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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8tlj | |||||||||
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Title | CDCA7 (Mouse) Binds Non-B-form 32-mer DNA oligo Containing a 5mC | |||||||||
![]() |
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN / zinc fingers / chromatin architecture / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
Function / homology | ![]() regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / nucleoplasm / nucleus / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Horton, J.R. / Ren, R. / Cheng, X. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The ICF syndrome protein CDCA7 harbors a unique DNA-binding domain that recognizes a CpG dyad in the context of a non-B DNA Authors: Hardikar, S. / Ren, R. / Ying, Z. / Horton, J.R. / Bramble, M.D. / Liu, B. / Lu, Y. / Dan, J. / Zhang, X. / Cheng, X. / Chen, T. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 209.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 134.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8tleC ![]() 8tlfC ![]() 8tlgC ![]() 8tlhC ![]() 8tlkC ![]() 8tllC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein / DNA chain , 2 types, 4 molecules ABXC
#1: Protein | Mass: 16452.814 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 9864.329 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: n vitro SELEX screening / Source: (synth.) ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 125 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 6.2, 25% PGE3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: May 17, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99999 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→45.03 Å / Num. obs: 19726 / % possible obs: 95.1 % / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 49.21 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 16.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.37 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1408 / CC1/2: 0.832 / Rpim(I) all: 0.321 / % possible all: 69 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 68.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→45.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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