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- PDB-8tp8: Structure of the C. crescentus WYL-activator, DriD, bound to ssDN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tp8
タイトルStructure of the C. crescentus WYL-activator, DriD, bound to ssDNA and cognate DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3')
  • DeoR-family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / WYL motif / DriD / C. crescentus / DNA damage repair / ssDNA / transcription activation / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性Protein PafC / WYL domain / WYL domain / DNA / DNA (> 10) / DeoR-family transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130290 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structure of the WYL-domain containing transcription activator, DriD, in complex with ssDNA effector and DNA target site.
著者: Schumacher, M.A. / Cannistraci, E. / Salinas, R. / Lloyd, D. / Messner, E. / Gozzi, K.
履歴
登録2023年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DeoR-family transcriptional regulator
B: DeoR-family transcriptional regulator
U: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
R: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3')
Y: DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3')
C: DeoR-family transcriptional regulator
D: DeoR-family transcriptional regulator
J: DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3')
K: DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
T: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,00218
ポリマ－181,42612
非ポリマー5766
水1,946108
1
A: DeoR-family transcriptional regulator
B: DeoR-family transcriptional regulator
U: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
R: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3')
Y: DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9058
ポリマ－90,7136
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16770 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area33340 Å2
手法PISA
2
C: DeoR-family transcriptional regulator
D: DeoR-family transcriptional regulator
J: DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3')
K: DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
T: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,09710
ポリマ－90,7136
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17160 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area33100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.260, 178.941, 92.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
DeoR-family transcriptional regulator / DriD


分子量: 38037.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
遺伝子: CCNA_01151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3C5Q6

-
DNA鎖 , 3種, 8分子 UFRTLYJK

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')


分子量: 6437.183 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')


分子量: 6446.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
#4: DNA鎖
DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3')


分子量: 877.623 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caulobacter vibrioides (バクテリア)

-
非ポリマー , 2種, 114分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris, 1.0 M Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→69 Å / Num. obs: 56088 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.74→2.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3276 / CC1/2: 0.635

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.74→68.97 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2409 2000 3.57 %
Rwork0.1958 --
obs0.1975 56088 96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→68.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9839 1954 30 108 11931
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912259
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15917032
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.222362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561895
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071904
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.74-2.810.36841170.3533150X-RAY DIFFRACTION79
2.81-2.890.39131410.32593814X-RAY DIFFRACTION94
2.89-2.970.35411450.3033923X-RAY DIFFRACTION99
2.97-3.070.34111440.28423922X-RAY DIFFRACTION98
3.07-3.180.31921470.26763964X-RAY DIFFRACTION98
3.18-3.30.3021460.23753947X-RAY DIFFRACTION98
3.3-3.450.26891420.21763834X-RAY DIFFRACTION96
3.45-3.640.27551460.20553946X-RAY DIFFRACTION98
3.64-3.860.25381460.19413961X-RAY DIFFRACTION99
3.86-4.160.21241410.17593804X-RAY DIFFRACTION95
4.16-4.580.19681460.16473973X-RAY DIFFRACTION98
4.58-5.240.22511470.16573962X-RAY DIFFRACTION99
5.24-6.610.2521440.19143921X-RAY DIFFRACTION97
6.61-68.970.1841480.16243967X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.1364 Å / Origin y: -16.2606 Å / Origin z: 45.204 Å
111213212223313233
T0.4579 Å2-0.0285 Å20.0435 Å2-0.468 Å2-0.0871 Å2--0.475 Å2
L0.8379 °2-0.1321 °20.4136 °2-0.3085 °2-0.2737 °2--0.9592 °2
S0.1009 Å °-0.0356 Å °-0.0617 Å °-0.0022 Å °-0.0042 Å °0.0226 Å °0.0202 Å °-0.2159 Å °-0.1131 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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