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- PDB-8tlh: CDCA7 (Mouse) Binds Non-B-form 32-mer DNA oligo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tlh
タイトルCDCA7 (Mouse) Binds Non-B-form 32-mer DNA oligo
要素
  • Cell division cycle-associated protein 7
  • DNA (32-MER)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN / zinc fingers / chromatin architecture / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell population proliferation / apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1 / CDCA7/CDA7L / Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Cell division cycle-associated protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Horton, J.R. / Ren, R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160029 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: The ICF syndrome protein CDCA7 harbors a unique DNA-binding domain that recognizes a CpG dyad in the context of a non-B DNA.
著者: Hardikar, S. / Ren, R. / Ying, Z. / Horton, J.R. / Bramble, M.D. / Liu, B. / Lu, Y. / Liu, B. / Dan, J. / Zhang, X. / Cheng, X. / Chen, T.
履歴
登録2023年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division cycle-associated protein 7
X: DNA (32-MER)
B: Cell division cycle-associated protein 7
C: DNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,60420
ポリマ－52,6064
非ポリマー99816
水2,198122
1
A: Cell division cycle-associated protein 7
X: DNA (32-MER)
ヘテロ分子

A: Cell division cycle-associated protein 7
X: DNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,90126
ポリマ－52,6064
非ポリマー1,29522
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area11170 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area20010 Å2
手法PISA
2
B: Cell division cycle-associated protein 7
C: DNA (32-MER)
ヘテロ分子

B: Cell division cycle-associated protein 7
C: DNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,30714
ポリマ－52,6064
非ポリマー70110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area9360 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.679, 31.523, 91.634
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.590, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-103-

MG

-
要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABXC

#1: タンパク質 Cell division cycle-associated protein 7


分子量: 16452.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdca7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-codon-plus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9D0M2
#2: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9850.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: n vitro SELEX screening / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 5種, 138分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.59 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M Tris pH8.5 and 25 % PEG3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→39.71 Å / Num. obs: 29047 / % possible obs: 84.8 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 41.67 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.94→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.678 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1162 / CC1/2: 0.723 / Rpim(I) all: 0.464

