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- PDB-8tlx: Crystal structure of MBP and AF9 AHD fusion protein 3AQA in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tlx
タイトルCrystal structure of MBP and AF9 AHD fusion protein 3AQA in complex with peptidomimetic inhibitor 21a
要素
  • MBP and AF9 AHD fusion protein 3AQA
  • peptidomimetic inhibitor 21a
キーワードTRANSLATION / MLL fusion Super elongation complex (SEC) acute lymphoblastic leukemia acute myeloid leukemia
機能・相同性
機能・相同性情報


modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity ...modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / hematopoietic stem cell differentiation / maltodextrin transmembrane transport / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transcription elongation factor complex / : / cell chemotaxis / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / chromosome / outer membrane-bounded periplasmic space / gene expression / molecular adaptor activity / histone binding / periplasmic space / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. ...AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Protein AF-9
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.097 Å
データ登録者Yang, Y. / Nikolovska-Coleska, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Structural studies of intrinsically disordered MLL-fusion protein AF9 in complex with peptidomimetic inhibitors.
著者: Yang, Y. / Ahmad, E. / Premkumar, V. / Liu, A. / Ashikur Rahman, S.M. / Nikolovska-Coleska, Z.
履歴
登録2023年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年9月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_poly_seq_scheme ...atom_site / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num ..._atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MBP and AF9 AHD fusion protein 3AQA
B: peptidomimetic inhibitor 21a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3126
ポリマ－49,6932
非ポリマー6194
水6,377354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.101, 76.101, 172.183
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 MBP and AF9 AHD fusion protein 3AQA


分子量: 48890.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, MLLT3, AF9, YEATS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: P42568
#2: タンパク質・ペプチド peptidomimetic inhibitor 21a


分子量: 803.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20-30% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12704 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12704 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.097→200 Å / Num. obs: 30466 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.1411.10.65915060.8990.9730.2040.6910.578100
2.14-2.1811.80.58414820.910.9760.1750.610.605100
2.18-2.2212.30.52814870.9280.9810.1540.5510.624100
2.22-2.2612.30.46914960.9440.9850.1360.4890.665100
2.26-2.3112.20.41815140.9490.9870.1210.4360.679100
2.31-2.3712.10.36614830.9650.9910.1060.3820.73999.9
2.37-2.4211.90.3214830.970.9920.0940.3340.80399.8
2.42-2.4911.70.28715120.9680.9920.0850.30.88399.7
2.49-2.5611.30.25714990.9750.9940.0770.2690.91999.7
2.56-2.6511.10.23115070.980.9950.070.2421.036100
2.65-2.7410.60.1915170.9840.9960.0590.1991.173100
2.74-2.859.40.16915110.9830.9960.0560.1791.30299.8
2.85-2.989.20.14115120.9890.9970.0480.151.43599.8
2.98-3.1411.10.12315220.9920.9980.0380.1291.284100
3.14-3.3310.80.10715390.9950.9990.0330.1121.33599.8
3.33-3.5910.40.08915300.9950.9990.0280.0941.52499.6
3.59-3.9510.10.07615380.9960.9990.0250.081.52599.5
3.95-4.529.50.06615550.9970.9990.0220.071.5198.9
4.52-5.78.40.05515620.9970.9990.020.0591.19898.1
5.7-20012.50.04117110.99910.0120.0430.97598.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (17-FEB-2023)精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.097→45.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.225 / SU Rfree Blow DPI: 0.177 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.17
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2268 3070 10.1 %RANDOM
Rwork0.1893 ---
obs0.1931 30402 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.668 Å20 Å20 Å2
2--2.668 Å20 Å2
3----5.3361 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.097→45.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3376 0 98 354 3828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083592HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.924896HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1251SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes617HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3592HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.13
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.25
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion485SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3379SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.11 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3036 -8.05 %
Rwork0.2329 560 -
all0.2387 609 -
obs--94.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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