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- PDB-8tms: Crystal structure of bacterial pectin methylesterase PmeC2 from r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tms
タイトルCrystal structure of bacterial pectin methylesterase PmeC2 from rumen Butyrivibrio
要素Pectinesterase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Pectin methylesterase / Butyrivibrio / rumen / pectin / methanol / methane
機能・相同性
機能・相同性情報


pectinesterase / pectinesterase activity / : / cell wall modification / pectin catabolic process
類似検索 - 分子機能
Pectinesterase, Asp active site / Pectinesterase signature 2. / Pectinesterase, catalytic / Pectinesterase / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Butyrivibrio fibrisolvens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Carbone, V. / Reilly, K. / Sang, C. / Schofield, L. / Ronimus, R. / Kelly, W.J. / Attwood, G.T. / Palevich, N.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Other governmentIF_AgR_Methanol ニュージーランド
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Crystal Structures of Bacterial Pectin Methylesterases Pme8A and PmeC2 from Rumen Butyrivibrio .
著者: Carbone, V. / Reilly, K. / Sang, C. / Schofield, L.R. / Ronimus, R.S. / Kelly, W.J. / Attwood, G.T. / Palevich, N.
履歴
登録2023年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pectinesterase
B: Pectinesterase
C: Pectinesterase
D: Pectinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,80123
ポリマ－137,6754
非ポリマー1,12619
水6,017334
1
A: Pectinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7657
ポリマ－34,4191
非ポリマー3466
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pectinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6405
ポリマ－34,4191
非ポリマー2224
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Pectinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8538
ポリマ－34,4191
非ポリマー4347
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Pectinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5433
ポリマ－34,4191
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.638, 76.282, 96.779
Angle α, β, γ (deg.)98.36, 104.16, 90.05
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Pectinesterase


分子量: 34418.730 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Butyrivibrio fibrisolvens (バクテリア)
遺伝子: SAMN02745229_01989 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1M5Z711
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 20 % w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.2 Å / Num. obs: 56000 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.173 / Χ2: 0.49 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.404 / Num. measured all: 16208 / Num. unique obs: 4465 / CC1/2: 0.349 / Rpim(I) all: 0.842 / Rrim(I) all: 1.639 / Χ2: 0.47 / Net I/σ(I) obs: 0.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0411精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→47.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 24.799 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.391 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24013 2790 5 %RANDOM
Rwork0.20448 ---
obs0.20625 53208 95.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.514 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.12 Å2-0.31 Å2-0.54 Å2
2--1.18 Å2-0.28 Å2
3---1.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→47.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9128 0 70 334 9532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0129454
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0168692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2981.65812753
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4541.57820085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.62351162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.79563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.824101584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022239
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5612.14621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.562.14621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6033.7695774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6023.7695775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6522.2674833
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6522.2674834
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7634.0986974
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.04320.2810109
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.02820.1810069
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.305→2.364 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 216 -
Rwork0.334 3747 -
obs--91.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.03470.2254-0.22021.8081-0.00641.46230.0156-0.05430.16660.2373-0.03890.1045-0.0428-0.09580.02340.1990.00290.08620.0086-0.0050.04780.642-0.0091.214
22.117-0.5366-0.44111.52890.32481.42420.06010.12960.4013-0.2329-0.0774-0.0414-0.07690.03590.01740.1988-0.04490.08450.0439-0.01150.138615.66738.145-38.809
32.0155-0.3620.13182.2901-0.57811.98710.0690.1793-0.2916-0.5041-0.11960.30750.29290.0240.05070.3375-0.0140.06260.0459-0.07210.155810.4847.572-40.048
41.57070.43160.21051.81760.86371.89940.053-0.1697-0.49160.3872-0.043-0.10390.3145-0.0612-0.010.3203-0.00590.11080.03070.03430.24875.808-30.562.579
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-4 - 283
2X-RAY DIFFRACTION2B-4 - 283
3X-RAY DIFFRACTION3C-4 - 283
4X-RAY DIFFRACTION4D-4 - 283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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