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→39.71 Å / SU ML: 0.221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.3178
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2266 1454 5.01 %
Rwork0.1991 27593 -
obs0.2005 29047 84.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→39.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1622 1306 44 122 3094
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00283155
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53644531
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361495
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005366
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.02751281
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-2.010.3133540.34471044X-RAY DIFFRACTION32.42
2.01-2.090.32930.3131763X-RAY DIFFRACTION53.94
2.09-2.180.30091300.28922433X-RAY DIFFRACTION76.1
2.18-2.30.28441540.28172942X-RAY DIFFRACTION90.79
2.3-2.440.28761660.24383118X-RAY DIFFRACTION95.41
2.44-2.630.22781710.22533256X-RAY DIFFRACTION98.96
2.63-2.90.24861690.2473214X-RAY DIFFRACTION98.77
2.9-3.310.25591690.22513219X-RAY DIFFRACTION98.4
3.31-4.170.22511710.16993232X-RAY DIFFRACTION98.07
4.18-39.710.1871770.1623372X-RAY DIFFRACTION97.34
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.803157337770.0353429137595-1.178131850614.862031082321.658024821562.050589306980.2215375840550.173243517490.43989218375-0.5209763591450.04231856236510.130532764352-0.862577171454-0.125348017296-0.288507706450.6403035530250.03367087487950.03378563467460.4415781056230.08377608629370.444911890198-8.772150918929.456574707830.8877044861
26.68449624751-2.419039127694.635361714582.24878521331-0.2346423151616.10007948637-0.8961474369530.5292964386411.16531148982-0.683215182984-0.0315699911267-1.0579982393-1.323518052750.2080632269090.3707959496180.906027815917-0.0267495754050.3259867656120.6556635247280.1460871173860.354633190655.678647531767.4420170407220.446885199
37.508346019471.564677152960.7499407930298.133104506291.027437584664.77623535284-0.0172912004416-0.278686503957-0.306528051869-0.463681165260.00210639346805-2.604005540940.1945362689641.006247612730.07171757051280.3911226633850.02110599787680.1199262117760.491462635227-0.02831630893560.82442949522113.98408625861.7073082974834.5655048526
41.5380603386-0.5356189397120.7810000488333.83283433011-0.6385106914471.166478178430.0103767125208-0.04913921058710.361420856713-0.415691714062-0.100184892051-1.06940192414-0.2059659734720.09183393420580.1020246620190.317279539553-0.006024981356790.004138905686050.272685469799-0.04075819221190.4855191853736.2013777099112.131505187538.6001732581
52.67058649237-0.168356498592-0.2995965867553.54435237569-1.253115780072.18909028355-0.05246372936390.502335819285-0.030422439026-0.6163161276060.0633224301044-0.333986790810.140111396593-0.0977657916611-0.02117810802320.38354505156-0.01253279725030.060459403750.306644450998-0.01493173540240.241656575144-0.940075913915-0.82502161931431.0446681203
61.379481573881.403675416763.525936655625.032453508784.194879975979.11093575054-0.0208846018398-0.610766815156-0.5102351065250.328916765489-0.2621009163180.1764480181530.427387518266-1.176225306470.1765656659160.41767882109-0.05252927622040.07483770487990.4020585315170.06918590926550.401701870698-5.10536873437-7.5985322562242.2034149659
74.112452277540.8324314166830.1237024316882.225899289990.6800035471552.78394661363-0.2051807438841.008822469-0.116727004635-0.8976681624020.2761119131831.117632080240.0241992203382-1.52905105585-0.09923738345450.699118028009-0.149512785154-0.1175464417920.9245998894820.001970705748450.919075517281-52.7443615474-8.7609328436539.5180034234
83.21353842070.365175100775-1.311301765811.966628174980.002418108790910.4364051236930.0103927004321-0.3324824665840.2233062310480.197256876285-0.0413305686652-0.367312581870.2034803695770.198171442490.01402510543510.37673239860.0502936961736-0.01981119827920.403731436799-0.03682678713120.186126245099-4.23589825086-0.85847474872944.3564812765
91.970437756560.5286567548791.724283189885.92424598348-1.656474987946.66924902641-0.5642377707540.2664729543910.19865879152-0.2241293593220.443896561043-0.558727862616-0.360885858062-0.6328804044940.008132421960490.99251233496-0.125601722465-0.0006694732994730.639713591188-0.08038094182660.519340257564-9.67384841157-4.2840412221811.3390946163
102.084749669010.1453820115840.5459546627941.662303160690.4191246354071.250324821870.17584278806-0.8631829902041.250249018460.633745403728-0.2187893956970.325596987128-0.2792627728810.129505484409-0.247305454140.9672502072-0.2019485702080.1770330518330.881092026611-0.2101907889680.776826545139-25.9349596186-6.3538694197318.7492795913
116.06418074511-0.4666184624992.726749377963.40757790342-3.012212918084.258010521970.6112502237280.338831728650.383187298531-0.283669591266-0.1779028741891.324202847070.698456367664-0.323478626915-0.5330151160330.654714862492-0.1024935989950.0130251469610.67049535715-0.126102417250.706530758771-31.1280164156-12.18736185563.50033604555
122.93120887183-0.779273278176-0.09512734566953.175319643050.5722542065091.540659950940.104179923472-0.0763859958710.6997000794230.232056966523-0.334687038220.116905563348-0.217373054519-0.2232745091110.195512565540.525075655985-0.0531967521108-0.029596114570.423404520323-0.0458841039340.606741401492-21.1806288293-6.865734632953.55695384661
132.162962294480.868231385568-0.5183326891083.89228000676-0.4344829786494.227544348610.341105778116-1.200982766350.3242502814520.703739989464-0.247987634036-1.152227590350.7590188720120.433031477192-0.1254332124050.835470793639-0.0638662211121-0.216707573860.652249175318-0.003175676234670.714551952529-7.84303720608-12.630223738216.1115148775
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 243 through 252 )AA243 - 2521 - 10
22chain 'A' and (resid 253 through 263 )AA253 - 26311 - 21
33chain 'A' and (resid 264 through 270 )AA264 - 27022 - 28
44chain 'A' and (resid 271 through 280 )AA271 - 28029 - 38
55chain 'A' and (resid 281 through 335 )AA281 - 33539 - 93
66chain 'A' and (resid 336 through 346 )AA336 - 34694 - 104
77chain 'X' and (resid 3 through 12 )XE3 - 12
88chain 'X' and (resid 13 through 34 )XE13 - 34
99chain 'B' and (resid 243 through 252 )BH243 - 2521 - 10
1010chain 'B' and (resid 253 through 263 )BH253 - 26311 - 21
1111chain 'B' and (resid 264 through 270 )BH264 - 27022 - 28
1212chain 'B' and (resid 271 through 295 )BH271 - 29529 - 53
1313chain 'B' and (resid 296 through 300 )BH296 - 30054 - 58
1414chain 'B' and (resid 301 through 316 )BH301 - 31659 - 74
1515chain 'B' and (resid 317 through 325 )BH317 - 32575 - 83
1616chain 'B' and (resid 326 through 331 )BH326 - 33184 - 89
1717chain 'B' and (resid 332 through 346 )BH332 - 34690 - 104
1818chain 'C' and (resid 3 through 7 )CI3 - 7
1919chain 'C' and (resid 8 through 17 )CI8 - 17
2020chain 'C' and (resid 18 through 22 )CI18 - 22
2121chain 'C' and (resid 23 through 28 )CI23 - 28
2222chain 'C' and (resid 29 through 31 )CI29 - 31
2323chain 'C' and (resid 32 through 33 )CI32 - 33
2424chain 'C' and (resid 34 through 34 )CI34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る