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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8tnv | |||||||||||||||
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Title | Hemocyanin Functional Unit CCHB-g of Concholepas concholepas | |||||||||||||||
![]() | Hemocyanin Functional Unit CCHB-g | |||||||||||||||
![]() | OXYGEN TRANSPORT / Hemocyanin / metalloprotein / copper protein / Concholepas concholepas | |||||||||||||||
Function / homology | BROMIDE ION / CU2-O2 CLUSTER / Chem-PG6![]() | |||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Munoz, S. / Vallejos-Baccelliere, G. / Manubens, A. / Salazar, M. / Nascimento, A.F.Z. / Ambrosio, A.L.B. / Becker, M.I. / Guixe, V. / Castro-Fernandez, V. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural insights into a functional unit from an immunogenic mollusk hemocyanin. Authors: Munoz, S.M. / Vallejos-Baccelliere, G. / Manubens, A. / Salazar, M.L. / Nascimento, A.F.Z. / Tapia-Reyes, P. / Meneses, C. / Ambrosio, A.L.B. / Becker, M.I. / Guixe, V. / Castro-Fernandez, V. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 199.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 156.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 39.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 60.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 45285.039 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() |
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-Sugars , 2 types, 4 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#3: Sugar |
-Non-polymers , 5 types, 933 molecules ![](data/chem/img/CUO.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/PG6.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/PG6.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PG4 / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: Protein condition: Protein 3 mg/mL, 20 mM Imidazole-HCl pH 6.0, and 300 mM NaCl. Reservoir condition: 20% w/V PEGMME 2000 and 150 mM KBr. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Dec 8, 2021 |
Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9772 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→47.41 Å / Num. obs: 149523 / % possible obs: 99.92 % / Redundancy: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 15.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1226 / Rpim(I) all: 0.03507 / Rrim(I) all: 0.1276 / Net I/σ(I): 14.47 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.554 Å / Redundancy: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 1.411 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique obs: 14807 / CC1/2: 0.762 / CC star: 0.93 / Rpim(I) all: 0.3925 / Rrim(I) all: 1.466 / % possible all: 99.99 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→47.41 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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