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- PDB-8tns: Solution structure of poly(UG) RNA (GU)12 G-quadruplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tns
タイトルSolution structure of poly(UG) RNA (GU)12 G-quadruplex
要素RNA (5'-R(*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*U)-3')
キーワードRNA / G-quadruplex / p(UG)-fold
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Escobar, C.A. / Petersen, R. / Butcher, S.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Solution Structure of Poly(UG) RNA.
著者: Escobar, C.A. / Petersen, R.J. / Tonelli, M. / Fan, L. / Henzler-Wildman, K.A. / Butcher, S.E.
履歴
登録2023年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7721
ポリマ－7,7721
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*U)-3')


分子量: 7771.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caenorhabditis elegans (センチュウ)

-
実験情報

-
実験

実験
手法
溶液NMR
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic21D 1H
125isotropic21D 31P
135isotropic33D H,H,C NOESY-1H,13C-HSQC sensitivity-enhanced
145isotropic33D H,H,C NOESY-1H,13C-HSQC sensitivity-enhanced CC decoupled
155isotropic32D H,H NOESY-1H,15N-HSQC
165isotropic32D H,N HCN BEST
175isotropic32D 1H-13C HSQC sensitivity-enhanced CC decoupled (H1'-C1' H5-C5)
185isotropic32D 1H-15N HSQC long-range
195isotropic32D 1H-13C HSQC sensitivity-enhanced CC decoupled (H6-C6)
1105isotropic32D 1H-15N HSQC BEST
1116isotropic43D H,H,C NOESY-1H,13C-HSQC sensitivity-enhanced
1126isotropic43D H,H,C NOESY-1H,13C-HSQC sensitivity-enhanced CC decoupled
1136isotropic43D H,H,C 13C-filtered NOESY-1H,13C-HSQC sensitivity-enhanced CC decoupled
1146isotropic33D H,H,C 13C-filtered NOESY-1H,13C-HSQC sensitivity-enhanced
1156isotropic33D (H)CCH-TOCSY
1166isotropic33D (H)CCH-COSY
1176isotropic42D 1H-13C HSQC constant-time
1186isotropic23D HCP sensitivity-enhanced
1193isotropic33D H,H,C NOESY-1H,13C-HSQC sensitivity-enhanced (NOEs to ribose)
1203isotropic33D H,H,C NOESY-1H,13C-HSQC sensitivity-enhanced (NOEs to H8-C8)
1213isotropic32D H,H NOESY-1H,15N-HSQC
1223isotropic42D H,N HCN BEST
1233isotropic42D 1H-13C HSQC sensitivity-enhanced CC decoupled
1243isotropic42D 1H-15N HSQC long-range (H8-N9)
1253isotropic42D 1H-13C HSQC sensitivity-enhanced
1263isotropic42D 1H-15N HSQC BEST
2273isotropic43D H,N,N NOESY-1H,15N-HSQC
2283isotropic42D 1H-15N HSQC BEST
2293isotropic42D 1H-13C HSQC sensitivity-enhanced
2303isotropic42D 1H-13C HSQC constant-time
1314isotropic33D H,H,C NOESY-1H,13C-HSQC sensitivity-enhanced (NOEs to Ribose)
1324isotropic33D H,H,C NOESY-1H,13C-HSQC sensitivity-enhanced (NOEs to H8-C8)
1334isotropic33D H,H,C 13C-filtered NOESY-1H,13C-HSQC sensitivity-enhanced (NOEs to unlabeled H8-C8)
1344isotropic33D H,H,C 13C-filtered NOESY-1H,13C-HSQC sensitivity-enhanced (NOEs to unlabeled Ribose)
1354isotropic33D (H)CCH-TOCSY
1364isotropic33D (H)CCH-COSY
1374isotropic32D 1H-13C HSQC constant-time
1384isotropic23D HCP sensitivity-enhanced
1392isotropic22D 1H-1H NOESY (200 ms mix. time)
1402isotropic22D 1H-1H NOESY (350 ms mix. time)
1412isotropic22D 1H-1H TOCSY
1421isotropic22D 1H-1H NOESY
1437isotropic42D 1H-1H NOESY
1447isotropic42D 1H-1H TOCSY
2457isotropic42D 1H-1H NOESY
2467isotropic42D 1H-1H TOCSY
1478isotropic42D 1H-1H NOESY
1488isotropic42D 1H-1H TOCSY
2498isotropic42D 1H-1H NOESY
2508isotropic42D 1H-1H TOCSY
1519isotropic42D 1H-1H NOESY
1529isotropic42D 1H-1H TOCSY
2539isotropic42D 1H-1H NOESY
2549isotropic32D 1H-1H TOCSY
15510isotropic42D 1H-1H NOESY
15610isotropic42D 1H-1H TOCSY
25710isotropic42D 1H-1H NOESY
25810isotropic42D 1H-1H TOCSY
15911isotropic12D 1H-1H NOESY
26011isotropic12D 1H-1H NOESY
16112isotropic12D 1H-1H NOESY
26212isotropic12D 1H-1H NOESY
16313isotropic22D 1H-1H NOESY
1644isotropic32D 1H-13C HSQC sensitivity-enhanced CC decoupled
1656isotropic32D 1H-13C HSQC sensitivity-enhanced CC decoupled
1663isotropic42D 1H-15N HSQC long-range (H8-N7)
1675isotropic12D 13C-15N CON (C2-N1)
1685isotropic12D 13C-15N CON (C2-N3)
1695isotropic12D 1H-13C HN(CA)CO (H3-C2)
17014anisotropic32D ARTSY
17115anisotropic32D ARTSY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution1400 uM (GU)12, 50 mM HEPES, 150 mM potassium chloride, 20 uM DSS, 10 % [U-2H] D2O, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O(GU)12, H2O90% H2O/10% D2O
solution2400 uM (GU)12, 50 mM HEPES, 150 mM potassium chloride, 20 uM DSS, 100 % [U-2H] D2O, 100% D2O(GU)12, D2O100% D2O
solution3350 uM [U-13C; U-15N]-Gua (GU)12, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 20 uM DSS, 10 % [U-2H] D2O, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2OG-(GU)12, H2O90% H2O/10% D2O13C-15N G labeled (GU)12 RNA
solution4350 uM [U-13C; U-15N]-Gua (GU)12, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 20 uM DSS, 100 % [U-2H] D2O, 100% D2OG-(GU)12, D2O100% D2O13C-15N G labeled (GU)12 RNA
solution5200 uM [U-13C; U-15N]-Ura (GU)12, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 20 uM DSS, 10 % [U-2H] D2O, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2OU-(GU)12, H2O90% H2O/10% D2O13C-15N U labeled (GU)12 RNA
