	94	0.191	1846	0.195	1940	0.957	0.977	100	0.191
2.458-2.607	0.227	108	0.208	1731	0.209	1839	0.962	0.974	100	0.212
2.607-2.786	0.245	65	0.201	1662	0.203	1727	0.95	0.975	100	0.211
2.786-3.008	0.224	80	0.202	1553	0.203	1633	0.969	0.974	100	0.216
3.008-3.294	0.277	84	0.213	1414	0.217	1498	0.948	0.972	100	0.231
3.294-3.681	0.25	77	0.202	1301	0.204	1378	0.964	0.978	100	0.222
3.681-4.246	0.223	48	0.17	1160	0.172	1208	0.973	0.983	100	0.199
4.246-5.19	0.195	69	0.16	977	0.162	1046	0.974	0.985	100	0.198
5.19-7.297	0.214	40	0.188	797	0.189	837	0.976	0.982	100	0.232
7.297-47.773	0.17	25	0.146	482	0.147	507	0.983	0.984	100	0.191

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関連情報:EMDBヘッダ

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