PDB-8tm9: Computationally designed tunable C2 symmetric tandem repeat homod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tm9

タイトル

Computationally designed tunable C2 symmetric tandem repeat homodimer, D_3_633_8x bound to peptide

要素

D_3_633_8x peptide bound
MC1

キーワード

DE NOVO PROTEIN / homodimer / de novo / designed / cTRP / computational / C2 symmetric / circular tandem repeat protein / cyclic peptide

機能・相同性

N-PROPANOL / polypeptide(D)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Kennedy, M.A. / Stoddard, B.L. / Hicks, D.R.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, United States)	DGE-1762114	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM115545	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM139752	米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	R01AG063845	米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	U19AG065156	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Computationally designed tunable C2 symmetric tandem repeat homodimer, D_3_633_8x bound to peptide
著者: Kennedy, M.A. / Stoddard, B.L. / Hicks, D.R.

履歴

登録	2023年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tm9.cif.gz	193.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tm9.ent.gz	152.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tm9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/8tm9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/8tm9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

登録構造単位

A: D_3_633_8x peptide bound

B: D_3_633_8x peptide bound

D: MC1

ヘテロ分子

55.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, Size-exclusion chromatography

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.717, 54.562, 80.478
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	D_3_633_8x peptide bound 分子量: 27075.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: Polypeptide(D)	MC1 分子量: 931.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-POL / N-PROPANOL / 1-PROPONOL / プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.6M ammonium sulfate, 4% 2-Propanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.977 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 29565 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 0.576 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 185861

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.05-2.09	4.8	0.42	1449	0.943	0.985	0.199	0.467	0.42	97.6
2.09-2.12	5.1	0.386	1419	0.942	0.985	0.178	0.426	0.436	98
2.12-2.16	5.3	0.391	1493	0.93	0.982	0.181	0.433	0.453	99.5
2.16-2.21	5.5	0.327	1464	0.953	0.988	0.15	0.36	0.477	98.9
2.21-2.26	5.6	0.302	1465	0.955	0.989	0.139	0.333	0.468	99.8
2.26-2.31	6.1	0.287	1448	0.965	0.991	0.125	0.314	0.46	99.3
2.31-2.37	6	0.274	1493	0.967	0.991	0.121	0.3	0.477	99.5
2.37-2.43	6.5	0.242	1453	0.978	0.994	0.101	0.262	0.482	99.8
2.43-2.5	6.7	0.237	1473	0.981	0.995	0.097	0.256	0.486	99.5
2.5-2.58	6.7	0.217	1471	0.982	0.996	0.09	0.235	0.517	100
2.58-2.68	6.6	0.199	1474	0.987	0.997	0.084	0.217	0.515	99.8
2.68-2.78	6.6	0.163	1478	0.99	0.997	0.068	0.177	0.523	99.9
2.78-2.91	6.7	0.131	1475	0.994	0.998	0.054	0.142	0.548	99.9
2.91-3.06	6.9	0.11	1484	0.995	0.999	0.045	0.119	0.553	99.9
3.06-3.25	6.9	0.088	1480	0.997	0.999	0.036	0.095	0.609	99.9
3.25-3.51	6.6	0.071	1491	0.997	0.999	0.03	0.077	0.642	100
3.51-3.86	6.7	0.058	1506	0.997	0.999	0.024	0.063	0.692	100
3.86-4.42	7	0.049	1477	0.998	0.999	0.02	0.053	0.768	100
4.42-5.56	6.6	0.046	1509	0.998	1	0.02	0.05	0.806	100
5.56-50	6.6	0.047	1563	0.999	1	0.02	0.051	0.96	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20rc1_4392: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	1.2	位相決定
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→47.4 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2484	1987	6.77 %
R_work	0.2096	-	-
obs	0.2122	29347	98.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→47.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3443	0	93	97	3633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3578
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.477	4841
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.326	515
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	592
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	600

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.1	0.3006	133	0.2684	1820	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1-2.16	0.279	132	0.2413	1884	X-RAY DIFFRACTION	98
2.16-2.22	0.3038	142	0.2223	1934	X-RAY DIFFRACTION	98
2.22-2.3	0.2759	142	0.2183	1942	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3-2.38	0.2604	144	0.226	1968	X-RAY DIFFRACTION	99
2.38-2.47	0.29	139	0.2246	1921	X-RAY DIFFRACTION	99
2.47-2.59	0.2792	143	0.227	1963	X-RAY DIFFRACTION	99
2.59-2.72	0.3167	142	0.2401	1956	X-RAY DIFFRACTION	99
2.72-2.89	0.2738	143	0.2248	1968	X-RAY DIFFRACTION	99
2.89-3.12	0.256	143	0.2213	1963	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.43	0.2704	144	0.2215	1990	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.92	0.2101	145	0.1894	1999	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.94	0.2037	146	0.1817	2003	X-RAY DIFFRACTION	100
4.95-47.4	0.2397	149	0.203	2049	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 10.4471 Å / Origin y: 3.8478 Å / Origin z: 22.1749 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1939 Å²	0.0194 Å²	0.0132 Å²	-	0.2002 Å²	0.0059 Å²	-	-	0.2977 Å²
L	1.3245 °²	0.2345 °²	-0.4312 °²	-	0.4627 °²	-0.2173 °²	-	-	1.1892 °²
S	0.0247 Å °	0.1106 Å °	0.135 Å °	-0.0486 Å °	-0.0291 Å °	0.0476 Å °	-0.115 Å °	0.0192 Å °	0.0026 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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