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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8to9 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of TRNM-f*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer ConC SOSIP | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Antibody / Vaccination / VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Macaca mulatta (アカゲザル) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.03 Å | ||||||
データ登録者 | Roark, R.S. / Morano, N.C. / Shapiro, L.S. / Kwong, P.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Broad and potent HIV-1 neutralization in fusion peptide-primed SHIV-boosted macaques 著者: Wang, H. / Kwong, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8to9.cif.gz | 419 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8to9.ent.gz | 351 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8to9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8to9_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8to9_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8to9_validation.xml.gz | 74.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8to9_validation.cif.gz | 109.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/8to9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/8to9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Envelope glycoprotein ... , 2種, 6分子 ABCIJZ
#1: タンパク質 | 分子量: 52737.102 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: タンパク質 | 分子量: 17174.447 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-抗体 , 2種, 6分子 DEHFGL
#2: 抗体 | 分子量: 13923.301 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 11464.811 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 3種, 60分子
#5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TRNM-f*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer ConC SOSIP タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: PBS |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 58 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 4.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 97698 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 187.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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