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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tnf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of sulfohexulose-1-phosphate aldolase from Paracoccus onubensis strain Merri | ||||||
要素 | DUF2090 domain-containing protein | ||||||
キーワード | LYASE / sulfohexulose-1-phosphate aldolase | ||||||
機能・相同性 | : / 6-deoxy-6-sulfofructose-1-phosphate aldolase activity / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase-type TIM barrel / DUF2090 domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Paracoccus onubensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, M. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A patchwork pathway for catabolism degradation of the sulfosugar sulfofucose 著者: Li, J. / Lee, M. / Yang, S. / Lewis, J.M. / Herisse, M. / Pidot, S.J. / Scott, N.E. / Williams, S.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tnf.cif.gz | 508.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tnf.ent.gz | 419.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tnf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tnf_validation.pdf.gz | 510.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tnf_full_validation.pdf.gz | 538.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8tnf_validation.xml.gz | 90.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tnf_validation.cif.gz | 125.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/8tnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/8tnf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40151.359 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paracoccus onubensis (バクテリア) 株: Merrie / 遺伝子: D3P04_00185 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A418T8G4 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.2 M L-proline, 14-18% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→47.98 Å / Num. obs: 121327 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 4.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 5943 / CC1/2: 0.538 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→47.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU R Cruickshank DPI: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.412 / SU Rfree Blow DPI: 0.284 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.295
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原子変位パラメータ | Biso mean: 52.59 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.52 Å
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