solution6200 uM [U-13C; U-15N]-Ura (GU)12, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 20 uM DSS, 100 % [U-2H] D2O, 100% D2OU-(GU)12, D2O100% D2O13C-15N U labeled (GU)12 RNA
solution7500 uM (GU)11.5, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 20 uM DSS, 100 % [U-2H] D2O, 100% D2O(GU)11.5100% D2Osequence GUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUG
solution8350 uM (GU)12-dG1, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 20 uM DSS, 100 % [U-2H] D2O, 100% D2OdG1100% D2O(GU)12 RNA with a deoxyribose substitution at position 1
solution9770 uM (GU)12-dU2, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 20 uM DSS, 100 % [U-2H] D2O, 100% D2OdU2100% D2O(GU)12 RNA with a deoxyribose substitution at position 2
solution10380 uM (GU)12-dG3, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 20 uM DSS, 100 % [U-2H] D2O, 100% D2OdG3100% D2O(GU)12 RNA with a deoxyribose substitution at position 3
solution11270 uM (GU)12-dU4, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 20 uM DSS, 100 % [U-2H] D2O, 100% D2OdU4100% D2O(GU)12 RNA with a deoxyribose substitution at position 4
solution12190 uM (GU)12-dG5, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 20 uM DSS, 100 % [U-2H] D2O, 100% D2OdG5100% D2O(GU)12 RNA with a deoxyribose substitution at position 5
solution13210 uM (GU)12-dU6, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 20 uM DSS, 100 % [U-2H] D2O, 100% D2OdU6100% D2O(GU)12 RNA with a deoxyribose substitution at position 6
filamentous virus14120 uM [U-13C; U-15N]-Gua (GU)12, 21 mM potassium phosphate, 60 mM potassium chloride, 0.02 % sodium azide, 0.8 mM magnesium chloride, 20 mg/mL Pf1 phage, 50 % H2O, 50 % [U-2H] D2O, 50% H2O/50% D2OG-(GU)12-Phage50% H2O/50% D2O(GU)12 RNA sample for RDC collection
filamentous virus1570 uM [U-13C; U-15N]-Ura (GU)12, 21 mM potassium phosphate, 60 mM potassium chloride, 0.02 uM sodium azide, 0.8 uM magnesium chloride, 20 uM Pf1 phage, 50 % H2O, 50 % [U-2H] D2O, 50% H2O/50% D2OU-(GU)12-Phage50% H2O/50% D2O(GU)12 RNA sample for RDC collection
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uM(GU)12natural abundance1
50 mMHEPESnatural abundance1
150 mMpotassium chloridenatural abundance1
20 uMDSSnatural abundance1
10 %D2O[U-2H]1
90 %H2Onatural abundance1
400 uM(GU)12natural abundance2
50 mMHEPESnatural abundance2
150 mMpotassium chloridenatural abundance2
20 uMDSSnatural abundance2
100 %D2O[U-2H]2
350 uM(GU)12[U-13C; U-15N]-Gua3
20 mMpotassium phosphatenatural abundance3
100 mMpotassium chloridenatural abundance3
20 uMDSSnatural abundance3
10 %D2O[U-2H]3
90 %H2Onatural abundance3
350 uM(GU)12[U-13C; U-15N]-Gua4
20 mMpotassium phosphatenatural abundance4
100 mMpotassium chloridenatural abundance4
20 uMDSSnatural abundance4
100 %D2O[U-2H]4
200 uM(GU)12[U-13C; U-15N]-Ura5
20 mMpotassium phosphatenatural abundance5
100 mMpotassium chloridenatural abundance5
20 uMDSSnatural abundance5
10 %D2O[U-2H]5
90 %H2Onatural abundance5
200 uM(GU)12[U-13C; U-15N]-Ura6
20 mMpotassium phosphatenatural abundance6
100 mMpotassium chloridenatural abundance6
20 uMDSSnatural abundance6
100 %D2O[U-2H]6
500 uM(GU)11.5natural abundance7
20 mMpotassium phosphatenatural abundance7
100 mMpotassium chloridenatural abundance7
20 uMDSSnatural abundance7
100 %D2O[U-2H]7
350 uM(GU)12-dG1natural abundance8
20 mMpotassium phosphatenatural abundance8
100 mMpotassium chloridenatural abundance8
20 uMDSSnatural abundance8
100 %D2O[U-2H]8
770 uM(GU)12-dU2natural abundance9
20 mMpotassium phosphatenatural abundance9
100 mMpotassium chloridenatural abundance9
20 uMDSSnatural abundance9
100 %D2O[U-2H]9
380 uM(GU)12-dG3natural abundance10
20 mMpotassium phosphatenatural abundance10
100 mMpotassium chloridenatural abundance10
20 uMDSSnatural abundance10
100 %D2O[U-2H]10
270 uM(GU)12-dU4natural abundance11
20 mMpotassium phosphatenatural abundance11
100 mMpotassium chloridenatural abundance11
20 uMDSSnatural abundance11
100 %D2O[U-2H]11
190 uM(GU)12-dG5natural abundance12
20 mMpotassium phosphatenatural abundance12
100 mMpotassium chloridenatural abundance12
20 uMDSSnatural abundance12
100 %D2O[U-2H]12
210 uM(GU)12-dU6natural abundance13
20 mMpotassium phosphatenatural abundance13
100 mMpotassium chloridenatural abundance13
20 uMDSSnatural abundance13
100 %D2O[U-2H]13
120 uM(GU)12[U-13C; U-15N]-Gua14
21 mMpotassium phosphatenatural abundance14
60 mMpotassium chloridenatural abundance14
0.02 %sodium azidenatural abundance14
0.8 mMmagnesium chloridenatural abundance14
20 mg/mLPf1 phagenatural abundance14
50 %H2Onatural abundance14
50 %D2O[U-2H]14
70 uM(GU)12[U-13C; U-15N]-Ura15
21 mMpotassium phosphatenatural abundance15
60 mMpotassium chloridenatural abundance15
0.02 uMsodium azidenatural abundance15
0.8 uMmagnesium chloridenatural abundance15
20 uMPf1 phagenatural abundance15
50 %H2Onatural abundance15
50 %D2O[U-2H]15
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mMStandard conditions7.0 1 atm293 K
2100 mMLow temperature7.0 1 atm276 K

