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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tnk | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the T252E mutant of CYP199A4 bound to 4-benzylbenzoic acid | ||||||
要素 | Cytochrome P450 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / peroxygenase mutant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris HaA2 (光合成細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å | ||||||
データ登録者 | Podgorski, M.N. / Bell, S.G. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2023 タイトル: Characterisation of the heme aqua-ligand coordination environment in an engineered peroxygenase cytochrome P450 variant. 著者: Podgorski, M.N. / Lee, J.H.Z. / Harbort, J.S. / Nguyen, G.T.H. / Doherty, D.Z. / Donald, W.A. / Harmer, J.R. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tnk.cif.gz | 106.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tnk.ent.gz | 76.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tnk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tnk_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tnk_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8tnk_validation.xml.gz | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tnk_validation.cif.gz | 31.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/8tnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/8tnk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tawC 8tayC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44615.438 Da / 分子数: 1 / 変異: T252E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris HaA2 (光合成細菌) 遺伝子: RPB_3613 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2IU02 |
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#2: 化合物 | ChemComp-IRJ / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.17 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: The crystallization conditions used were those optimized for CYP199A4 previously: 100 mM Bis-Tris buffer (adjusted to pH 5.0-5.75 with acetic acid), 0.2 M magnesium acetate and 20-32% PEG 3350. PH範囲: 5.0-5.75 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月15日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) liquid nitrogen cooled (DC) or channel-cut Si(111) liquid nitrogen cooled (CC) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95373 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→44.153 Å / Num. obs: 33558 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.183 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.83 Å / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 1.294 / Num. measured all: 10347 / Num. unique obs: 1818 / CC1/2: 0.312 / Rpim(I) all: 0.597 / Rrim(I) all: 1.431 / Χ2: 0.82 / Net I/σ(I) obs: 2.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→44.153 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.42 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→44.153 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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