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- PDB-8tlk: CDCA7 (Human) Binds Non-B-form 32-mer DNA oligo Containing a 5mC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tlk
タイトルCDCA7 (Human) Binds Non-B-form 32-mer DNA oligo Containing a 5mC
要素
  • Cell division cycle-associated protein 7
  • DNA (32-MER)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN / zinc fingers / chromatin architecture / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell population proliferation / apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1 / CDCA7/CDA7L / Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Cell division cycle-associated protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Horton, J.R. / Ren, R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160029 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: The ICF syndrome protein CDCA7 harbors a unique DNA-binding domain that recognizes a CpG dyad in the context of a non-B DNA.
著者: Hardikar, S. / Ren, R. / Ying, Z. / Horton, J.R. / Bramble, M.D. / Liu, B. / Lu, Y. / Liu, B. / Dan, J. / Zhang, X. / Cheng, X. / Chen, T.
履歴
登録2023年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division cycle-associated protein 7
X: DNA (32-MER)
B: Cell division cycle-associated protein 7
C: DNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,29115
ポリマ－52,5664
非ポリマー72511
水1,17165
1
A: Cell division cycle-associated protein 7
X: DNA (32-MER)
ヘテロ分子

A: Cell division cycle-associated protein 7
X: DNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,31516
ポリマ－52,5664
非ポリマー74912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area11060 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
2
B: Cell division cycle-associated protein 7
C: DNA (32-MER)
ヘテロ分子

B: Cell division cycle-associated protein 7
C: DNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,26714
ポリマ－52,5664
非ポリマー70110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area10160 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.479, 31.538, 94.566
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABXC

