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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tqf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Soybean SHMT8 in complex with PLP-glycine and diglutamylated 5-formyltetrahydrofolate | ||||||
要素 | Serine hydroxymethyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / complex / enzyme / soybean | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Glycine max (ダイズ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.69 Å | ||||||
データ登録者 | Owuocha, L.F. / Beamer, L.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural insights into high affinity binding of polyglutamylated tetrahydrofolate to soybean serine hydroxymethyltransferase 著者: Owuocha, L.F. / Beamer, L.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tqf.cif.gz | 915.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tqf.ent.gz | 629.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tqf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/8tqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/8tqf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54141.355 Da / 分子数: 4 断片: residues 71-541 (based on Uniprot numbering in A0A0R0IK90) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: 100305380 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0R0IK90 #2: 化合物 | ChemComp-PLG / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-S8R / 分子量: 602.553 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H30N8O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.34 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Magnesium formate dihydrate, 13% PEG 3350 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5, 25% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2023年5月28日 / 詳細: none |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.69→47.41 Å / Num. obs: 238872 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 23.43 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.69→1.72 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 1.057 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 10106 / CC1/2: 0.314 / Rpim(I) all: 0.975 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.49 / % possible all: 82.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.69→47.09 Å / SU ML: 0.2151 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 21.9366 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.69→47.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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