+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tn8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the murine astrovirus capsid spike at 1.75 A | ||||||
![]() | Capsid polyprotein VP90 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / capsid / spike / attachment / homodimer | ||||||
機能・相同性 | Capsid, astroviral / Astrovirus capsid protein nucleoplasmin-like domain / Viral coat protein subunit / : / Capsid polyprotein VP90![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lanning, S. / DuBois, R.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and immunogenicity of the murine astrovirus capsid spike. 著者: Lanning, S. / Pedicino, N. / Haley, D.J. / Hernandez, S. / Cortez, V. / DuBois, R.M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 249.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 178.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 436.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
---|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29257.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.11 % / 解説: Small rod shaped crystal |
---|---|
結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Potassium formate, PEG 3350 / PH範囲: 7.3-8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→43.76 Å / Num. obs: 46845 / % possible obs: 94.79 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 19.93 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2226 / CC1/2: 0.936 / % possible all: 92.52 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.75 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|