PDB-8ton: Crystal Structure of Engineered Mouse Protocadherin-15 EC3-EC7 Co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ton

タイトル

Crystal Structure of Engineered Mouse Protocadherin-15 EC3-EC7 Connection

要素

Protocadherin-15 EC3-EC7

キーワード

CELL ADHESION / HEARING / MECHANOTRANSDUCTION / CALCIUM-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / inner ear receptor cell stereocilium organization / righting reflex / inner ear auditory receptor cell differentiation / stereocilium / non-motile cilium assembly / auditory receptor cell stereocilium organization / adult walking behavior / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

De-la-Torre, P. / Brower, J. / Indzhykulian, A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)	R01 DC020190	米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)	R01 DC017166	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Engineered Mouse Protocadherin-15 EC3-EC7 Connection
著者: De-la-Torre, P. / Brower, J. / Indzhykulian, A.

履歴

登録	2023年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ton.cif.gz	65.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ton.ent.gz	44.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ton.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ton_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ton_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8ton_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	8ton_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/8ton ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/8ton	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Protocadherin-15 EC3-EC7

ヘテロ分子

28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.603, 84.603, 76.895
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-506- HOH

#1: タンパク質	Protocadherin-15 EC3-EC7 分子量: 27993.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Expressed with Rosetta (DE3) competent cells / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pcdh15 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99PJ1
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.71 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 15% w/v PEG 20000, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 0.6 uM Spermine Tetrahydrochloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 A
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 23952 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.6 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 31.9285
反射シェル	解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 10.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique obs: 1173 / CC_1/2: 0.728 / CC star: 0.918 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.94→42.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.382 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.128 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2234	1201	5.024 %
R_work	0.1839	22704	-
all	0.186	-	-
obs	-	23905	99.929 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.309 Å²	-0.154 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.309 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→42.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1776	0	3	125	1904

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1702
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.713	1.661	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.573	1.57	3924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.05	5	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.212	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.147	10	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.843	10	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.018	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	407
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	887
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.306	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.106	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.58	4.179	896
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.577	4.178	896
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.641	7.464	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.639	7.471	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.388	4.832	932
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.366	4.828	931
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.043	8.561	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.04	8.565	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.528	52.752	7507
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.541	52.695	7420

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.941-1.991	0.33	81	0.325	1641	0.325	1722	0.93	0.931	100	0.347
1.991-2.046	0.293	85	0.254	1627	0.256	1712	0.949	0.955	100	0.272
2.046-2.105	0.203	78	0.208	1563	0.208	1641	0.974	0.97	100	0.221
2.105-2.169	0.233	60	0.198	1562	0.199	1622	0.961	0.974	100	0.214
2.169-2.24	0.209	86	0.207	1466	0.207	1552	0.971	0.972	100	0.227
2.24-2.319	0.301	70	0.193	1426	0.198	1496	0.939	0.977	100	0.21
2.319-2.406	0.228	75	0.178	1397	0.181	1473	0.963	0.981	99.9321	0.196
2.406-2.504	0.236	65	0.166	1334	0.168	1399	0.972	0.983	100	0.182
2.504-2.615	0.267	66	0.167	1276	0.171	1342	0.954	0.983	100	0.188
2.615-2.742	0.23	70	0.184	1233	0.186	1303	0.967	0.978	100	0.204
2.742-2.889	0.206	65	0.2	1167	0.2	1233	0.974	0.975	99.9189	0.223
2.889-3.064	0.278	75	0.221	1090	0.224	1166	0.958	0.97	99.9142	0.252
3.064-3.274	0.299	51	0.224	1059	0.227	1110	0.944	0.971	100	0.258
3.274-3.535	0.254	62	0.218	977	0.22	1039	0.959	0.976	100	0.247
3.535-3.869	0.233	52	0.186	900	0.189	954	0.969	0.98	99.7904	0.221
3.869-4.322	0.274	46	0.149	810	0.154	857	0.962	0.987	99.8833	0.189
4.322-4.982	0.115	45	0.131	734	0.13	779	0.991	0.99	100	0.179
4.982-6.08	0.233	24	0.152	640	0.155	665	0.982	0.989	99.8496	0.197
6.08-8.511	0.207	28	0.168	497	0.17	530	0.982	0.985	99.0566	0.225
8.511-42.337	0.107	17	0.171	305	0.168	324	0.991	0.979	99.3827	0.216

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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