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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tn0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of KPC-44 carbapenemase w/o cryoprotectant | ||||||
要素 | beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / KPC carbapenemase / ceftazidime-avibactam resistance | ||||||
機能・相同性 | Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / beta-lactam antibiotic catabolic process / Beta-lactamase/transpeptidase-like / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / beta-lactamase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.31 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, Z. / Palzkill, T. / Hu, L. / Lin, H. / Sankaran, B. / Wang, J. / Prasad, B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023 タイトル: Klebsiella pneumoniae carbapenemase variant 44 acquires ceftazidime-avibactam resistance by altering the conformation of active-site loops. 著者: Sun, Z. / Lin, H. / Hu, L. / Neetu, N. / Sankaran, B. / Wang, J. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tn0.cif.gz | 150.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tn0.ent.gz | 97.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tn0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tn0_validation.pdf.gz | 435 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tn0_full_validation.pdf.gz | 436.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8tn0_validation.xml.gz | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tn0_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/8tn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/8tn0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tjmC 8tmrC 8tmtC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30035.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaKPC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle / 参照: UniProt: A0A4Y5JTU1, beta-lactamase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.24 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M phosphate-citrate, pH 4.0-4.4, and 22-24% (w/v) PEG 1000 PH範囲: 4.0 - 4.4 / Temp details: 25oC |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999983 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999983 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.31→35 Å / Num. obs: 61867 / % possible obs: 97.18 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 13.85 Å2 / CC1/2: 0.952 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.31→1.36 Å / Num. unique obs: 4503 / CC1/2: 0.736 / % possible all: 73.57 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.31→33.26 Å / SU ML: 0.1098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.2469 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.31→33.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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