-
データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7501
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002
Varian VNMRS DDVarianVNMRS DD6003
Varian VNMRS DDVarianVNMRS DD8004
Soln scatterタイプ: x-ray / Buffer name: HEPES / Conc. range: 0.26-1.6 / Data analysis software list: ATSAS / Data reduction software list: IN-HOUSE SOFTWARE / 検出器タイプ: PILATUS 2M AND PILATUS 300K / Mean guiner radius: 1.3 nm / Mean guiner radius esd: 0.007 nm / Num. of time frames: 60 / Protein length: 4.7 / Sample pH: 7 / Source beamline: APS / Source beamline instrument: 12-ID-B / Source class: Y / Source type: ADVANCE PHOTON SOURCE / 温度: 295 K

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ4.2 revision AAgilentcollection
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
MestreLab (Mnova / MestReNova / MestReC)14.3.1-31739Mestrelab Researchデータ解析
NMRFAM-SPARKY1.47NMRFAMpeak picking
NMRFAM-SPARKY1.47NMRFAMchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 8 / 詳細: SAXS and RDC were used during refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20
Soln scatter model手法: HIGH TEMPERATURE DYNAMICS AT 3000 K, FOLLOWED BY SUMULATED ANNEALING FROM 3000 K TO 25 K AND A FINAL ENERGY MINIMIZATION STEP.
コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
詳細: STARTING MODEL WAS BEST MODEL OBTAINED AFTER CALCULATIONS WITHOUT RDC AND SCATTERING DATA.
Num. of conformers calculated: 100 / Num. of conformers submitted: 20 / 代表コンフォーマー: 1 / Software author list: SCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJANDRA, CLORE / Software list: X-PLOR_NIH

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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