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- PDB-8tnv: Hemocyanin Functional Unit CCHB-g of Concholepas concholepas -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tnv
タイトルHemocyanin Functional Unit CCHB-g of Concholepas concholepas
要素Hemocyanin Functional Unit CCHB-g
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Hemocyanin / metalloprotein / copper protein / Concholepas concholepas
機能・相同性BROMIDE ION / CU2-O2 CLUSTER / Chem-PG6
機能・相同性情報
生物種Concholepas concholepas (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Munoz, S. / Vallejos-Baccelliere, G. / Manubens, A. / Salazar, M. / Nascimento, A.F.Z. / Ambrosio, A.L.B. / Becker, M.I. / Guixe, V. / Castro-Fernandez, V.
資金援助 チリ, 4件
組織認可番号国
Comision Nacional Cientifica y Technologica (CONICYT)FAPESP 2019/13318-5 チリ
Comision Nacional Cientifica y Technologica (CONICYT)1191321 チリ
Comision Nacional Cientifica y Technologica (CONICYT)1201200 チリ
Comision Nacional Cientifica y Technologica (CONICYT)EQM 120208 チリ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insights into a functional unit from an immunogenic mollusk hemocyanin.
著者: Munoz, S.M. / Vallejos-Baccelliere, G. / Manubens, A. / Salazar, M.L. / Nascimento, A.F.Z. / Tapia-Reyes, P. / Meneses, C. / Ambrosio, A.L.B. / Becker, M.I. / Guixe, V. / Castro-Fernandez, V.
履歴
登録2023年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemocyanin Functional Unit CCHB-g
B: Hemocyanin Functional Unit CCHB-g
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,61714
ポリマ－90,5702
非ポリマー3,04612
水16,664925
1
A: Hemocyanin Functional Unit CCHB-g
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9236
ポリマ－45,2851
非ポリマー1,6385
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hemocyanin Functional Unit CCHB-g
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6938
ポリマ－45,2851
非ポリマー1,4087
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.682, 103.368, 119.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemocyanin Functional Unit CCHB-g


分子量: 45285.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Concholepas concholepas (無脊椎動物)

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1098.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c6-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 933分子

#4: 化合物 ChemComp-CUO / CU2-O2 CLUSTER / CU-O2-CU LINKAGE


分子量: 159.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2O2
#5: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#6: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 925 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein condition: Protein 3 mg/mL, 20 mM Imidazole-HCl pH 6.0, and 300 mM NaCl. Reservoir condition: 20% w/V PEGMME 2000 and 150 mM KBr.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.9772 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月8日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9772 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→47.41 Å / Num. obs: 149523 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 15.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1226 / Rpim(I) all: 0.03507 / Rrim(I) all: 0.1276 / Net I/σ(I): 14.47
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 1.411 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique obs: 14807 / CC1/2: 0.762 / CC star: 0.93 / Rpim(I) all: 0.3925 / Rrim(I) all: 1.466 / % possible all: 99.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→47.41 Å / SU ML: 0.152 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.317
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 14398 5.01 %
Rwork0.166 --
obs0.169 149416 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→47.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6362 0 176 925 7463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116877
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0769352
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1172574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07991
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111225
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.520.2844890.27329196X-RAY DIFFRACTION100
1.52-1.530.26494870.26829098X-RAY DIFFRACTION100
1.53-1.550.27954480.25239159X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.570.27015110.25159095X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.590.27174640.24289126X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.620.24234910.22399109X-RAY DIFFRACTION100
1.62-1.640.25024650.22249145X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.660.26154810.21849138X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.690.23425000.20749082X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.720.23494740.20299135X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.750.2394480.19759108X-RAY DIFFRACTION99
1.75-1.780.2325190.19689110X-RAY DIFFRACTION99
1.78-1.810.22795050.20419038X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.850.22244600.19549171X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.890.21355450.18869045X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.930.21844840.17559098X-RAY DIFFRACTION99
1.93-1.980.19425290.16729071X-RAY DIFFRACTION99
1.98-2.040.19264480.16339142X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.10.18714650.15949156X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.160.18754990.15789135X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.240.17354520.15719127X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.330.18334470.15269130X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.440.18234410.15449125X-RAY DIFFRACTION99
2.44-2.560.18044610.15529125X-RAY DIFFRACTION99
2.56-2.730.16415050.14969071X-RAY DIFFRACTION99
2.73-2.940.17624660.16269056X-RAY DIFFRACTION99
2.94-3.230.18514440.16389097X-RAY DIFFRACTION99
3.23-3.70.17394810.15159022X-RAY DIFFRACTION99
3.7-4.660.14554810.13188995X-RAY DIFFRACTION98
4.66-47.410.15645080.15869065X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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