#1: タンパク質 Cell division cycle-associated protein 7 / Protein JPO1


分子量: 16418.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDCA7, JPO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-codon-plus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9BWT1
#2: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9864.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro SELEX screening / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 5種, 76分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH6.0, 25%PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→43.06 Å / Num. obs: 8135 / % possible obs: 79.7 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 37.52 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.99→3.09 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 772 / CC1/2: 0.777 / Rpim(I) all: 0.333 / % possible all: 75.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.99→43.06 Å / SU ML: 0.4844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1596
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3018 400 5 %
Rwork0.2426 7604 -
obs0.2454 8004 78.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→43.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1613 1308 27 65 3013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00263136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48664517
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0325492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048374
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.09321288
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.99-3.420.36141250.29462387X-RAY DIFFRACTION74.94
3.42-4.310.35041310.28892497X-RAY DIFFRACTION78.03
4.31-43.060.22311440.17682720X-RAY DIFFRACTION81.46
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.49002885507-1.903267504471.065116519332.46771891358-1.7424360813.996113477720.10169847042-0.1378467836210.220358475111-0.7814918748470.976768716871-0.307712803963-0.3520538486020.0650573467858-0.828039028530.603977087734-0.1580149733260.03510316915040.5846043714-0.1611350276860.380318692834-9.822-3.99512.158
22.889877538980.197841237614-0.1966813076223.087771570680.5604772575961.996054093640.500476627233-0.1720975809910.1681931508260.02911554311060.366796916627-0.0710133926729-0.9180160957050.531490135518-0.8760918513760.4045291423060.09690070549340.06512257345590.569029126021-0.1630899594750.648599005469-24.773-5.7219.311
31.445270159790.6838459881513.28371959095.17102324271.682350815217.452804878370.6932949093230.2335690130230.0715872819970.6300036946430.316667087326-0.2517369257560.164774157059-0.89593047489-0.8569371890010.216556777995-0.0507325005213-0.04225000786940.5158571113180.0962552490950.533759759507-31.222-11.4244.014
41.15270259276-0.0368428078466-0.4796956777261.21252833445-0.226113953470.8395899591790.098255195750.0243678880676-0.4259485652750.081205649366-0.2911532798840.6676881373140.0849356390725-0.06040213833050.104259514380.2145556444750.007034355863640.04076718582620.275031729188-0.09855046871840.669394746753-20.919-5.9443.515
54.82948031030.3978369326810.5710214097152.173899060370.2144941736240.941144725628-0.380874911129-0.127956536945-1.136351330750.01464661195830.45093324672-0.1588310748090.1768427056570.126229288505-0.07980173990730.3931781877010.0172649303244-0.0646423312410.239394524269-0.03164926390540.449078674699-17.377-14.85910.618
65.02594419814-1.74917810692-0.1894464781492.642508088940.5890698609880.143769394594-0.433701792428-1.28989233674-0.3398271449960.8949195211290.165304708067-0.1731900611480.466369549396-0.129827449170.1631399059880.5047664532790.03399959389770.2669725803540.518332843116-0.02432137929010.560428127638-13.159-16.87615.469
77.272771078320.4044664820165.178239338823.422948895862.07377178645.729314114110.4162614488240.681348794108-1.2280521696-0.1711141145230.133273217691.836827830850.2145869452710.412139599102-0.1052460436610.3807622966030.0197492895746-0.01700077800380.282956525197-0.03603602305370.820876084743-11.462-19.5380.926
83.22428690683-2.2040350576-3.36682862422.098791763531.056484425576.220918027940.45973807967-1.095414924470.3277177130320.7338691897621.0663371529-0.711367933840.3545819123551.26188197847-0.8150185598520.7054318283720.138985916943-0.4289719045750.8914448167430.1002541254371.3710454339235.967-22.5697.981
92.13750917591-0.525141435826-0.8307992040291.30623667962-0.1558404897850.3916080917650.06843686090540.07039094618140.076535861478-0.23367244435-0.0008722532613760.1921294935020.155662311652-0.180297858056-0.07191442765280.31461567031-0.0543621728871-0.05505811993410.5646715024730.1883538942530.334564314366-11.715-14.262-2.82
102.265943017920.229055919256-2.133363378322.243887675230.2661103031332.878348639980.263422097493-0.2754378596460.38235197210.1868853222680.537599328163-0.0419429124678-1.302281061070.0120467695811-0.7733039386550.4396687098760.0887029300278-0.02917148669820.371267322071-0.04577516378650.662226401967-8.138.66332.808
111.653674839560.3053830351340.9481136211970.2015348852330.2662172898880.61432006143-0.22417415590.07082371863770.536982021136-0.0819573797191-0.107395613194-0.0530828740052-0.1129228696180.1233874010590.03412190609160.566999603528-0.360482287770.2687712474980.592465583696-0.005450960352950.4711318808196.3066.68523.235
124.62338352266-0.6106934474391.927199302272.939735680630.694624958388.7070586767-0.19603990358-0.5655910203350.598593528597-0.7538521406640.201254046058-0.0280282724774-0.1464579999630.1459078197520.01740152410580.341811780647-0.148594620438-0.05864670656890.329983011492-0.1080396039640.5134257058714.2580.87737.953
131.260340865650.6243062151320.1005252303242.70964857729-1.36347652711.5915517121-0.35501537742-0.2315188752710.5718805919050.408925834830.197858333374-0.206408460468-0.399631124595-0.07749687426560.1215639763430.3506432651640.00994819579131-0.06165407555230.199525673420.03375600926960.5368860708484.4666.71741.529
141.62077847832-0.8970335085361.34807199931.45517602085-0.4112373114213.07214533978-0.1765335223190.2101877750890.349237897272-0.487629552398-0.2162518852270.4300597642410.01232851167890.3942099963940.3274439721390.2852804743530.0390018176826-0.06340626269350.1784885188690.03691089744110.4776770289340.865-0.69133.395
150.2529588844550.04853696863970.2730501118510.2872076671710.09654525295530.293300638904-0.2992196759350.1492901474340.205224971187-0.21921584869-0.1270197418020.1529847945650.0955260301462-0.1619522285530.1499432563570.26445074396-0.270229120375-0.1093342155360.4122194180050.0789798664510.313928029643-4.676-4.78428.347
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203.867301006930.7465780324344.856073395790.14378527550.9322432474336.084628874680.231184417191-1.27083744036-1.177874717950.9629006825680.75472133262-2.201157742620.8700424077680.918116743647-0.8309467217740.6809731252930.238802852512-0.2176135643540.9699513967790.1000335616921.3610494598619.196-14.28555.353
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 233:241 )B233 - 241
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 242:252 )B242 - 252
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 253:259 )B253 - 259
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 260:284 )B260 - 284
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 285:313 )B285 - 313
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 314:324 )B314 - 324
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 325:333 )B325 - 333
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 3:12 )C3 - 12
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 13:34 )C13 - 34
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 232:241 )A232 - 241
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 242:252 )A242 - 252
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 253:259 )A253 - 259
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 260:274 )A260 - 274
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 275:313 )A275 - 313
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN A AND RESID 314:324 )A314 - 324
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN A AND RESID 325:335 )A325 - 335
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN X AND RESID 3:7 )X3 - 7
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN X AND RESID 8:18 )X8 - 18
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN X AND RESID 19:28 )X19 - 28
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN X AND RESID 29:34 )X29 - 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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