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Yorodumi- PDB-8tqf: Crystal structure of Soybean SHMT8 in complex with PLP-glycine an... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8tqf | ||||||
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Title | Crystal structure of Soybean SHMT8 in complex with PLP-glycine and diglutamylated 5-formyltetrahydrofolate | ||||||
Components | Serine hydroxymethyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / complex / enzyme / soybean | ||||||
Function / homology | Function and homology information glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Glycine max (soybean) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.69 Å | ||||||
Authors | Owuocha, L.F. / Beamer, L.J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structural insights into high affinity binding of polyglutamylated tetrahydrofolate to soybean serine hydroxymethyltransferase Authors: Owuocha, L.F. / Beamer, L.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8tqf.cif.gz | 915.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8tqf.ent.gz | 629.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8tqf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/8tqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/8tqf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 54141.355 Da / Num. of mol.: 4 Fragment: residues 71-541 (based on Uniprot numbering in A0A0R0IK90) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Glycine max (soybean) / Gene: 100305380 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0R0IK90 #2: Chemical | ChemComp-PLG / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-S8R / Mass: 602.553 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Formula: C25H30N8O10 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M Magnesium formate dihydrate, 13% PEG 3350 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5, 25% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RDI CMOS_8M / Detector: CMOS / Date: May 28, 2023 / Details: none |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.69→47.41 Å / Num. obs: 238872 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 23.43 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I): 8.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.69→1.72 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 1.057 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 10106 / CC1/2: 0.314 / Rpim(I) all: 0.975 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.49 / % possible all: 82.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.69→47.09 Å / SU ML: 0.2151 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / Phase error: 21.9366 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.69→47.09 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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