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- PDB-8tqd: NF-Kappa-B1 Bound with a Covalent Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tqd
タイトルNF-Kappa-B1 Bound with a Covalent Inhibitor
要素Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / DNA binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / mammary gland involution / antibacterial innate immune response / cellular response to interleukin-17 / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of lipid storage ...I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / mammary gland involution / antibacterial innate immune response / cellular response to interleukin-17 / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of lipid storage / negative regulation of interleukin-12 production / Regulated proteolysis of p75NTR / CLEC7A/inflammasome pathway / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / Interleukin-1 processing / cellular response to interleukin-6 / cellular response to dsRNA / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / actinin binding / non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of miRNA metabolic process / Regulation of NFE2L2 gene expression / signal transduction involved in regulation of gene expression / TRAF6 mediated NF-kB activation / cellular response to angiotensin / Transcriptional Regulation by VENTX / The NLRP3 inflammasome / positive regulation of cholesterol efflux / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / NF-kB is activated and signals survival / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / JNK cascade / response to muscle stretch / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / CD209 (DC-SIGN) signaling / protein sequestering activity / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / Activation of NF-kappaB in B cells / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / B cell receptor signaling pathway / transcription coregulator activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to mechanical stimulus / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / cellular response to virus / PKMTs methylate histone lysines / cellular response to nicotine / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / specific granule lumen / HCMV Early Events / Downstream TCR signaling / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / secretory granule lumen / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / apoptotic process / Neutrophil degranulation / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / : / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain ...Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / : / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Hilbert, B.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: DrugMap: A quantitative pan-cancer analysis of cysteine ligandability.
著者: Takahashi, M. / Chong, H.B. / Zhang, S. / Yang, T.Y. / Lazarov, M.J. / Harry, S. / Maynard, M. / Hilbert, B. / White, R.D. / Murrey, H.E. / Tsou, C.C. / Vordermark, K. / Assaad, J. / Gohar, M. ...著者: Takahashi, M. / Chong, H.B. / Zhang, S. / Yang, T.Y. / Lazarov, M.J. / Harry, S. / Maynard, M. / Hilbert, B. / White, R.D. / Murrey, H.E. / Tsou, C.C. / Vordermark, K. / Assaad, J. / Gohar, M. / Durr, B.R. / Richter, M. / Patel, H. / Kryukov, G. / Brooijmans, N. / Alghali, A.S.O. / Rubio, K. / Villanueva, A. / Zhang, J. / Ge, M. / Makram, F. / Griesshaber, H. / Harrison, D. / Koglin, A.S. / Ojeda, S. / Karakyriakou, B. / Healy, A. / Popoola, G. / Rachmin, I. / Khandelwal, N. / Neil, J.R. / Tien, P.C. / Chen, N. / Hosp, T. / van den Ouweland, S. / Hara, T. / Bussema, L. / Dong, R. / Shi, L. / Rasmussen, M.Q. / Domingues, A.C. / Lawless, A. / Fang, J. / Yoda, S. / Nguyen, L.P. / Reeves, S.M. / Wakefield, F.N. / Acker, A. / Clark, S.E. / Dubash, T. / Kastanos, J. / Oh, E. / Fisher, D.E. / Maheswaran, S. / Haber, D.A. / Boland, G.M. / Sade-Feldman, M. / Jenkins, R.W. / Hata, A.N. / Bardeesy, N.M. / Suva, M.L. / Martin, B.R. / Liau, B.B. / Ott, C.J. / Rivera, M.N. / Lawrence, M.S. / Bar-Peled, L.
履歴
登録2023年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1192
ポリマ－22,7381
非ポリマー3811
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.210, 57.210, 71.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit


分子量: 22738.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFKB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P19838
#2: 化合物 ChemComp-JMR / 1-(2-bromo-4-chlorophenyl)-N-{(3S)-1-[(E)-iminomethyl]pyrrolidin-3-yl}methanesulfonamide


分子量: 380.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15BrClN3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Citrate pH5.0, 20%w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→49.55 Å / Num. obs: 17269 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.1 / Num. measured all: 182077
反射 シェル解像度: 2.02→2.07 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 1.06 / Num. measured all: 13161 / Num. unique obs: 1278 / CC1/2: 0.679 / Rpim(I) all: 0.346 / Rrim(I) all: 1.116 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.02→49.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.272 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22665 802 4.6 %RANDOM
Rwork0.18164 ---
obs0.1837 16462 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.667 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20 Å20 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.02→49.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1557 0 20 99 1676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0121649
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0161593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1651.7032232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4131.6073675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4475202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3.799511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.1610289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021921
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02370
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5784.689808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5784.689808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9268.4251010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9258.4261011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6845.118841
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6835.119842
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5089.2571223
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.19249.621803
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.17549.361784
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.072 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.746 63 -
Rwork0.431 1206 -
obs--99.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.9663 Å / Origin y: 6.755 Å / Origin z: -0.7372 Å
111213212223313233
T0.0122 Å2-0.0202 Å2-0.0046 Å2-0.0469 Å20.0122 Å2--0.0096 Å2
L0.2617 °2-0.0632 °20.0546 °2-0.279 °2-0.103 °2--0.5093 °2
S-0.0266 Å °-0.0083 Å °-0.0017 Å °0.0024 Å °0.0008 Å °-0.0408 Å °-0.0375 Å °0.0605 Å °0.0259 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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